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【原创】cif2fdf: 把cif文件转换成适合fdf输入文件的小工具 已有3人参与
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平时用MS构建模型时，老是需要把坐标值导入EXCEL再进行各种计算，比较麻烦。所以编了一个小程序，可以读取 cif 文件中的晶格常数和原子坐标，进行计算后，生成适合fdf 输入文件格式的晶格常数和原子坐标。可以对新格式进行一些指定，包括原子的平移（通过指定旧结构中的模型中心坐标实现）、新晶格常数（用于生成真空层）等。可以输出新模型的 XV 文件，方便 xv2xsf 后用 XCrySDen 看一看。 现在我只是构建一些 Au(111) 面之类的简单模型，alpha/beta/gamma 为90/90/120。这个程序应该也可以处理 alpha/beta != 90的情况，但是没有具体实践过。 另外，创建了一个博客：www.niuchangning.com 里面主要是学习计算材料的一些记录，也有这个小程序的VS工程目录。 刚刚入门，请大家多多指教：） 下载地址： http://d.namipan.com/d/c87723dd1 ... a7ba1207c0a005e0000 [ Last edited by freewain on 2010-10-7 at 23:51 ] |
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 第一性原理计算辅助工具 | SIESTA | 计算化学相关 |
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bingmou(金币+5):感谢详细讨论 2010-10-27 20:27:45
bingmou(金币+5):感谢详细讨论 2010-10-27 20:27:45
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你好freewain，感谢你的转换工具，虽然我不用这个转换工具。但是一样感谢你的分享精神。你的博客我已经收藏了，希望经常给我们一些新东西。看到你的一个日志：“Output Format of .TRANS Files” 我想悄悄地告诉你，这个文件的每列的内容分别是： 第一列：能量(在fdf里面指定的那个透射谱的计算范围，并且电流的计算也是在这个范围内计算，所以要把这个设置的大于偏压窗。) 第二列：整个体系的透射谱TotT(E)，这个体系的意思是散射区+两个无限大的电极。 第三列：整个体系的态密度TotDOS。 第四列：TotDOS在散射区或者说contact region(电极的表面层+中间分子)的投影称为PDOS。 运行tbtrans的时候，如果你将标准输出从新定向到一个文件中去的话，你就会发现在文件中有这个提示： ====================================== Projection Region: atoms : [ 37; 80 ] Projection Region: states: [ 1;452 ] ;452 Starting K-Point loop for spin: 1 Transport for spin -> 1 , kxy-point -> 1, of Node 0 kxy=(-.096 0.028 0.000 ),w= 0.0556 E T(E) TotDOS PDOS -2.00000 0.53137355E+00 0.39447417E+03 0.39447029E+03 -1.99599 0.51072620E+00 0.41546424E+03 0.41546042E+03 -1.99199 0.49874495E+00 0.44846299E+03 0.44845938E+03 =============================================== 并且并行的话，这个是按照节点输出的。 希望有用，以后多多交流。另外，你的英语不错啊！ [ Last edited by zhangguangping on 2010-10-27 at 13:36 ] |
7楼2010-10-27 20:22:09
8楼2010-10-28 09:17:44
简单回复
lili02092楼
2010-10-07 23:49
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小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
谢谢分享！
zxzj053楼
2010-10-08 00:48
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jghe4楼
2010-10-08 02:11
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支持！！！
aylayl085楼
2010-10-08 09:20
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谢谢分享
wuli86楼
2010-10-08 10:33
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