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wntc

木虫 (正式写手)

[求助] 如何让pbs脚本提交时,跳过一些节点!

所里一直是用qsub xxx.pbs方式提交作业,现在有一些节点有问题,pbs分配跳不过去,怎么在pbs里设置,屏蔽这些节点!

非管理员权限!
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jerkwin

专家顾问 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★
感谢参与,应助指数 +1
gkf高: 金币+2 2013-10-17 21:54:09
PBS倒是可以设定节点, 但是大部分系统是自动分配的, 你指定节点很可能永远不会开始计算
所以, 联系系统管理员才是正道

» 本帖已获得的红花(最新10朵)

2楼2013-10-17 21:29:08
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wntc

木虫 (正式写手)

送红花一朵
引用回帖:
2楼: Originally posted by jerkwin at 2013-10-17 21:29:08
PBS倒是可以设定节点, 但是大部分系统是自动分配的, 你指定节点很可能永远不会开始计算
所以, 联系系统管理员才是正道

的确是这样,我的问题是这样:有一些节点挂载有问题,作业分配到节点,直接掉,这个可以反映;
还有当时部分节点没有license(adf),管理员不知道能不能做到,让这些分配gaussian,不分配adf
关键是管理员不勤快,这周反映,下周才有反应,最好是自己能解决!
3楼2013-10-18 09:50:26
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童生

银虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★ ★
感谢参与,应助指数 +1
gmy1990: 金币+3 2013-10-18 15:15:18
#!/bin/bash
#PBS -N 1
#PBS -l nodes=c0115:ppn=1
#PBS -j oe
#PBS -V

##PBS -l nodes=1:ppn=8
#Please give the name of the INPUT_FILE, such as test.com  or ONLY test. Both of them can work.
INPUT_FILE=test

#----> enter the working directory <----

sleep 360000
exit 0

按上面的语句生成一个 .sh 文件(重点是第三行和最后两行),提交。这样就可以把有问题的节点占掉,然后再投自己的作业,这样就可以投到正常的节点上了。

» 本帖已获得的红花(最新10朵)

ANYONEWHOISNOTSHOCKEDBYQUANTUMTHEORYHASNOTUNDERSTOODIT.--NIELSBOHR(1885-1962)
4楼2013-10-18 15:00:44
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wntc

木虫 (正式写手)

送红花一朵
引用回帖:
4楼: Originally posted by 童生 at 2013-10-18 15:00:44
#!/bin/bash
#PBS -N 1
#PBS -l nodes=c0115:ppn=1
#PBS -j oe
#PBS -V

##PBS -l nodes=1:ppn=8
#Please give the name of the INPUT_FILE, such as test.com  or ONLY test. Both of them can work.
INPU ...

这招真的可行,不过有个问题是我只能交俩作业,现在堵俩节点,那我真成了雷锋了!
5楼2013-10-18 17:54:22
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童生

银虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
wntc: 金币+30, ★★★★★最佳答案, 可行,谢谢了! 2013-10-22 10:47:06
#!/bin/bash
#PBS -N 1
#PBS -l nodes=1:ppn=1
#PBS -j oe
#PBS -V

#Please give the name of the INPUT_FILE, such as test.com  or ONLY test. Both of them can work.
INPUT_FILE=g

你投作业的.sh文件的前几行应该也是上面这样的,做一些改动:
第三行改为 #PBS -l nodes=你想要投的节点:ppn=1
这样应该就可以指定节点投作业了。
ANYONEWHOISNOTSHOCKEDBYQUANTUMTHEORYHASNOTUNDERSTOODIT.--NIELSBOHR(1885-1962)
6楼2013-10-21 10:12:59
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