24小时热门版块排行榜    

查看: 3460  |  回复: 11

lgxyz

铜虫 (正式写手)

[交流] 【求助】求将vasp的输出文件转化成xyz坐标的脚本 已有4人参与

各位虫友,哪位有将vasp的输出文件转化成xyz坐标的脚本,能否给一份,不胜感激!
回复此楼
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
回帖支持 ( 显示支持度最高的前 50 名 )

condensed

木虫 (著名写手)


小木虫(金币+0.5):给个红包,谢谢回帖交流
他要的是原胞和晶胞之间的坐标转换.不是把晶体坐标转为直角坐标.说真我还真不知道怎么样简单的吧原胞变为晶胞.因为有时候原胞和晶胞的原子数都不一样.
8楼2010-08-07 10:41:34
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
普通回帖

cenwanglai

荣誉版主 (知名作家)

老和山猥琐派九段

优秀版主

lgxyz(金币+10):vtstool是什么 能不能给个链接?谢谢! 2010-08-06 18:59:23
vtstool code里面有perl程序.


pos2xyz.pl 怎么样呢?试试看。

http://theory.cm.utexas.edu/vtsttools/scripts/

[ Last edited by cenwanglai on 2010-8-7 at 11:25 ]
2楼2010-08-06 17:33:29
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

calos818

木虫 (著名写手)

新人菜鸟


小木虫(金币+0.5):给个红包,谢谢回帖交流
引用回帖:
Originally posted by lgxyz at 2010-08-06 17:29:49:
各位虫友,哪位有将vasp的输出文件转化成xyz坐标的脚本,能否给一份,不胜感激!

你好,输出文件有好多,CONTCAR里面就分数或卡迪尔坐标,你指的输出为xyz坐标是啥意思
3楼2010-08-07 07:52:33
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

cenwanglai

荣誉版主 (知名作家)

老和山猥琐派九段

优秀版主


小木虫(金币+0.5):给个红包,谢谢回帖交流
引用回帖:
Originally posted by calos818 at 2010-08-07 07:52:33:

你好,输出文件有好多,CONTCAR里面就分数或卡迪尔坐标,你指的输出为xyz坐标是啥意思

估计是卡迪尔坐标。
我的POSCAR都是用direct的。有空去看看转换的perl文件的代码就知道细节了。
4楼2010-08-07 09:49:23
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

calos818

木虫 (著名写手)

新人菜鸟


小木虫(金币+0.5):给个红包,谢谢回帖交流
引用回帖:
Originally posted by cenwanglai at 2010-08-07 09:49:23:


估计是卡迪尔坐标。
我的POSCAR都是用direct的。有空去看看转换的perl文件的代码就知道细节了。

你好,我的CONTCAR是原胞基矢,原子坐标都是Direct的,现在想转换到卡迪尔坐标下,想看看与实验给出的晶胞数据对比,不知这个脚本能否实现,还有原胞和晶胞基矢之间关系哪儿可以查到,谢谢你
5楼2010-08-07 10:12:08
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

cenwanglai

荣誉版主 (知名作家)

老和山猥琐派九段

优秀版主


小木虫(金币+0.5):给个红包,谢谢回帖交流
引用回帖:
Originally posted by calos818 at 2010-08-07 10:12:08:


你好,我的CONTCAR是原胞基矢,原子坐标都是Direct的,现在想转换到卡迪尔坐标下,想看看与实验给出的晶胞数据对比,不知这个脚本能否实现,还有原胞和晶胞基矢之间关系哪儿可以查到,谢谢你

我的做法是用getcif.pl这个先把CONTCAR变成.cif格式文件,用MS直接打开,然后插入对称性,然后做conventional cell。后续的编程.car文件怎么样呢?

没有做过,试试看,呵呵。

[ Last edited by cenwanglai on 2010-8-7 at 11:21 ]
6楼2010-08-07 10:22:35
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

calos818

木虫 (著名写手)

新人菜鸟


小木虫(金币+0.5):给个红包,谢谢回帖交流
引用回帖:
Originally posted by cenwanglai at 2010-08-07 10:22:35:

我的做法是用getcif.pl这个先把CONTCAR编程.cif格式文件,用MS直接打开就可以看到卡迪尔坐标格式了。在MS中到处.car文件估计就可以。

我刚看了下,有个poscif.pl,你指的getcif.pl是哪个的
7楼2010-08-07 10:37:52
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

cenwanglai

荣誉版主 (知名作家)

老和山猥琐派九段

优秀版主


小木虫(金币+0.5):给个红包,谢谢回帖交流
引用回帖:
Originally posted by calos818 at 2010-08-07 10:37:52:

我刚看了下,有个poscif.pl,你指的getcif.pl是哪个的

哦,那个可能是fanchen021自己编写上传的。我下载下来放进去的。好像比pos2cif好用呢。
http://muchong.com/bbs/viewthread.php?tid=1690400

[ Last edited by cenwanglai on 2010-8-7 at 11:35 ]
9楼2010-08-07 11:24:21
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

dxcharlary

专家顾问 (职业作家)

★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包,谢谢回帖交流
cenwanglai(金币+1):呵呵,是这样的。一般都想逃避数学运算。而且额启动matlab需要等待10s左右,还需要读入矩阵。呵呵 2010-08-07 12:13:11
晕,contcar里面不是有晶格矢量和分数坐标吗?你把分数坐标矩阵(n*3)乘上格矢矩阵(3*3)得到的就是xyz坐标啊(n*3),用matlab复制粘贴就可以了
10楼2010-08-07 11:28:05
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
相关版块跳转 我要订阅楼主 lgxyz 的主题更新
普通表情 高级回复 (可上传附件)
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[教师之家] 焦虑 +6 水冰月月野兔 2026-03-13 8/400 2026-03-16 06:39 by lfq_198989
[考研] 327求调剂 +6 拾光任染 2026-03-15 11/550 2026-03-15 22:47 by 拾光任染
[文学芳草园] 伙伴们,祝我生日快乐吧 +15 myrtle 2026-03-10 24/1200 2026-03-15 21:16 by 苏州_逗号
[考研] 材料工程专硕274一志愿211求调剂 +5 薛云鹏 2026-03-15 5/250 2026-03-15 20:38 by Logic2024
[考研] 求老师收留调剂 +4 jiang姜66 2026-03-14 5/250 2026-03-15 20:11 by Winj1e
[考研] 311求调剂 +5 冬十三 2026-03-15 5/250 2026-03-15 18:38 by 无际的草原
[考研] 0856专硕279求调剂 +5 加油加油!? 2026-03-15 5/250 2026-03-15 11:58 by 2020015
[考研] 308求调剂 +4 是Lupa啊 2026-03-09 4/200 2026-03-14 02:06 by tranquil_ya
[考研] 085600求调剂 +3 a邵星池 2026-03-09 3/150 2026-03-14 01:32 by JourneyLucky
[考研] 云南财经大学信息学院计算机学硕专硕学位点 +3 zjptai 2026-03-10 5/250 2026-03-14 01:23 by 飞行琦
[考研] 318求调剂 +3 李新光 2026-03-10 3/150 2026-03-14 00:21 by JourneyLucky
[考研] 材料与化工求调剂一志愿 985 总分 295 +8 dream…… 2026-03-12 8/400 2026-03-13 22:17 by 星空星月
[考研] 0703化学求调剂 +7 绿豆芹菜汤 2026-03-12 7/350 2026-03-13 17:25 by njzyff
[考研] 302求调剂 +6 负心者当诛 2026-03-11 6/300 2026-03-13 16:11 by JourneyLucky
[考研] 材料301分求调剂 +5 Liyouyumairs 2026-03-12 5/250 2026-03-13 14:42 by JourneyLucky
[考研] 材料调剂,307分 +13 张泳铭1 2026-03-09 17/850 2026-03-13 11:09 by 薛云鹏
[考研] 0817化学工程与技术考研312分调剂 +3 T123 tt 2026-03-12 3/150 2026-03-13 10:49 by houyaoxu
[考研] 一志愿江南大学085701环境工程专硕总分287求调剂 +5 18266118446 2026-03-09 5/250 2026-03-11 16:51 by 2020015
[考研] 298求调剂 +3 Vv呀! 2026-03-10 3/150 2026-03-10 22:40 by 剑诗杜康
[考研] 家人们 调剂不迷路 看这里 +8 likeihood 2026-03-09 13/650 2026-03-10 08:09 by likeihood
信息提示
请填处理意见