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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 量子化学 » Gaussian » 【求助】新手关于gaussian运行求助！（急！急！急！悬赏求解！）
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jj2006

木虫 (小有名气)

[交流] 【求助】新手关于gaussian运行求助！（急！急！急！悬赏求解！）

本人菜鸟，刚开始学习gaussian，经过一个星期摸索，终于安装成功软件linux RedHat版.
但是输入测试文档后，输出文件最后只到这一步（如下面所示）：
Rotational constants (GHZ):    919.0227225    408.0852053    282.5991530
Standard basis: STO-3G (5D, 7F)
There are     4 symmetry adapted basis functions of A1  symmetry.
There are     0 symmetry adapted basis functions of A2  symmetry.
There are     1 symmetry adapted basis functions of B1  symmetry.
There are     2 symmetry adapted basis functions of B2  symmetry.
Integral buffers will be    131072 words long.
Raffenetti 1 integral format.
Two-electron integral symmetry is turned on.
     7 basis functions,    21 primitive gaussians,     7 cartesian basis functions
     5 alpha electrons        5 beta electrons
       nuclear repulsion energy         9.1571759100 Hartrees.
NAtoms=    3 NActive=    3 NUniq=    2 SFac= 1.69D+00 NAtFMM=   80 NAOKFM=F Big=F
One-electron integrals computed using PRISM.
NBasis=     7 RedAO= T  NBF=     4     0     1     2
NBsUse=     7 1.00D-06 NBFU=     4     0     1     2
这个结果与给出的标准输出明显不同（似乎没有计算完毕）。
我又依次输入了top——u——usr命令检测系统进程，并没有发现有相关gaussian程序执行，换了不同输入文档（来自小木虫，正确性因该不会有问题），重复了很多次，结果依然，均没有在最后的log看到任务结束的显示。
我想知道到底是程序本身没有安装好？还是我的操作不当结束了程序？或者gaussian程序依然在执行，只是我没有看到？怎样才知道gaussian是否安装成功？如何知道执行程序是否依然进行?希望大家给予指点，不胜感激！
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1楼 2011-01-15 16:28:18
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coolrainbow

木虫 (著名写手)
★
zhou2009(金币+1): 2011-01-15 19:25:25
jj2006(金币+10): 2011-01-15 20:10:52
gaussian肯定是安装成功了，但是由于某种操作，还没算完你把gaussian给停了
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2楼2011-01-15 19:03:44
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jj2006

木虫 (小有名气)
引用回帖:
Originally posted by coolrainbow at 2011-01-15 19:03:44:
gaussian肯定是安装成功了，但是由于某种操作，还没算完你把gaussian给停了

但是问题是我之后并没有进行其他的操作，怎么才知道gaussian是否还在运行呢？最简单的计算需要多久？关闭终端是不是等于直接结束了程序？
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3楼2011-01-15 20:13:50
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coolrainbow

木虫 (著名写手)
很有可能
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4楼2011-01-15 20:26:09
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jj2006

木虫 (小有名气)
引用回帖:
Originally posted by coolrainbow at 2011-01-15 20:26:09:
很有可能

怎么才知道gaussian是否还在运行呢？最简单的计算需要多久？
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5楼2011-01-15 20:56:57
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chiweijie

禁虫 (著名写手)
jj2006(金币+10): 2011-01-15 22:35:26
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6楼2011-01-15 21:07:45
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jj2006

木虫 (小有名气)
引用回帖:
Originally posted by chiweijie at 2011-01-15 21:07:45:
你穿上作业以后 可以按qstat  看是不是开始计算了 如果显示的Q 那就是说明在排队呢 如果是R 那就说明算上了  当你按下qstat的时候 没有文件了 证明已经算完了

我用的是linux版本，这个命令怎样执行？
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7楼2011-01-15 21:30:54
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coolrainbow

木虫 (著名写手)
引用回帖:
Originally posted by jj2006 at 2011-01-15 21:30:54:

我用的是linux版本，这个命令怎样执行？

看来你没装pbs，没有qstat命令

我不知道你怎么关掉的，你可以后台执行

nohup g03  < ... > ... &
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8楼2011-01-15 21:45:10
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jj2006

木虫 (小有名气)
引用回帖:
Originally posted by coolrainbow at 2011-01-15 21:45:10:



看来你没装pbs，没有qstat命令

我不知道你怎么关掉的，你可以后台执行

nohup g03  < ... > ... &

我测试的是下面这样最简单的输入，大概需要运行多久？
# SP, RHF/STO-3G punch=archive trakio scf=conventional

Gaussian Test Job 00
Water with archiving

0 1
O
H 1 0.96
H 1 0.96 2 109.471221
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9楼2011-01-15 22:35:09
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chiweijie

禁虫 (著名写手)
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10楼2011-01-15 22:59:33
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jj2006

木虫 (小有名气)
引用回帖:
Originally posted by chiweijie at 2011-01-15 22:59:33:

传上作业以后 直接按qstat+回车就可以

没法执行，command not found！
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11楼2011-01-15 23:12:39
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chiweijie

禁虫 (著名写手)
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12楼2011-01-15 23:14:42
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jj2006

木虫 (小有名气)
引用回帖:
Originally posted by chiweijie at 2011-01-15 23:14:42:

大小写是需要区分的 你现在确定你的作业交上了吗 你是在用大服务器 还是在使自己的电脑算呢

完全按照你的提示操作的，就是无法执行。我是通过ssh对linux进行操作的，文件提交后产生了任务编号[1] 14689，临时文件夹也产生了对应编号新文件，输出文件也有，但内容只有前半部分，后面没有。输出文件文件没有显示end或者error字样，很费解！
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13楼2011-01-15 23:58:23
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coolrainbow

木虫 (著名写手)
jj2006(金币+5): 2011-01-16 14:56:08
引用回帖:
Originally posted by jj2006 at 2011-01-15 22:35:09:

我测试的是下面这样最简单的输入，大概需要运行多久？
# SP, RHF/STO-3G punch=archive trakio scf=conventional

Gaussian Test Job 00
Water with archiving

0 1
O
H 1 0.96
H 1 0.96 2 109.471221

5min
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14楼2011-01-16 08:28:54
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chiweijie

禁虫 (著名写手)
jj2006(金币+5): 2011-01-16 14:56:16
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15楼2011-01-16 10:43:10
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niliu

铁杆木虫 (著名写手)
jj2006(金币+5): 2011-01-16 14:56:25
引用回帖:
Originally posted by jj2006 at 2011-01-15 20:13:50:

但是问题是我之后并没有进行其他的操作，怎么才知道gaussian是否还在运行呢？最简单的计算需要多久？关闭终端是不是等于直接结束了程序？

不能关闭终端，关闭终端就结束了程序。 可以在命令后面加一个&，就可以关闭终端后继续运行程序。
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16楼2011-01-16 11:06:27
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jj2006

木虫 (小有名气)
引用回帖:
Originally posted by coolrainbow at 2011-01-16 08:28:54:


5min

那就对了，我跑了一个多小时，结果还是一样，不完整，到了下面就没有了
NAtoms=    3 NActive=    3 NUniq=    2 SFac= 1.69D+00 NAtFMM=   80 NAOKFM=F Big=F
One-electron integrals computed using PRISM.
NBasis=     7 RedAO= T  NBF=     4     0     1     2
NBsUse=     7 1.00D-06 NBFU=     4     0     1     2
都快疯了，不知道哪里出了问题.
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17楼2011-01-16 14:49:54
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jj2006

木虫 (小有名气)
引用回帖:
Originally posted by niliu at 2011-01-16 11:06:27:


不能关闭终端，关闭终端就结束了程序。 可以在命令后面加一个&，就可以关闭终端后继续运行程序。

我尝试了各种方法，也没有关闭终端，就算了一个多小时最后结果还是一样，没有输出完整。
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18楼2011-01-16 14:50:57
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jj2006

木虫 (小有名气)
引用回帖:
Originally posted by chiweijie at 2011-01-16 10:43:10:

是不是你的输入文件有问题啊 你可以仔细看下输出文件 他会提示你哪里有问题

Entering Gaussian System, Link 0=g09
Initial command:
/home/software//g09/l1.exe /home/software/temp/Gau-17066.inp -scrdir=/home/software/temp/
Entering Link 1 = /home/software//g09/l1.exe PID=     17067.
  
Copyright (c) 1988,1990,1992,1993,1995,1998,2003,2009, Gaussian, Inc.
                  All Rights Reserved.
  
This is part of the Gaussian(R) 09 program.  It is based on
the Gaussian(R) 03 system (copyright 2003, Gaussian, Inc.),
the Gaussian(R) 98 system (copyright 1998, Gaussian, Inc.),
the Gaussian(R) 94 system (copyright 1995, Gaussian, Inc.),
the Gaussian 92(TM) system (copyright 1992, Gaussian, Inc.),
the Gaussian 90(TM) system (copyright 1990, Gaussian, Inc.),
the Gaussian 88(TM) system (copyright 1988, Gaussian, Inc.),
the Gaussian 86(TM) system (copyright 1986, Carnegie Mellon
University), and the Gaussian 82(TM) system (copyright 1983,
Carnegie Mellon University). Gaussian is a federally registered
trademark of Gaussian, Inc.
  
This software contains proprietary and confidential information,
including trade secrets, belonging to Gaussian, Inc.
  
This software is provided under written license and may be
used, copied, transmitted, or stored only in accord with that
written license.
  
The following legend is applicable only to US Government
contracts under FAR:
  
                    RESTRICTED RIGHTS LEGEND
  
Use, reproduction and disclosure by the US Government is
subject to restrictions as set forth in subparagraphs (a)
and (c) of the Commercial Computer Software - Restricted
Rights clause in FAR 52.227-19.
  
Gaussian, Inc.
340 Quinnipiac St., Bldg. 40, Wallingford CT 06492
  
  
---------------------------------------------------------------
Warning -- This program may not be used in any manner that
competes with the business of Gaussian, Inc. or will provide
assistance to any competitor of Gaussian, Inc.  The licensee
of this program is prohibited from giving any competitor of
Gaussian, Inc. access to this program.  By using this program,
the user acknowledges that Gaussian, Inc. is engaged in the
business of creating and licensing software in the field of
computational chemistry and represents and warrants to the
licensee that it is not a competitor of Gaussian, Inc. and that
it will not use this program in any manner prohibited above.
---------------------------------------------------------------
  

Cite this work as:
Gaussian 09, Revision A.01,
M. J. Frisch, G. W. Trucks, H. B. Schlegel, G. E. Scuseria,
M. A. Robb, J. R. Cheeseman, G. Scalmani, V. Barone, B. Mennucci,
G. A. Petersson, H. Nakatsuji, M. Caricato, X. Li, H. P. Hratchian,
A. F. Izmaylov, J. Bloino, G. Zheng, J. L. Sonnenberg, M. Hada,
M. Ehara, K. Toyota, R. Fukuda, J. Hasegawa, M. Ishida, T. Nakajima,
Y. Honda, O. Kitao, H. Nakai, T. Vreven, J. A. Montgomery, Jr.,
J. E. Peralta, F. Ogliaro, M. Bearpark, J. J. Heyd, E. Brothers,
K. N. Kudin, V. N. Staroverov, R. Kobayashi, J. Normand,
K. Raghavachari, A. Rendell, J. C. Burant, S. S. Iyengar, J. Tomasi,
M. Cossi, N. Rega, J. M. Millam, M. Klene, J. E. Knox, J. B. Cross,
V. Bakken, C. Adamo, J. Jaramillo, R. Gomperts, R. E. Stratmann,
O. Yazyev, A. J. Austin, R. Cammi, C. Pomelli, J. W. Ochterski,
R. L. Martin, K. Morokuma, V. G. Zakrzewski, G. A. Voth,
P. Salvador, J. J. Dannenberg, S. Dapprich, A. D. Daniels,
O. Farkas, J. B. Foresman, J. V. Ortiz, J. Cioslowski,
and D. J. Fox, Gaussian, Inc., Wallingford CT, 2009.

******************************************
Gaussian 09:  EM64L-G09RevA.01  8-May-2009
                16-Dec-2009
******************************************
------------------------------------------------------
# SP, RHF/STO-3G punch=archive trakio scf=conventional
------------------------------------------------------
1/38=1/1;
2/12=2,17=6,18=5,40=1/2;
3/6=3,11=1,16=1,25=14,30=1,116=1/1,2,3,11,14;
4//1;
5/5=1/2;
6/7=2,8=2,9=2,10=2,28=1/1;
99/5=1,9=1,10=8/99;
-----------------------------------------
Gaussian Test Job 00 Water with archiving
-----------------------------------------
Symbolic Z-matrix:
Charge =  0 Multiplicity = 1
O
H                    1     0.96
H                    1     0.96     2     109.47122

     1 tetrahedral angles replaced.
    1 tetrahedral angles replaced.
                          Input orientation:                          
---------------------------------------------------------------------
Center     Atomic      Atomic             Coordinates (Angstroms)
Number     Number       Type             X           Y           Z
---------------------------------------------------------------------
      1          8           0        0.000000    0.000000    0.000000
      2          1           0        0.000000    0.000000    0.960000
      3          1           0        0.905097    0.000000   -0.320000
---------------------------------------------------------------------
                    Distance matrix (angstroms):
                    1          2          3
     1  O    0.000000
     2  H    0.960000   0.000000
     3  H    0.960000   1.567673   0.000000
Stoichiometry    H2O
Framework group  C2V[C2(O),SGV(H2)]
Deg. of freedom     2
Full point group                 C2V     NOp   4
Largest Abelian subgroup         C2V     NOp   4
Largest concise Abelian subgroup C2      NOp   2
                         Standard orientation:                        
---------------------------------------------------------------------
Center     Atomic      Atomic             Coordinates (Angstroms)
Number     Number       Type             X           Y           Z
---------------------------------------------------------------------
      1          8           0        0.000000    0.000000    0.110851
      2          1           0        0.000000    0.783837   -0.443405
      3          1           0        0.000000   -0.783837   -0.443405
---------------------------------------------------------------------
Rotational constants (GHZ):    919.0227225    408.0852053    282.5991530
Standard basis: STO-3G (5D, 7F)
There are     4 symmetry adapted basis functions of A1  symmetry.
There are     0 symmetry adapted basis functions of A2  symmetry.
There are     1 symmetry adapted basis functions of B1  symmetry.
There are     2 symmetry adapted basis functions of B2  symmetry.
Integral buffers will be    131072 words long.
Raffenetti 1 integral format.
Two-electron integral symmetry is turned on.
     7 basis functions,    21 primitive gaussians,     7 cartesian basis functions
     5 alpha electrons        5 beta electrons
       nuclear repulsion energy         9.1571759100 Hartrees.
NAtoms=    3 NActive=    3 NUniq=    2 SFac= 1.69D+00 NAtFMM=   80 NAOKFM=F Big=F
One-electron integrals computed using PRISM.
NBasis=     7 RedAO= T  NBF=     4     0     1     2
NBsUse=     7 1.00D-06 NBFU=     4     0     1     2
以上是全部的输出，我对照了正确的输出，除了不完整外，真的没有看出来别的问题。
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19楼2011-01-16 14:54:44
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chiweijie

禁虫 (著名写手)
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20楼2011-01-16 20:19:04
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jj2006

木虫 (小有名气)
引用回帖:
Originally posted by chiweijie at 2011-01-16 20:19:04:

注意一下你的输入文件的关键词 比如是不是应该加括号的你没加 看你的结果应该是没有做完吧

输入文件和输入方法完全来自网上，也换了不同的输入方式和文件，但是结果都是一样，不完整。
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21楼2011-01-16 22:53:10
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chiweijie

禁虫 (著名写手)
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22楼2011-01-17 10:43:37
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zhangmt

至尊木虫 (著名写手)
jj2006(金币+10): 多谢指教 2011-01-17 19:35:55
首先，建议任何新手包括高手在内，输入文件的命令行都要写成#p ******的形式，也就是#后面一定要紧跟一个字母p，这样输出文件内容会更丰富，便于跟踪系统运行到哪里，对出错信息的描述更加丰富；
其次，递交命令应该是g09 yourfile.gjf&，然后回车，也就是文件结尾跟上一个&符号，表示放到后台运行；
然后用top命令看301,502等等是否跑起来了；
如果递交任务后需要退出，一定要用exit命令来退出，不要直接关闭ssh的窗口，否则随着你的退出，任务可能就同时被终止了。如果这个账号有多人登录运行，也许别人的误操作也会kill掉你的进程。
由于没有#p的命令，从你的输出文件中看不到任何错误信息。。。
再试一次，把错误信息贴出来，大家看看。
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23楼2011-01-17 18:04:45
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yan824

木虫 (小有名气)
jj2006(金币+5): 2011-01-19 17:48:34
有时候无缘无故的就停了，重新算一遍吧，小体系，应该很短时间的。如果再停，再看看原因，输入命令里加#p。
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24楼2011-01-18 16:42:20
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ellemiu

铁杆木虫 (正式写手)
★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
引用回帖:
329734楼: Originally posted by jj2006 at 2011-01-15 16:28:18
本人菜鸟，刚开始学习gaussian，经过一个星期摸索，终于安装成功软件linux RedHat版.
但是输入测试文档后，输出文件最后只到这一步（如下面所示）：
Rotational constants (GHZ):    919.0227225    408.0852053  ...

应该是gaussian软件安装的问题，我想问下你的问题解决了吗？我也遇到了同样的问题。莫名的出错，
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25楼2012-08-14 15:49:26
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wanghanlu

银虫 (正式写手)
★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
我也遇到这个问题了，我发现时scf=conventional 这个关键字的原因，当向磁盘存储数据时出错，不用conventional就不会有错，但我还是不知怎么从其他地方改正。
赞一下 回复此楼
26楼2012-11-22 22:45:46
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