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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 量子化学 » Linux应用 » 如何让pbs脚本提交时，跳过一些节点！
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wntc

木虫 (正式写手)

[求助] 如何让pbs脚本提交时，跳过一些节点！

所里一直是用qsub xxx.pbs方式提交作业，现在有一些节点有问题，pbs分配跳不过去，怎么在pbs里设置，屏蔽这些节点！

非管理员权限！
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1楼2013-10-17 19:50:58
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jerkwin

专家顾问 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★
感谢参与，应助指数 +1
gkf高: 金币+2 2013-10-17 21:54:09
PBS倒是可以设定节点, 但是大部分系统是自动分配的, 你指定节点很可能永远不会开始计算
所以, 联系系统管理员才是正道
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wntc
2楼2013-10-17 21:29:08
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wntc

木虫 (正式写手)
送红花一朵
引用回帖:
2楼: Originally posted by jerkwin at 2013-10-17 21:29:08
PBS倒是可以设定节点, 但是大部分系统是自动分配的, 你指定节点很可能永远不会开始计算
所以, 联系系统管理员才是正道

的确是这样，我的问题是这样：有一些节点挂载有问题，作业分配到节点，直接掉，这个可以反映；
还有当时部分节点没有license（adf），管理员不知道能不能做到，让这些分配gaussian，不分配adf
关键是管理员不勤快，这周反映，下周才有反应，最好是自己能解决！
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3楼2013-10-18 09:50:26
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童生

银虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
gmy1990: 金币+3 2013-10-18 15:15:18
#!/bin/bash
#PBS -N 1
#PBS -l nodes=c0115:ppn=1
#PBS -j oe
#PBS -V

##PBS -l nodes=1:ppn=8
#Please give the name of the INPUT_FILE, such as test.com  or ONLY test. Both of them can work.
INPUT_FILE=test

#----> enter the working directory <----

sleep 360000
exit 0

按上面的语句生成一个 .sh 文件（重点是第三行和最后两行），提交。这样就可以把有问题的节点占掉，然后再投自己的作业，这样就可以投到正常的节点上了。
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wntc
ANYONEWHOISNOTSHOCKEDBYQUANTUMTHEORYHASNOTUNDERSTOODIT.--NIELSBOHR(1885-1962)
4楼2013-10-18 15:00:44
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wntc

木虫 (正式写手)
送红花一朵
引用回帖:
4楼: Originally posted by 童生 at 2013-10-18 15:00:44
#!/bin/bash
#PBS -N 1
#PBS -l nodes=c0115:ppn=1
#PBS -j oe
#PBS -V

##PBS -l nodes=1:ppn=8
#Please give the name of the INPUT_FILE, such as test.com  or ONLY test. Both of them can work.
INPU ...

这招真的可行，不过有个问题是我只能交俩作业，现在堵俩节点，那我真成了雷锋了！
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5楼2013-10-18 17:54:22
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童生

银虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
wntc: 金币+30, ★★★★★最佳答案, 可行，谢谢了！ 2013-10-22 10:47:06
#!/bin/bash
#PBS -N 1
#PBS -l nodes=1:ppn=1
#PBS -j oe
#PBS -V

#Please give the name of the INPUT_FILE, such as test.com  or ONLY test. Both of them can work.
INPUT_FILE=g

你投作业的.sh文件的前几行应该也是上面这样的，做一些改动：
第三行改为 #PBS -l nodes=你想要投的节点:ppn=1
这样应该就可以指定节点投作业了。
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ANYONEWHOISNOTSHOCKEDBYQUANTUMTHEORYHASNOTUNDERSTOODIT.--NIELSBOHR(1885-1962)
6楼2013-10-21 10:12:59
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