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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 第一性原理 » Vasp&MedeA » 【求助】求将vasp的输出文件转化成xyz坐标的脚本
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lgxyz

铜虫 (正式写手)

[交流] 【求助】求将vasp的输出文件转化成xyz坐标的脚本 已有4人参与

各位虫友，哪位有将vasp的输出文件转化成xyz坐标的脚本，能否给一份，不胜感激！
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1楼 2010-08-06 17:29:49
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condensed

木虫 (著名写手)
★
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他要的是原胞和晶胞之间的坐标转换.不是把晶体坐标转为直角坐标.说真我还真不知道怎么样简单的吧原胞变为晶胞.因为有时候原胞和晶胞的原子数都不一样.
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8楼2010-08-07 10:41:34
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cenwanglai

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lgxyz(金币+10):vtstool是什么 能不能给个链接？谢谢！ 2010-08-06 18:59:23
vtstool code里面有perl程序.


pos2xyz.pl 怎么样呢？试试看。

http://theory.cm.utexas.edu/vtsttools/scripts/

[ Last edited by cenwanglai on 2010-8-7 at 11:25 ]
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2楼2010-08-06 17:33:29
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calos818

木虫 (著名写手)

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Originally posted by lgxyz at 2010-08-06 17:29:49:
各位虫友，哪位有将vasp的输出文件转化成xyz坐标的脚本，能否给一份，不胜感激！

你好，输出文件有好多，CONTCAR里面就分数或卡迪尔坐标，你指的输出为xyz坐标是啥意思
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3楼2010-08-07 07:52:33
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cenwanglai

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Originally posted by calos818 at 2010-08-07 07:52:33:

你好，输出文件有好多，CONTCAR里面就分数或卡迪尔坐标，你指的输出为xyz坐标是啥意思

估计是卡迪尔坐标。
我的POSCAR都是用direct的。有空去看看转换的perl文件的代码就知道细节了。
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4楼2010-08-07 09:49:23
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calos818

木虫 (著名写手)

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Originally posted by cenwanglai at 2010-08-07 09:49:23:


估计是卡迪尔坐标。
我的POSCAR都是用direct的。有空去看看转换的perl文件的代码就知道细节了。

你好，我的CONTCAR是原胞基矢，原子坐标都是Direct的，现在想转换到卡迪尔坐标下，想看看与实验给出的晶胞数据对比，不知这个脚本能否实现，还有原胞和晶胞基矢之间关系哪儿可以查到，谢谢你
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5楼2010-08-07 10:12:08
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cenwanglai

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Originally posted by calos818 at 2010-08-07 10:12:08:


你好，我的CONTCAR是原胞基矢，原子坐标都是Direct的，现在想转换到卡迪尔坐标下，想看看与实验给出的晶胞数据对比，不知这个脚本能否实现，还有原胞和晶胞基矢之间关系哪儿可以查到，谢谢你

我的做法是用getcif.pl这个先把CONTCAR变成.cif格式文件，用MS直接打开，然后插入对称性，然后做conventional cell。后续的编程.car文件怎么样呢？

没有做过，试试看，呵呵。

[ Last edited by cenwanglai on 2010-8-7 at 11:21 ]
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6楼2010-08-07 10:22:35
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calos818

木虫 (著名写手)

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Originally posted by cenwanglai at 2010-08-07 10:22:35:

我的做法是用getcif.pl这个先把CONTCAR编程.cif格式文件，用MS直接打开就可以看到卡迪尔坐标格式了。在MS中到处.car文件估计就可以。

我刚看了下，有个poscif.pl，你指的getcif.pl是哪个的
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7楼2010-08-07 10:37:52
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cenwanglai

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Originally posted by calos818 at 2010-08-07 10:37:52:

我刚看了下，有个poscif.pl，你指的getcif.pl是哪个的

哦，那个可能是fanchen021自己编写上传的。我下载下来放进去的。好像比pos2cif好用呢。
http://muchong.com/bbs/viewthread.php?tid=1690400

[ Last edited by cenwanglai on 2010-8-7 at 11:35 ]
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9楼2010-08-07 11:24:21
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dxcharlary

专家顾问 (职业作家)
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小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
cenwanglai(金币+1):呵呵，是这样的。一般都想逃避数学运算。而且额启动matlab需要等待10s左右，还需要读入矩阵。呵呵 2010-08-07 12:13:11
晕，contcar里面不是有晶格矢量和分数坐标吗？你把分数坐标矩阵（n*3）乘上格矢矩阵（3*3）得到的就是xyz坐标啊（n*3）,用matlab复制粘贴就可以了
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10楼2010-08-07 11:28:05
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