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zml2009

木虫 (正式写手)

[求助] g09提交不了作业

我在服务器上自己的用户名下提交作业，以前一直都可以用G09提交，最近服务器关闭了一段时间重启后我提交作业用G03可以，G09反而不行，请问这是怎么回事？谢谢高手指点！
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1楼 2011-08-29 19:04:46
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asaka

银虫 (初入文坛)
请给出出错信息，否则别人怎么替你分析？
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2楼2011-08-29 20:19:52
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zml2009

木虫 (正式写手)
Initial command:
/opt/gauss/g03/l1.exe /scratch/Gau-6026.inp -scrdir=/scratch/
Entering Link 1 = /opt/gauss/g03/l1.exe PID=      6027.

Copyright (c) 1988,1990,1992,1993,1995,1998,2003,2004, Gaussian, Inc.
                  All Rights Reserved.

This is the Gaussian(R) 03 program.  It is based on the
the Gaussian(R) 98 system (copyright 1998, Gaussian, Inc.),
the Gaussian(R) 94 system (copyright 1995, Gaussian, Inc.),
the Gaussian 92(TM) system (copyright 1992, Gaussian, Inc.),
the Gaussian 90(TM) system (copyright 1990, Gaussian, Inc.),
the Gaussian 88(TM) system (copyright 1988, Gaussian, Inc.),
the Gaussian 86(TM) system (copyright 1986, Carnegie Mellon
University), and the Gaussian 82(TM) system (copyright 1983,
Carnegie Mellon University). Gaussian is a federally registered
trademark of Gaussian, Inc.

This software contains proprietary and confidential information,
including trade secrets, belonging to Gaussian, Inc.

This software is provided under written license and may be
used, copied, transmitted, or stored only in accord with that
written license.

The following legend is applicable only to US Government
contracts under FAR:

                    RESTRICTED RIGHTS LEGEND

Use, reproduction and disclosure by the US Government is
subject to restrictions as set forth in subparagraphs (a)
and (c) of the Commercial Computer Software - Restricted
Rights clause in FAR 52.227-19.

Gaussian, Inc.
"4x5-t-hse.log" 96L, 4381C                                                                                                 1,2           Top
Gaussian 03, Revision D.01,
M. J. Frisch, G. W. Trucks, H. B. Schlegel, G. E. Scuseria,
M. A. Robb, J. R. Cheeseman, J. A. Montgomery, Jr., T. Vreven,
K. N. Kudin, J. C. Burant, J. M. Millam, S. S. Iyengar, J. Tomasi,
V. Barone, B. Mennucci, M. Cossi, G. Scalmani, N. Rega,
G. A. Petersson, H. Nakatsuji, M. Hada, M. Ehara, K. Toyota,
R. Fukuda, J. Hasegawa, M. Ishida, T. Nakajima, Y. Honda, O. Kitao,
H. Nakai, M. Klene, X. Li, J. E. Knox, H. P. Hratchian, J. B. Cross,
V. Bakken, C. Adamo, J. Jaramillo, R. Gomperts, R. E. Stratmann,
O. Yazyev, A. J. Austin, R. Cammi, C. Pomelli, J. W. Ochterski,
P. Y. Ayala, K. Morokuma, G. A. Voth, P. Salvador, J. J. Dannenberg,
V. G. Zakrzewski, S. Dapprich, A. D. Daniels, M. C. Strain,
O. Farkas, D. K. Malick, A. D. Rabuck, K. Raghavachari,
J. B. Foresman, J. V. Ortiz, Q. Cui, A. G. Baboul, S. Clifford,
J. Cioslowski, B. B. Stefanov, G. Liu, A. Liashenko, P. Piskorz,
I. Komaromi, R. L. Martin, D. J. Fox, T. Keith, M. A. Al-Laham,
C. Y. Peng, A. Nanayakkara, M. Challacombe, P. M. W. Gill,
B. Johnson, W. Chen, M. W. Wong, C. Gonzalez, and J. A. Pople,
Gaussian, Inc., Wallingford CT, 2004.

******************************************
Gaussian 03:  AM64L-G03RevD.01 13-Oct-2005
                29-Aug-2011
******************************************
%chk=/home/guoyong3/graphse/ct/4x5-t-hse.chk
%mem=3000mb
%nproc=8
Will use up to    8 processors via shared memory.
----------------------------------
# opt=noeigen uhseh1pbe/6-31g(d,p)
----------------------------------
  QPERR --- A SYNTAX ERROR WAS DETECTED IN THE INPUT LINE.
# opt=noeigen uhseh1pbe/6-31g(d,p)
               '
Last state="GCL"
TCursr=  909 LCursr=   14
Error termination via Lnk1e in /opt/gauss/g03/l1.exe at Mon Aug 29 17:12:38 2011.
Job cpu time:  0 days  0 hours  0 minutes  5.4 seconds.
File lengths (MBytes):  RWF=      8 Int=      0 D2E=      0 Chk=      1 Scr=      1
这就是用不到G09，而是用G03来计算，G03算不了HSE，所以提示错误，我使用G09提交的，如前所述，以前都可以用G09算的，服务器重启后有好多节点都关闭了，只开了出部分几个来供大家计算，现在用G03可以算，G09反而不行
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3楼2011-08-29 20:31:08
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superfan

至尊木虫 (著名写手)

耕耘者

【答案】应助回帖

zml2009(金币+2): 2011-08-30 08:44:20
很明显是调用G03算的，而不是G09，查看一下调用的G09是否存在，
[afea@console Ion]$ which g09
~/soft/gauss/g09/g09
如果是g09 xx.com&提交
看看.bashrc（假设你是用的bshell）是不是g09
export g09root=~/soft/gauss
. $g09root/g09/bsd/g09.profile
如果同时有G03和G09的定义，封上g03的（句前加#），否则有可能会是g03

脚本pbs，或者sge脚本提交，似乎不该出现这样问题！
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4楼2011-08-29 21:05:06
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zml2009

木虫 (正式写手)
谢谢，我查了环境变量设置和您说的一样，我是qsub提交批作业，调用不了G09，以前一直可以的。服务器重启后有好多节点都关闭了，只开了部分几个来供大家计算，我这个G09又只是在自己的账户下安装的，服务器共享的是G03，所以请问是否与节点有关？
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5楼2011-08-30 08:54:00
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superfan

至尊木虫 (著名写手)

耕耘者
引用回帖:
5楼: Originally posted by zml2009 at 2011-08-30 08:54:00:
谢谢，我查了环境变量设置和您说的一样，我是qsub提交批作业，调用不了G09，以前一直可以的。服务器重启后有好多节点都关闭了，只开了部分几个来供大家计算，我这个G09又只是在自己的账户下安装的，服务器共享的是 ...

现在不好说是什么问题，如果是用qsub g09.pbs这种提交方式，pbs里应该有source语句，类似于
# Define the location where Gaussian was installed and run
# a setup script, g09.profile.
source ～/software/adf2010.02/gauss/g09.sh
检查一下设置，最好问问管服务器的，让给看看是什么问题！
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6楼2011-08-30 10:20:16
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jove1782

木虫 (正式写手)

小木虫风雅协会代理秘书长
source 脚本 有可能

关键你的报错不是g09 的 大家怎么帮你分析？
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もっとも永く続く?郅稀螭铯欷�?郅扦ⅳ搿�
7楼2012-05-31 13:19:04
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zpppanda111

金虫 (小有名气)
可能是你的G03的某些文件将g09覆盖了，导致g09无法运行
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8楼2012-05-31 22:34:57
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