应《网络安全法》要求，自2017年10月1日起，未进行实名认证将不得使用互联网跟帖服务。为保障您的帐号能够正常使用，请尽快对帐号进行手机号验证，感谢您的理解与支持！

24小时热门版块排行榜    

小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 第一性原理 » Vasp&MedeA » cif文件自动转成POSCAR，并固定z轴指定原子脚本
361/1返回列表
查看: 7885  |  回复: 35
只看楼主 @他人 存档 新回复提醒 (忽略) 收藏    在APP中查看
【奖励】 本帖被评价26次，作者58153365增加金币 20.4 个

58153365

铜虫 (小有名气)

[资源] cif文件自动转成POSCAR，并固定z轴指定原子脚本

最近在做表面计算，为实现固定z轴指定原子，修改了下之前的虫友hedaors写的cif2pos脚本。
具体使用方法：
1. 从MS中导出cif文件（记得先Make P1再导出）
2.在Linux系统下，输入cif4slab cif文件名称 （回车）
3.输入元素符号 （回车）（为便于计算后生成cif文件，POSCAR的第一行自动改为所输入的元素）
4. 输入要固定的原子的分数坐标，比如输入0.25，则z轴分数坐标小于0.25的所有原子均固定。
回复此楼

» 本帖附件资源列表

  • 欢迎监督和反馈：小木虫仅提供交流平台，不对该内容负责。
    本内容由用户自主发布，如果其内容涉及到知识产权问题，其责任在于用户本人，如对版权有异议，请联系邮箱：xiaomuchong@tal.com
  • 附件 1 : cif4pos-slab
    • 2013-08-12 09:58:18, 4.62 K

» 收录本帖的淘帖专辑推荐

VASP 第一性原理计算-tg 表界面计算 VASP资料
化工专业课资料

» 猜你喜欢

» 本主题相关价值贴推荐，对您同样有帮助:
1楼 2013-08-12 09:59:47
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

gavinliu7390

木虫 (著名写手)

★★★ 三星级,支持鼓励

没看懂，你想干什么。
赞一下 回复此楼
2楼2013-08-12 11:58:00
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

58153365

铜虫 (小有名气)
引用回帖:
2楼: Originally posted by gavinliu7390 at 2013-08-12 11:58:00
没看懂，你想干什么。

做表面计算的时候，想固定某些层的原子，在每个原子坐标后面手动输入TTT或者FFF太麻烦了，就啥整了下脚本
赞一下 回复此楼
4楼2013-08-12 19:19:13
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

xianglannihao

铜虫 (小有名气)

★★★★★ 五星级,优秀推荐

请教楼主，我在运行时出现如下问题：
$ cif4pos-slab 文件名.cif
提示: No such file or directory
但我已经将cif文件拷到linux系统下
赞一下 回复此楼
6楼2013-09-18 11:21:20
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

58153365

铜虫 (小有名气)
引用回帖:
6楼: Originally posted by xianglannihao at 2013-09-18 11:21:20
请教楼主，我在运行时出现如下问题：
$ cif4pos-slab 文件名.cif
提示: No such file or directory
但我已经将cif文件拷到linux系统下

这个问题我倒是没遇到过啊，你检查下文件名是否正确
赞一下 回复此楼
7楼2013-09-18 23:12:53
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

bianyuan2680

至尊木虫 (著名写手)
cp 到bin文件夹下
提示: No such file or directory

chmod +x  cif4pos-slab后提示
-bash: cif4pos-slab: command not found
赞一下 回复此楼
11楼2013-11-13 22:06:40
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

maoshanjun

新虫 (正式写手)
引用回帖:
7楼: Originally posted by 58153365 at 2013-09-18 23:12:53
这个问题我倒是没遇到过啊，你检查下文件名是否正确...

我也是这样的情况额，求楼主~
赞一下 回复此楼
14楼2013-12-03 10:56:49
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

maoshanjun

新虫 (正式写手)
引用回帖:
11楼: Originally posted by bianyuan2680 at 2013-11-13 22:06:40
cp 到bin文件夹下
提示: No such file or directory

chmod +x  cif4pos-slab后提示
-bash: cif4pos-slab: command not found

我也是这种情况啊，是怎么回事？求解救~
赞一下 回复此楼
15楼2013-12-04 14:56:18
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

三少爷的猫

金虫 (小有名气)

★★★ 三星级,支持鼓励

你好，问一下，如果固定的是大于多少的改一下脚本可以不~~求解改哪里
赞一下 回复此楼
16楼2014-12-02 10:07:09
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

三少爷的猫

金虫 (小有名气)
引用回帖:
16楼: Originally posted by 三少爷的猫 at 2014-12-02 10:07:09
你好，问一下，如果固定的是大于多少的改一下脚本可以不~~求解改哪里

也是醉了，我知道了，互换一下FFF和TTT的位置
赞一下 回复此楼
17楼2014-12-02 10:10:39
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

luomin_zyj

捐助贵宾 (小有名气)

★★★★★ 五星级,优秀推荐

谢谢，希望有用，刚入手，不懂呀
赞一下 回复此楼
19楼2015-07-22 11:38:10
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

vickyliner

金虫 (小有名气)

★★★★★ 五星级,优秀推荐

太感谢！免去了自己固定原子的痛苦啊！！！顶一下，感谢分享！
赞一下 回复此楼
25楼2016-10-21 10:25:45
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

123左叉

新虫 (小有名气)

★★★★★ 五星级,优秀推荐

顶一下，感谢分享！好东西！！
回复此楼
33楼2017-08-03 09:10:09
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

眼泪和花生

铁虫 (小有名气)

★★★★★ 五星级,优秀推荐

好东西，解决了大麻烦！
赞一下 回复此楼
35楼2018-09-18 15:54:14
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
简单回复
ifmc12343楼
2013-08-12 15:04   回复  
五星好评  顶一下，感谢分享！
wucx12345楼
2013-09-17 08:25   回复  
五星好评  顶一下，感谢分享！
wuli88楼
2013-09-29 09:34   回复  
五星好评  顶一下，感谢分享！
pmm129楼
2013-10-27 14:06   回复  
五星好评  顶一下，感谢分享！
bianyuan268010楼
2013-11-12 15:03   回复  
五星好评  顶一下，感谢分享！
liangpei12楼
2013-11-14 19:45   回复  
五星好评  顶一下，感谢分享！
maoshanjun13楼
2013-12-03 10:38   回复  
五星好评  顶一下，感谢分享！
cwxie18楼
2015-05-05 10:09   回复  
五星好评  顶一下，感谢分享！
失败的路人20楼
2015-09-24 15:33   回复  
五星好评  顶一下，感谢分享！
fallleave21楼
2016-07-26 12:05   回复  
五星好评  顶一下，感谢分享！
园中园22楼
2016-07-27 12:16   回复  
五星好评  顶一下，感谢分享！
happyfishs23楼
2016-08-05 16:39   回复  
五星好评  顶一下，感谢分享！
yaohy24楼
2016-09-01 19:31   回复  
五星好评  顶一下，感谢分享！
chricheng26楼
2016-12-18 16:35   回复  
五星好评  顶一下，感谢分享！
无照驾驶00727楼
2016-12-23 14:36   回复  
五星好评  顶一下，感谢分享！
liangpei28楼
2016-12-30 14:23   回复  
顶一下，感谢分享！
无照驾驶00729楼
2017-01-15 16:58   回复  
顶一下，感谢分享！
失败的路人30楼
2017-01-17 08:46   回复  
顶一下，感谢分享！
骗人的小狗31楼
2017-01-17 08:55   回复  
五星好评  顶一下，感谢分享！
落天羽风32楼
2017-02-08 15:43   回复  
五星好评  顶一下，感谢分享！
wangwenju34楼
2018-07-19 17:40   回复  
五星好评  顶一下，感谢分享！
幻化成风199036楼
2019-07-16 16:11   回复  
五星好评  顶一下，感谢分享！
相关版块跳转 我要订阅楼主 58153365 的主题更新
361/1返回列表
☆ 无星级 ★ 一星级 ★★★ 三星级 ★★★★★ 五星级
普通表情 龙 兔 虎 猫 高级回复 (可上传附件)
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[考博] 售SCI一区T0P文章，我:8.O.55.1.O.54,科目齐全,可+急 +3 h4CP7TrQR8Lg 2026-08-22 5/250 2026-08-23 12:09 by LR9qGULyN2ew
[基金申请] 什么时候开奖？ +9 CrisMessi 2026-08-18 10/500 2026-08-23 12:03 by 丶昵称占用
[基金申请] 2026国自然函评费到账 +15 羊腰板 2026-08-21 16/800 2026-08-23 10:45 by process2012
[基金申请] 让我中一个面上吧！ +12 大萍1987 2026-08-20 14/700 2026-08-23 10:30 by wrm
[博后之家] 售SCI一区T0P文章，我:8.O.55.1.O54,科目全,可伽急 +3 DpSrDtM079iu 2026-08-22 5/250 2026-08-23 04:07 by OEbVnUOu01ol
[硕博家园] 售SCI一区文章，我:8O5.5.1.O5.4,科目全,可伽急 +3 2JOx3r2CYEgw 2026-08-22 7/350 2026-08-23 03:43 by OEbVnUOu01ol
[论文投稿] 售SCI一区T0P文章，我:8O.55.1.O.5.4,科目齐全,可+急 +3 2JOx3r2CYEgw 2026-08-22 6/300 2026-08-23 03:40 by OEbVnUOu01ol
[论文投稿] 售SCI一区T0P文章，我:8.O.55.1.O.5.4,科目全,可+急 +3 QTy3jDtz1uLt 2026-08-21 9/450 2026-08-23 03:04 by OEbVnUOu01ol
[基金申请] 只有每年这种时候来逛逛小木虫 +24 yaoyewhu2008 2026-08-20 26/1300 2026-08-22 17:43 by kammury
[基金申请] filecode，4个jtjc了 +13 ziyangfang 2026-08-19 16/800 2026-08-22 17:08 by WH3796
[教师之家] 售一区SCI文章T0P，我:8O.551.O54,科目全,可十急 +4 2JOx3r2CYEgw 2026-08-21 4/200 2026-08-22 16:52 by sunzitan
[基金申请] 人气不行了 +8 fansofjerry 2026-08-21 8/400 2026-08-22 16:30 by zyqchem
[基金申请] 今天基金会出结果吗？20260819 +16 kkkl_v 2026-08-19 17/850 2026-08-22 16:12 by 阿布Abu
[基金申请] 时间戳今天，20号变了 +5 archvillain 2026-08-20 5/250 2026-08-22 06:12 by hui_daxiao
[基金申请] 建议基金发布提前给出明确的时间点 +10 kulium 2026-08-21 13/650 2026-08-21 21:58 by alongwaytogo
[基金申请] 时间戳又变了 +13 wuchongjun 2026-08-20 19/950 2026-08-21 17:21 by 紫杉醇
[基金申请] 应该是下周三26日公布了吧？ +4 哈哈蛤？ 2026-08-21 4/200 2026-08-21 10:58 by Vivilian
[基金申请] 今天放榜没戏了吧 +9 yuleib84 2026-08-19 11/550 2026-08-21 10:06 by gltch
[基金申请] 估计是周四 +3 archvillain 2026-08-18 3/150 2026-08-21 01:48 by jnhyjjm
[基金申请] 明天放榜？ +5 Shxjjxjkx 2026-08-18 5/250 2026-08-18 18:14 by -大大大大大-
信息提示
关闭
请填处理意见
关闭