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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 第一性原理 » Vasp&MedeA » 【求助】菜鸟问有关VASP作业提交的问题！
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Gina88

木虫 (正式写手)

[交流] 【求助】菜鸟问有关VASP作业提交的问题！

VASP装在集群计算机上（linux系统），是不是将KPIONT，POSCAR，POTCAR，INCAR放到我的计算目录下，然后挨个输入什么命令就可以计算了啊？

MS在个人电脑及集群计算机上都需要按装。那VASP在集群计算机上按装后，还需要在个人电脑上安装吗？

[ Last edited by Gina88 on 2011-2-7 at 10:30 ]
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1楼 2011-01-15 11:22:32
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youzhizhe

荣誉版主 (职业作家)
★ ★
zzy870720z(金币+2):谢谢指教，很详细，估计还是不会，建议他看一下教程，可以看侯老师那个就行，不用讲 2011-01-15 23:10:12
Gina88(金币+2): 2011-01-16 09:33:12
引用回帖:
Originally posted by Gina88 at 2011-01-15 16:56:47:


我已经看过入门手册了，但感觉都是这四个文件的内容，不知道该怎么创建这四个文件。能详细一点介绍么，或者给一份介绍怎么创建这四个文件的手册？

cd切换到工作目录；
touch INCAR KPOINTS POSCAR
vi对应文件，编辑成相应内容，:wq保存；
POTCAR用cat命令重定向写入。
说的够明白了吧？
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4楼2011-01-15 22:20:47
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Gina88

木虫 (正式写手)
引用回帖:
Originally posted by youzhizhe at 2011-01-15 22:20:47:


cd切换到工作目录；
touch INCAR KPOINTS POSCAR
vi对应文件，编辑成相应内容，:wq保存；
POTCAR用cat命令重定向写入。
说的够明白了吧？

当建好这几个文件后，就直接用VASP&就能运行了吗
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6楼2011-01-16 09:35:12
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zhang668

木虫 (正式写手)
★
gzqdyouxia(金币+1): 谢谢提示 2011-01-16 18:31:59
Gina88(金币+1): 2011-01-18 14:57:07
引用回帖:
Originally posted by Gina88 at 2011-01-16 16:51:18:


还想问一下版主，我建好了INCAR，KPOINTS，POSCAR后，
那POTCAR应该到哪里去复制过来呢？

POTCAR要自己根据原子赝势生成的。建议看下侯博士的教程。
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13楼2011-01-16 17:42:20
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youzhizhe

荣誉版主 (职业作家)
★
zzy870720z(金币+1): 谢谢提示 2011-01-17 11:09:02
Gina88(金币+1): 2011-01-18 14:56:17
引用回帖:
Originally posted by Gina88 at 2011-01-16 16:51:18:


还想问一下版主，我建好了INCAR，KPOINTS，POSCAR后，
那POTCAR应该到哪里去复制过来呢？

按照你在POSCAR里面的原子顺序去赝势库逐个cat到工作目录的POTCAR里面。
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14楼2011-01-17 09:25:44
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Gina88

木虫 (正式写手)
引用回帖:
Originally posted by zhang668 at 2011-01-16 17:42:20:


POTCAR要自己根据原子赝势生成的。建议看下侯博士的教程。

看过了，但是没有找到赝势库在哪里，在我们实验室的集群计算机上没有找到

[ Last edited by Gina88 on 2011-1-18 at 14:59 ]
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15楼2011-01-18 14:58:30
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zhang668

木虫 (正式写手)
★
zzy870720z(金币+1): 谢谢提示 2011-01-18 16:39:29
Gina88(金币+1): 2011-01-19 08:38:54
引用回帖:
Originally posted by Gina88 at 2011-01-18 14:58:30:

看过了，但是没有找到赝势库在哪里，在我们实验室的集群计算机上没有找到

[ Last edited by Gina88 on 2011-1-18 at 14:59 ]

你可以站内搜索下VASP赝势。
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16楼2011-01-18 15:43:12
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youzhizhe

荣誉版主 (职业作家)
★ ★
zzy870720z(金币+2):谢谢指教 2011-01-15 14:51:04
Gina88(金币+2): 2011-01-15 16:54:13
先看简单的入门说明手册吧。
创建工作目录，四个关键的输入文件是自己创建的，touch命令可完成。
只要在集群上安装即可，个人电脑上用SSH控制即可。
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2楼2011-01-15 13:24:34
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Gina88

木虫 (正式写手)
引用回帖:
Originally posted by youzhizhe at 2011-01-15 13:24:34:
先看简单的入门说明手册吧。
创建工作目录，四个关键的输入文件是自己创建的，touch命令可完成。
只要在集群上安装即可，个人电脑上用SSH控制即可。

我已经看过入门手册了，但感觉都是这四个文件的内容，不知道该怎么创建这四个文件。能详细一点介绍么，或者给一份介绍怎么创建这四个文件的手册？
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3楼2011-01-15 16:56:47
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youzhizhe

荣誉版主 (职业作家)
★
Gina88(金币+1): 2011-01-16 09:35:30
zzy870720z(金币+1): 谢谢建议 2011-01-18 15:32:37
建议好好补一补linux的文件操作命令，这个运行程序VASP没关，但对运行任务很有帮助。
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5楼2011-01-15 23:52:57
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Gina88

木虫 (正式写手)
引用回帖:
Originally posted by youzhizhe at 2011-01-15 23:52:57:
建议好好补一补linux的文件操作命令，这个运行程序VASP没关，但对运行任务很有帮助。

谢谢版主！
还想问版主几个问题：）
算完之后需要将那些输出文件拷到本机上处理数据呢，还是直接在集群计算机上处理数据呢？比如画能带结构图

那些处理数据的软件是需要按装在集群计算机上，还是可以装在个人电脑上。

如果处理数据的软件可以装在个人电脑上，那那些个输入输出文件不是linux文件吗，这些linux文件在windows下能打开吗？
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7楼2011-01-16 10:29:08
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Gina88

木虫 (正式写手)
引用回帖:
Originally posted by youzhizhe at 2011-01-15 22:20:47:


cd切换到工作目录；
touch INCAR KPOINTS POSCAR
vi对应文件，编辑成相应内容，:wq保存；
POTCAR用cat命令重定向写入。
说的够明白了吧？

还想问一下版主，我们自己有一个集群计算机，还在超算中心建了一个账号，也就是我们要是有任务既可以在实验室的集群计算机上算，也可以在超算中心算。那如果我在实验室的集群计算机上建INCAR，KOPINTS，POTCAR等文件，然后可以拷贝到超算中心算吗？如果两个计算机上的VASP版本不一样，那将上面三个文件从一个计算机上移到另一个计算机上可以算吗？

非常感谢您的解答！

[ Last edited by Gina88 on 2011-2-7 at 10:33 ]
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8楼2011-01-16 10:52:16
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youzhizhe

荣誉版主 (职业作家)
★
zhang668(金币+1):多谢提示 2011-01-16 11:20:00
Gina88(金币+1): 2011-01-16 11:25:15
引用回帖:
Originally posted by Gina88 at 2011-01-16 09:35:12:


当建好这几个文件后，就直接用VASP&就能运行了吗

嗯 直接在集群上提交任务即可。
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9楼2011-01-16 11:10:54
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youzhizhe

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zhang668(金币+2):多谢指导！ 2011-01-16 11:20:11
Gina88(金币+1): 2011-01-16 11:25:21
引用回帖:
Originally posted by Gina88 at 2011-01-16 10:29:08:


谢谢版主！
还想问版主几个问题：）
算完之后需要将那些输出文件拷到本机上处理数据呢，还是直接在集群计算机上处理数据呢？比如画能带结构图

那些处理数据的软件是需要按装在集群计算机上，还是可以装在 ...

计算完毕用小工具处理完毕后下载数据到本地计算机，也有本地处理软件。。根据任务不同而不同。
可用unix2dos命令先弄一下。。也可用ultraedit软件打开。

[ Last edited by youzhizhe on 2011-1-16 at 11:15 ]
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10楼2011-01-16 11:12:36
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youzhizhe

荣誉版主 (职业作家)
★ ★
zhang668(金币+2):多谢提示！ 2011-01-16 11:20:26
Gina88(金币+1): 2011-01-16 11:25:45
引用回帖:
Originally posted by Gina88 at 2011-01-16 10:52:16:


还想问一下版主，我们自己有一个集群计算机，还在超算中心建了一个账号，也就是我们要是有任务既可以在实验室的集群计算机上算，也可以在超算中心算。那如果我在实验室的集群计算机上建INCAR，KOPINTS，POTCA ...

可以，一般软件都是自下而上兼容的。。这个不用担心。要是windows系统下建立的文件，到linux上最好先用dos2unix命令弄一下，不然极大可能出错。
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11楼2011-01-16 11:13:58
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Gina88

木虫 (正式写手)
引用回帖:
Originally posted by youzhizhe at 2011-01-16 11:10:54:


嗯 直接在集群上提交任务即可。

还想问一下版主，我建好了INCAR，KPOINTS，POSCAR后，
那POTCAR应该到哪里去复制过来呢？
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12楼2011-01-16 16:51:18
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Gina88

木虫 (正式写手)
引用回帖:
Originally posted by zhang668 at 2011-01-18 15:43:12:


你可以站内搜索下VASP赝势。

再问一下，用什么命令在站内收索啊？我只有在我自己的目录下才有权限，在高一级的目录没有权限，没有权限也能收索整个站内的资源吗？
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17楼2011-01-19 09:03:57
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zhang668

木虫 (正式写手)
Gina88(金币+1): 2011-01-20 09:08:51
引用回帖:
Originally posted by Gina88 at 2011-01-19 09:03:57:


再问一下，用什么命令在站内收索啊？我只有在我自己的目录下才有权限，在高一级的目录没有权限，没有权限也能收索整个站内的资源吗？

我说的是在小木虫站内搜索!有人放过vasp赝势的。
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18楼2011-01-19 12:43:46
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Gina88

木虫 (正式写手)
引用回帖:
Originally posted by zhang668 at 2011-01-19 12:43:46:



我说的是在小木虫站内搜索!有人放过vasp赝势的。

哦，这样的啊，谢谢！
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19楼2011-01-19 13:46:59
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csuboyle

木虫 (正式写手)
★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖
sunyang1988: 金币+1, 谢谢交流 2012-04-27 18:50:55
只要有license就可以去网站上下载vasp赝势的
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20楼2012-01-25 22:04:29
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hhxuexi

新虫 (初入文坛)
送鲜花一朵
高人！
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21楼2012-04-27 17:16:16
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dabixiong

新虫 (小有名气)
★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
引用回帖:
18楼: Originally posted by zhang668 at 2011-01-19 12:43:46
我说的是在小木虫站内搜索!有人放过vasp赝势的。...

您好，我想问一下，vasp输入的四个文件都确定好了以后[dai3@console test]$ cp /export/pbsvasp52 到这一步之后的这个pbvasp52是什么？是不是要先确定这个文件？要怎么确定？
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22楼2014-06-16 08:52:10
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