应《网络安全法》要求，自2017年10月1日起，未进行实名认证将不得使用互联网跟帖服务。为保障您的帐号能够正常使用，请尽快对帐号进行手机号验证，感谢您的理解与支持！

24小时热门版块排行榜    

小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 程序语言 » 其它 » ubuntu10.10 中脚本求助
51/1返回列表
查看: 1035  |  回复: 4
只看楼主 @他人 存档 新回复提醒 (忽略) 收藏    在APP中查看

shuifeng1988

金虫 (小有名气)

木虫

[求助] ubuntu10.10 中脚本求助

我在桌面上有一个in文件夹和一个out文件夹，in文件夹中有十个不同的文件，如a.fas, b.fas, c.fas .......， 每个文件内容如下所示（每个文件有多条序列，每条序列名都在>号后面，序列名要保留和原来一样）！我想将每条序列的最后面20个碱基除去，然后用相同的文件名字保存在out文件夹中，我应该如何写脚本！


>Myotis ricketti
ATGGATCATGCTGAAGAAACTGAAATCCTTGCAGCGGCCCAGAAGTACTATGTGGACAGG
CCTATCTTCAGTCACCTGGCCCTCCAGGAAATACTGCACACGAAGGACAAGATTCCGGAT
TCCATTGGGGATAAGCTAAAACAGGCATTCACATGTACTCCGAAGAAAATAAGAAATATC
ATTTATATGTTCTTACCCATAACTAAGTGGTTGCCAGCATACAAATTCAAGGAGTATGTG
TTGGGTGACTTGGTCTCAGGCATTAGCACAGGGGTGCTTCAGCTTCCTCAAGGCTTAGCC
TTCGCAATGTTGGCAGCTGTGCCTCCGGTGTTCGGCCTGTACTCTTCGTTTTACCCTGTT
ATCATGTATTGTTTTTTTGGAACCTCCAGACACATATCCATAGGTCCGTTTGCTGTAATT
AGCCTGATG
>Rhinopoma hardwickii
ATGGATCATGCTGAAGAAAATGAAATCCTTGCAGCAACCCAGAGGTACTATGTGGAAAGG
CCTATCTTTAGTCATCCCATCCTCCAGGAAAGACTGCACCAGAAGGACAAGATTTCGGAT
TCCATTGGGGATAAGCTGAAACAGGCATTCACATGTACTCCTAAGAAAATAAGAAATATC
ATTTATATGTTCTTACCCATAACTGAGTGGCTGCCAGCATACAAATTCAAGGAGTATGTG
TTGGGTGACTTGGTCTCAGGCATAAGCACAGGGGTGCTTCAGCTTCCTCAAGGTTTAGCC
TTTGCAATGTTGGCAGCTGTGCCTCCGGTGTTTGGCCTGTACTCTTCGTTTTACCCTGTT
ATCATGTATTGCTTTTTTGGAACCTCCAAACACATATCCATAGGTCCATTTGCTGTTATT
AGCCTGATG
>Murina leucogaster
ATGGATCATGCTGAAGAAACTGAAATCCTTGCAGCGGCCCAGAAGTACTATGTGGACAGG
CCTATCTTTAGTCACCTGGCCCTCCAGGAAATACTGCACACGAAGGACAAGATTCCGGAT
TCCATTGGGGATAAGCTAAAACAGGCGTTCACATGTACTCCTAAGAAAATAAGAAATATC
ATTTATATGTTCTTACCCATAACTGAGTGGTTGCCAGCATACAAATTCAAGGAGTATGTG
TTGGGTGACTTGGTCTCAGGCATTAGCACAGGGGTGCTTCAGCTTCCTCAAGGCTTAGCC
TTCGCAATGCTGGCAGCTGTGCCTCCGGTGTTCGGCCTGTACTCCTCGTTTTACCCTGTT
ATCATGTATTGTTTTTTTGGAACCTCCAAACACATATCCATAGGTCCGTTTGCTGTAATT
AGCCTGATG
>Megaderma lyra
ATGGATCATGCTGAAGAAACTGAAATCCTTGCAGCAACCCAGAAGTACTATGTGGAAAGG
CCTATCTTTAGTCATTCAGTCCTCCAGGAAAGACTGCACAAGAAGGACAAGATTTCAGAG
TCCATTGGGGATAAGCTGAAACAGGCATTCACATGTACTCCTAAGAAAATAAGAAATATC
ATTTATATGTTCCTACCCATAACTAAGTGGTTGCCAGCATACAATTTCAAGGAATATGTG
TTGGGTGACTTGGTCTCAGGCATAAGCACAGGAGTGCTTCAGCTTCCTCAAGGTTTAGCC
TTTGCAATGTTGGCAGCTGTGCCACCAGTGTTTGGCCTGTACTCTTCGTTTTACCCTGTT
ATCATGTATTGCTTTTTTGGAACCTCCAGACATATATCCATAGGTCCATTTGCTGTTATT
AGCCTGATG
回复此楼

» 猜你喜欢

» 本主题相关价值贴推荐，对您同样有帮助:
平生两愿：抱着美人，浪迹天涯！
1楼 2011-04-25 23:02:17
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

594wolfo

至尊木虫 (正式写手)
用perl吧
>Myotis ricketti 后面跟着的 跟它是一行么？
如果是一行 20个碱基=n个字符？
#!/user/bin/perl
use warnings;
use strict;
use Cwd;
my $dir= getcwd; #current directory
open IN, "<$dir\/in\/a.fas";
open OUT, ">>$dir\/out\/a.fas";
for my $line ( {
  chomp($line);
  $line=~ s/[A-Z]{n}$//;  ##n是行尾的目标字符数
  print OUT "$line\n";
}
copy下来 另存为 test.pl 放在跟in out文件夹一个路径上
多个文件的话 glob *.fas下 加个 循环 就行了

本地没安装perl 没法测试了 找本书看看 一天时间就Ok了
赞一下 回复此楼
2楼2011-04-26 02:35:03
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

594wolfo

至尊木虫 (正式写手)
★ ★
微尘、梦想(金币+2): 谢谢参与应助！ 2011-04-26 17:39:30
上个回复中有些字符 被解析成 表情了 麻烦斑竹删除 谢谢
试试这个
用perl吧
>Myotis ricketti 后面跟着的 跟它是一行么？
如果是一行 20个碱基=n个字符？
CODE:
#!/user/bin/perl
use warnings;
use strict;
use Cwd;
my $dir= getcwd; #current directory
open IN, "<$dir\/in\/a.fas";
open OUT, ">>$dir\/out\/a.fas";
  for my $line () {
  chomp($line);
  $line=~ s/[A-Z]{n}$//; ##n是行尾的目标字符数
  print OUT "$line\n";
}
close IN;
close OUT;

copy下来 另存为 test.pl 放在跟in out文件夹一个路径上
多个文件的话 glob *.fas下 加个 循环 就行了

本地没安装perl 没法测试了 找本书看看 一天时间就Ok了
赞一下(1人) 回复此楼
3楼2011-04-26 02:40:36
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

huycwork

金虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

★ ★
微尘、梦想(金币+2): 谢谢参与应助！ 2011-04-26 17:39:51
俺给你来一个，经过测试的，假定abs文件的每个记录只有两行，多行的没测试过，不过应该也没得问题，因为.不匹配换行。
假定工作目录是in：
CODE:
#!/usr/bin/perl
use strict;
my @files = glob("*.abs");
foreach my $file (@files){
    open IN, "<", $file;
    open OUT, ">", "../out/$file";
    while(){
        if(/^>/){
            print OUT $_;
            next;
        }
        my($data) = /(.*)[ATCG]{20}$/;
        print OUT $data;
    }
    close IN;
    close OUT;
}
赞一下(1人) 回复此楼
漩涡的中心有一块空地，空空的。
4楼2011-04-26 10:28:55
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

huycwork

金虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

shuifeng1988(金币+10): 谢谢啊,基 本上好了，但还有个问题，就是序列要求在一行上，而我的序列是多行的，用你的方法，我得先将我的每条序列排在一行上 2011-04-27 01:16:36
上面的程序少了一个换行，补上，print OUT "$data\n";
赞一下 回复此楼
漩涡的中心有一块空地，空空的。
5楼2011-04-26 10:31:44
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
相关版块跳转 我要订阅楼主 shuifeng1988 的主题更新
51/1返回列表
普通表情 龙 兔 虎 猫
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[基金申请] 面上的水很深 +13 布布和一二 2026-07-18 18/900 2026-07-18 20:37 by 日月天地
[基金申请] 国社科通讯评审 +4 潜水冠军123 2026-07-18 5/250 2026-07-18 19:58 by chenmodeyu
[基金申请] 5个%2F，非固定段22个字母 +8 jaasxulu 2026-07-15 9/450 2026-07-18 17:40 by dxcgbm
[基金申请] 生命口C13面上会评时间 +7 luckinging 2026-07-14 11/550 2026-07-17 20:43 by 虫卜1988
[教师之家] 内心匮乏 +16 水冰月月野兔 2026-07-12 16/800 2026-07-17 19:25 by otani
[基金申请] 生命口面上会评结束了吗大家有知道结果吗？现在还没有结果正常不？ +6 碧水00 2026-07-16 9/450 2026-07-17 15:21 by jaasxulu
[论文投稿] 投英文期刊如何查重 10+5 不知道取什么名� 2026-07-15 6/300 2026-07-17 09:07 by bobvan
[基金申请] 不要再数国自然申请书的 filecode 的分隔符个数了 +14 sadpencil 2026-07-12 21/1050 2026-07-17 00:15 by wangze12014
[有机交流] 伯胺上甲基求助 100+4 002tmumu 2026-07-14 7/350 2026-07-16 19:47 by 002tmumu
[论文投稿] 跨出版社商投稿 20+5 倪好520 2026-07-13 5/250 2026-07-16 17:24 by 无视军团
[基金申请] 生生命学部会评 +4 wuke100666 2026-07-15 4/200 2026-07-16 00:12 by 啦啦小妮子
[基金申请] H口，面上，时间戳7月7日。 +3 plumage5 2026-07-15 3/150 2026-07-15 21:06 by 6543yes
[基金申请] 小木虫没落了，除了祈祷帖子，几乎看不到有价值的帖子 +13 botar 2026-07-14 14/700 2026-07-15 19:28 by 寒流32
[基金申请] 会评 +5 无名者登山 2026-07-15 5/250 2026-07-15 18:15 by 杠就是你对
[基金申请] E口会评 +11 布布和一二 2026-07-13 13/650 2026-07-15 16:34 by Kittylucky
[基金申请] E口青C会评结束了吗？ 40+3 小小书虫c 2026-07-14 9/450 2026-07-15 16:04 by 安静的知了
[论文投稿] 农业机械学报投稿周期 +3 G0DLIN 2026-07-14 7/350 2026-07-15 09:26 by xs74101122
[基金申请] 国自然面上D口祈祷 +4 monkeynana 2026-07-14 4/200 2026-07-15 09:14 by 白水煮
[基金申请] 没收到消息，再次陪跑 +3 天空星辰fly 2026-07-14 3/150 2026-07-14 19:14 by 6543yes
[基金申请] 明天E口面上会评 +8 布布和一二 2026-07-12 9/450 2026-07-13 22:59 by QTSorange
信息提示
关闭
请填处理意见
关闭