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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 第一性原理 » Vasp&MedeA » cif文件自动转成POSCAR，并固定z轴指定原子脚本
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58153365

铜虫 (小有名气)

[资源] cif文件自动转成POSCAR，并固定z轴指定原子脚本

最近在做表面计算，为实现固定z轴指定原子，修改了下之前的虫友hedaors写的cif2pos脚本。
具体使用方法：
1. 从MS中导出cif文件（记得先Make P1再导出）
2.在Linux系统下，输入cif4slab cif文件名称 （回车）
3.输入元素符号 （回车）（为便于计算后生成cif文件，POSCAR的第一行自动改为所输入的元素）
4. 输入要固定的原子的分数坐标，比如输入0.25，则z轴分数坐标小于0.25的所有原子均固定。
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  • 附件 1 : cif4pos-slab
    • 2013-08-12 09:58:18, 4.62 K

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1楼 2013-08-12 09:59:47
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gavinliu7390

木虫 (著名写手)

★★★ 三星级,支持鼓励

没看懂，你想干什么。
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2楼2013-08-12 11:58:00
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58153365

铜虫 (小有名气)
引用回帖:
2楼: Originally posted by gavinliu7390 at 2013-08-12 11:58:00
没看懂，你想干什么。

做表面计算的时候，想固定某些层的原子，在每个原子坐标后面手动输入TTT或者FFF太麻烦了，就啥整了下脚本
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4楼2013-08-12 19:19:13
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xianglannihao

铜虫 (小有名气)

★★★★★ 五星级,优秀推荐

请教楼主，我在运行时出现如下问题：
$ cif4pos-slab 文件名.cif
提示: No such file or directory
但我已经将cif文件拷到linux系统下
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6楼2013-09-18 11:21:20
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58153365

铜虫 (小有名气)
引用回帖:
6楼: Originally posted by xianglannihao at 2013-09-18 11:21:20
请教楼主，我在运行时出现如下问题：
$ cif4pos-slab 文件名.cif
提示: No such file or directory
但我已经将cif文件拷到linux系统下

这个问题我倒是没遇到过啊，你检查下文件名是否正确
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7楼2013-09-18 23:12:53
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bianyuan2680

至尊木虫 (著名写手)
cp 到bin文件夹下
提示: No such file or directory

chmod +x  cif4pos-slab后提示
-bash: cif4pos-slab: command not found
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11楼2013-11-13 22:06:40
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maoshanjun

新虫 (正式写手)
引用回帖:
7楼: Originally posted by 58153365 at 2013-09-18 23:12:53
这个问题我倒是没遇到过啊，你检查下文件名是否正确...

我也是这样的情况额，求楼主~
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14楼2013-12-03 10:56:49
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maoshanjun

新虫 (正式写手)
引用回帖:
11楼: Originally posted by bianyuan2680 at 2013-11-13 22:06:40
cp 到bin文件夹下
提示: No such file or directory

chmod +x  cif4pos-slab后提示
-bash: cif4pos-slab: command not found

我也是这种情况啊，是怎么回事？求解救~
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15楼2013-12-04 14:56:18
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三少爷的猫

金虫 (小有名气)

★★★ 三星级,支持鼓励

你好，问一下，如果固定的是大于多少的改一下脚本可以不~~求解改哪里
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16楼2014-12-02 10:07:09
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三少爷的猫

金虫 (小有名气)
引用回帖:
16楼: Originally posted by 三少爷的猫 at 2014-12-02 10:07:09
你好，问一下，如果固定的是大于多少的改一下脚本可以不~~求解改哪里

也是醉了，我知道了，互换一下FFF和TTT的位置
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17楼2014-12-02 10:10:39
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luomin_zyj

捐助贵宾 (小有名气)

★★★★★ 五星级,优秀推荐

谢谢，希望有用，刚入手，不懂呀
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19楼2015-07-22 11:38:10
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vickyliner

金虫 (小有名气)

★★★★★ 五星级,优秀推荐

太感谢！免去了自己固定原子的痛苦啊！！！顶一下，感谢分享！
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25楼2016-10-21 10:25:45
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123左叉

新虫 (小有名气)

★★★★★ 五星级,优秀推荐

顶一下，感谢分享！好东西！！
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33楼2017-08-03 09:10:09
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眼泪和花生

铁虫 (小有名气)

★★★★★ 五星级,优秀推荐

好东西，解决了大麻烦！
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35楼2018-09-18 15:54:14
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ifmc12343楼
2013-08-12 15:04   回复  
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wucx12345楼
2013-09-17 08:25   回复  
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wuli88楼
2013-09-29 09:34   回复  
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pmm129楼
2013-10-27 14:06   回复  
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bianyuan268010楼
2013-11-12 15:03   回复  
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liangpei12楼
2013-11-14 19:45   回复  
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maoshanjun13楼
2013-12-03 10:38   回复  
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cwxie18楼
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fallleave21楼
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wangwenju34楼
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幻化成风199036楼
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