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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 第一性原理 » Vasp&MedeA » 【原创】将POSCAR转化为cif文件的一个脚本
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fanchen021

铁杆木虫 (正式写手)

[资源] 【原创】将POSCAR转化为cif文件的一个脚本

下午看到论坛里有人发布了处理VASP计算结果的程序。我觉得非常好。这里也分享自己写的一个将POSCAR转成cif文件的脚本。


功能：将VASP计算的CONTCAR和POSCAR转成cif文件。后者可以直接用MS软件打开，查看计算构型。

使用方法：
1. 下载附件中的getcif.pl文件，复制到vtstscripts目录下。并确保该目录在环境变量$PATH中。vtstscripts下载见 http://theory.cm.utexas.edu/vtsttools/scripts/
2. 将脚本文件变成可执行文件。
chmod +x getcif.pl
3. 在VASP工作目录下运行脚本。运行结果会显示凭屏幕上，同时保存在out.cif文件中。

注意事项：
1. 脚本运行需要读取CONTCAR（或POSCAR)和POTCAR文件。其中默认文件名为CONTCAR和POTCAR，即直接输入命令getcif.pl会将CONTCAR中的结构信息转成cif文件。
2. 脚本也支持任意文件名的POSCAR和POTCAR格式的文件。这时需要输入getcif.pl poscarfile（POTCAR文件名仍为默认POTCAR），或getcif.pl poscarfile potcarfile。

查看构型方法：
正确运行脚本后，运行结果会显示在屏幕上， 同时保存在out.cif文件中。这时有两个方法可以在MS中查看构型。
方法一、将out.cif文件导出，用MS软件直接打开即可查看构型。
方法二、在MS软件中新建一个文本文件File->New- > Text，复制屏幕上的输出结果到text文件中，保存后关闭，然后重命名该文件（右击- > Rename)，将后缀名改为cif。这时会弹出一个对话框，询问要不要改后缀名。点击Yes后再打开，即可看到构型。
由于本人的计算需要登陆Linux计算集群，而处理计算结果则是在自己的电脑上（XP系统），因此，用方法二更加方便。大家可以根据自己的实际情况，选择适合自己的方法。

纳米盘下载地址：http://www.namipan.com/d/getcif. ... b5713bca4e7ff040000
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1楼2009-11-25 18:58:32
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sunyang1988

至尊木虫 (著名写手)

★★★★★ 五星级,优秀推荐

非常感谢,我用另外一个windows下程序出错的情况下用这个脚本解决了
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28楼2010-08-12 10:11:28
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xiezhong

银虫 (小有名气)
引用回帖:
Originally posted by fanchen021 at 2009-11-25 18:58:32:
下午看到论坛里有人发布了处理VASP计算结果的程序。我觉得非常好。这里也分享自己写的一个将POSCAR转成cif文件的脚本。


功能：将VASP计算的CONTCAR和POSCAR转成cif文件。后者可以直接用MS软件打开，查看计 ...

感谢您给我这么好的东西。我用它的时候，遇到了点问题，首先我把getcif.pl放到vtstscripts内，（vtstscript是放在我的bin目录下面的）然后进行设置权限。接着我在需要转换的目录下面直接输入getcif.pl,an't locate vasp.pm in @INC (@INC contains: /home/fning/bin /usr/lib64/perl5/site_perl/5.8.8/x86_64-linux-thread-multi /usr/lib/perl5/site_perl/5.8.8 /usr/lib/perl5/site_perl /usr/lib64/perl5/vendor_perl/5.8.8/x86_64-linux-thread-multi /usr/lib/perl5/vendor_perl/5.8.8 /usr/lib/perl5/vendor_perl /usr/lib64/perl5/5.8.8/x86_64-linux-thread-multi /usr/lib/perl5/5.8.8 .) at /home/fning/bin/getcif.pl line 10.
BEGIN failed--compilation aborted at /home/fning/bin/getcif.pl line 10.。请问楼主，怎么能解决这个问题，谢谢楼主的帮助。谢谢
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40楼2011-06-17 20:31:38
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louazhao

禁虫 (初入文坛)
本帖内容被屏蔽
43楼2011-06-18 12:48:06
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18247120307

新虫 (初入文坛)
引用回帖:
43楼: Originally posted by louazhao at 2011-06-18 12:48:06
用vi编辑器打开 ~/.bashrc
既         vi ~/.bashrc
然后    在末尾添加一行   export PATH=/yourdir:$PATH
其中/yourdir 就是你vtstscripts 的绝对路径。
比如说我的就是
export PATH=/home/louazhao/pro/vt ...

bash一下是什么意思
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135楼2016-11-17 16:05:00
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普通回帖

fanchen021

铁杆木虫 (正式写手)
希望大家共同探讨，把处理结果变得更加简单。
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2楼2009-11-25 19:00:40
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liluyan

银虫 (正式写手)

★★★★★ 五星级,优秀推荐

好,谢谢啊!
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4楼2009-11-26 09:36:40
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xiaojie7783

金虫 (小有名气)

★★★★★ 五星级,优秀推荐

怎么都没有人回复呢 很好啊 支持一下 试试再说
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6楼2009-11-26 10:24:04
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fanchen021

铁杆木虫 (正式写手)
只能说大家都对这种方法不感兴趣，或是有了更好的方法
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7楼2009-11-26 14:05:38
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含草

金虫 (小有名气)

★★★★★ 五星级,优秀推荐

好东东,谢谢
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8楼2009-11-26 20:26:02
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zdd2008

金虫 (职业作家)

★★★★★ 五星级,优秀推荐

顶顶！！！
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9楼2009-11-26 22:20:42
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qqpie

木虫 (职业作家)

★★★★★ 五星级,优秀推荐

谢谢楼主!@@
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10楼2009-11-26 22:53:15
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xiaowandouer

木虫 (正式写手)

★★★★★ 五星级,优秀推荐

感谢像楼主这样无私奉献的人们。。。。
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11楼2009-11-27 08:25:53
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樱花

木虫 (正式写手)

★★★★★ 五星级,优秀推荐

楼主辛苦了，谢谢分享，向您学习
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12楼2009-11-27 16:21:12
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chenweiguang

金虫 (小有名气)

★★★ 三星级,支持鼓励

不错，正需要
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13楼2009-11-28 01:23:08
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zengxiangm

木虫 (小有名气)
谢谢楼主分享，以后又问题再请教你
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15楼2009-12-26 21:11:33
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wjhwoods

铜虫 (正式写手)

thanks

将POSCAR转化为cif文件的一个脚本,
en, 学习了。
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16楼2010-02-05 04:37:58
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cenwanglai

荣誉版主 (知名作家)

★★★★★ 五星级,优秀推荐

呵呵,大概同时用vasp和ms的人都大部分都是自己写脚本的.
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17楼2010-05-06 19:24:13
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cenwanglai

荣誉版主 (知名作家)
这个脚本跟pos2cif.pl有什么差别呢?
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18楼2010-05-07 09:34:13
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wangzg9292

木虫 (正式写手)

★★★ 三星级,支持鼓励

好东西，学习了
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19楼2010-05-07 09:54:03
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fanchen021

铁杆木虫 (正式写手)
引用回帖:
Originally posted by cenwanglai at 2010-05-07 09:34:13:
这个脚本跟pos2cif.pl有什么差别呢?

我发这贴的时候vtstscripts里还没有pos2cif.pl这个脚本。

至于差别，试试就知道了。
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20楼2010-05-07 10:10:14
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cenwanglai

荣誉版主 (知名作家)
好象比pos2cif.pl好呢.角度上对应的更好.
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21楼2010-05-07 21:31:48
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sjzxbe

木虫 (小有名气)

★★★★★ 五星级,优秀推荐

★
zzy870720z(金币+1):谢谢提供，期待你更好的表现 2010-07-02 12:02:34
谢谢，学习了。Vasp计算后可以直接用VESTA打开。VESTA2.1.4版地址http://www.geocities.jp/kmo_mma/crystal/en/vesta-doc.html
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22楼2010-07-02 11:43:45
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流浪猫8386

银虫 (正式写手)

★★★ 三星级,支持鼓励

顶，非常有想法，值得学习
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23楼2010-07-02 14:37:55
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erylingjet

铁杆木虫 (著名写手)

★★★★★ 五星级,优秀推荐

不错的说
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24楼2010-07-02 15:32:40
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calos818

木虫 (著名写手)

★★★★★ 五星级,优秀推荐

很好的工作！谢谢楼主分享自己的工作！
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26楼2010-08-07 13:27:54
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luoqiquan

木虫 (著名写手)

★★★★★ 五星级,优秀推荐

★★★★★ 五星级
thank you verrrrrrrrrrrrrrrrrrrrrrrrrrrrrry much
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27楼2010-08-11 17:56:24
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ellsaking

金虫 (正式写手)

★★★★★ 五星级,优秀推荐

牛~啊~
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30楼2010-10-09 15:41:11
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bigcontinent

金虫 (正式写手)

★★★★★ 五星级,优秀推荐

我一直在用，真的很好用
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31楼2010-10-29 10:14:55
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cocolv

木虫 (正式写手)

★★★★★ 五星级,优秀推荐

谢谢楼主分享
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32楼2011-04-15 22:44:30
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joannewanghf

铁虫 (小有名气)

★★★★★ 五星级,优秀推荐

下载不了，能传给我一份吗joannewanghf@gmail.com 非常感激。
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34楼2011-05-04 09:39:53
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cenwanglai

荣誉版主 (知名作家)
引用回帖:
Originally posted by joannewanghf at 2011-05-04 09:39:53:
下载不了，能传给我一份吗joannewanghf@gmail.com 非常感激。

可以下载的。是你的网络的问题。
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35楼2011-05-04 09:43:19
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joannewanghf

铁虫 (小有名气)
引用回帖:
Originally posted by cenwanglai at 2011-05-04 09:43:19:
可以下载的。是你的网络的问题。

是的，已经下辖来了，多谢了
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37楼2011-05-04 11:19:34
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sleep桉

新虫 (初入文坛)

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不知楼主是否有chg2cube.pl chgdiff.pl doslplot.pl split_dos等这些源代码，有的话麻烦发我一份，不甚感激，邮箱：tmy2007.good@163.com   
getcif.pl很好用，非常感谢。
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38楼2011-05-18 21:53:21
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xiezhong

银虫 (小有名气)

★★★★★ 五星级,优秀推荐

非常好，谢谢啊
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39楼2011-06-15 22:23:10
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xiezhong

银虫 (小有名气)
引用回帖:
Originally posted by fanchen021 at 2009-11-25 18:58:32:
下午看到论坛里有人发布了处理VASP计算结果的程序。我觉得非常好。这里也分享自己写的一个将POSCAR转成cif文件的脚本。


功能：将VASP计算的CONTCAR和POSCAR转成cif文件。后者可以直接用MS软件打开，查看计 ...

我对于这句话“下载附件中的getcif.pl文件，复制到vtstscripts目录下。并确保该目录在环境变量$PATH中”，不怎么理解，确保该目录在环境变量$PATH中是什么意思呢
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41楼2011-06-17 20:32:37
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louazhao

禁虫 (初入文坛)
本帖内容被屏蔽
42楼2011-06-18 12:38:56
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fanchen021

铁杆木虫 (正式写手)
引用回帖:
Originally posted by louazhao at 2011-06-18 12:38:56:
好东西，正需要呢，但是发现一个问题，貌似getcif.pl计算晶胞的角度没有pos2cif.pl 的好，我的三斜晶体用getcif.pl，直接有两个角没有算出来，很怪异，结果贴上。
_cell_length_a           20.032644
_cell_le ...

三斜晶体我测试过 是没有问题的，能否贴下你的CONTCAR， 我试试看。
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44楼2011-06-18 18:50:30
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fanchen021

铁杆木虫 (正式写手)
引用回帖:
Originally posted by xiezhong at 2011-06-17 20:32:37:
我对于这句话“下载附件中的getcif.pl文件，复制到vtstscripts目录下。并确保该目录在环境变量$PATH中”，不怎么理解，确保该目录在环境变量$PATH中是什么意思呢

方法见42 L, 建议看看Linux 操作指南之类的书。
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45楼2011-06-18 18:52:25
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2011-07-01 18:04   回复  
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malou48楼
2011-10-09 14:27   回复  
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thelrgbird49楼
2011-10-16 11:48   回复  
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lrjhxh50楼
2011-11-01 16:13   回复  
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