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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 第一性原理 » Vasp&MedeA » 【分享】将cif文件直接转成POSCAR文件的小程序cif2poscar
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【奖励】 本帖被评价48次，作者phast增加金币 37.2 个

phast

银虫 (小有名气)

[资源] 【分享】将cif文件直接转成POSCAR文件的小程序cif2poscar已有2人参与

由于初学VASP，经常要编辑POSCAR文件，感到很烦，所以自己编了一个自动将cif文件转变成POSCAR文件的小程序cif2poscar，现拿来分享给大家。由于初学编程，难免疏漏百出，算法可笑，望不吝赐教。
鉴于有很多像我一样的初学者，使用方法如下：
1.解压
tar -zxvf cif2poscar.0.*.tar.gz
2.编译连接：
gcc -o cif2poscar  cif2poscar.0.*.c /usr/lib/libm.a(或其他的库文件)
3.运行：
./cif2poscar *.cif (或者将cif2poscar拷贝到/usr/local/bin/后，直接在任何地方运行cif2poscar *.cif)
即在当前文件夹产生POSCAR文件。


下载

[ Last edited by phast on 2011-2-14 at 15:02 ]

0.6版本，修改了对三斜晶胞的不支持。仍然不支持部分占据。[ Last edited by phast on 2013-4-4 at 15:45 ]
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1楼2011-02-09 17:55:04
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pro_junjie

禁虫 (正式写手)
★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
本帖内容被屏蔽
2楼2011-02-10 01:53:13
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phast

银虫 (小有名气)
★
zzy870720z(金币+1): 谢谢补充 2011-02-11 17:59:40
内容已删除
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3楼2011-02-10 14:27:25
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phast

银虫 (小有名气)
★
zzy870720z(金币+1): 谢谢补充 2011-02-11 17:59:55
已经修改了源文件使得在原子个数的一行后面加注释：原子种类的顺序。
以便于正确的concat文件POTCAR
另外也可以在软件VESTA或Material Studio里把构型建好导出为.cif格式再用这个小程序转成POSCAR也是很方便的。

[ Last edited by phast on 2011-2-10 at 14:35 ]
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4楼2011-02-10 14:33:54
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phast

银虫 (小有名气)
自己发现有bug，已经改了
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5楼2011-02-11 17:29:53
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pro_junjie

禁虫 (正式写手)
本帖内容被屏蔽
6楼2011-02-11 23:45:48
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cenwanglai

荣誉版主 (知名作家)

★★★★★ 五星级,优秀推荐

呵呵，ls的需要重新下载。
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7楼2011-02-12 06:31:24
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gavinliu7390

木虫 (著名写手)

★★★★★ 五星级,优秀推荐

鼓励原创！
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8楼2011-02-12 08:55:15
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phast

银虫 (小有名气)
又更新到了cif2poscar.0.4版本，加入了对Crystallographica 2产生的cif 和 ICSD 中下载到的cif文件的兼容,以及对cif文档unix风格和dos风格的任意切换的兼容。
看来大家对cif文件的格式定义很不统一啊！
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9楼2011-02-12 15:22:10
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phast

银虫 (小有名气)
从用户的反馈，发现一些bug,修改源文件，更新到了0.5版本。
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10楼2011-02-14 14:36:12
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sars518

木虫 (著名写手)

★★★★★ 五星级,优秀推荐

支持原创，希望楼主继续更新
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11楼2011-02-16 22:37:00
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dragon5061

至尊木虫 (正式写手)

★★★ 三星级,支持鼓励

不错，顶一下！~
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12楼2011-03-03 14:27:47
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hkq1989

新虫 (初入文坛)

★★★ 三星级,支持鼓励

为什么编译出错，？可否将编译详细过程写一下谢谢
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13楼2011-05-14 15:37:11
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maomao7910

金虫 (小有名气)

★★★★★ 五星级,优秀推荐

不错，多谢分享
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14楼2011-06-28 16:33:02
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04nylxb

木虫 (正式写手)

★★★★★ 五星级,优秀推荐

非常感谢，呵呵。

[ Last edited by 04nylxb on 2011-6-28 at 17:08 ]
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15楼2011-06-28 17:05:36
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swx0789

铜虫 (小有名气)
LZ, 我发现这个资源也感觉很好。但我用它来转化一个三斜晶系时发现基矢有问题（夹角变了），是你自己写的吗？建议您再检查一下。
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16楼2011-07-23 20:16:52
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lzllzl

木虫 (小有名气)

★★★ 三星级,支持鼓励

更强大的可用cif2cell程序包，google一下
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23楼2012-01-10 19:59:40
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lzllzl

木虫 (小有名气)
http://sourceforge.net/projects/cif2cell/files/
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24楼2012-01-10 20:00:10
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liancsh

铜虫 (小有名气)

★★★★★ 五星级,优秀推荐

不错的小程序，非常感谢！
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29楼2012-07-09 15:34:31
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robinson8607

铜虫 (初入文坛)
引用回帖:
1592595楼: Originally posted by lzllzl at 2012-01-10 20:00:10
http://sourceforge.net/projects/cif2cell/files/

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31楼2012-07-14 22:59:58
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冰冰洋

新虫 (初入文坛)

★★★★★ 五星级,优秀推荐

好东西
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32楼2012-07-19 20:54:23
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Capricorn_us

新虫 (初入文坛)
刚试了下做纤锌矿ZnS的POSCAR 结果提示分割错误、、怎么回事呢？从LZ给的AMCSD那下载的.cif
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36楼2012-11-07 22:36:21
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phast

银虫 (小有名气)
引用回帖:
1623961楼: Originally posted by Capricorn_us at 2012-11-07 22:36:21
刚试了下做纤锌矿ZnS的POSCAR 结果提示分割错误、、怎么回事呢？从LZ给的AMCSD那下载的.cif

我自己试了一下没有问题啊，纤锌矿ZnS，你把cif文件发给我看一下。你是用的0.5版本的吗？是什么程序提示“分割错误”？我的程序中没有这个提示啊。有问题请直接和我联系phast@yahoo.cn。另外，我的程序目前暂时不支持原子的部分占据。
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37楼2013-03-07 16:35:54
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phast

银虫 (小有名气)
引用回帖:
1558891楼: Originally posted by swx0789 at 2011-07-23 20:16:52
LZ, 我发现这个资源也感觉很好。但我用它来转化一个三斜晶系时发现基矢有问题（夹角变了），是你自己写的吗？建议您再检查一下。

是我两年前写的。确实0.5版本的有这个bug。正在修改，谢谢提醒。
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38楼2013-03-07 16:52:53
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天鹅绒

新虫 (初入文坛)

★★★ 三星级,支持鼓励

太谢谢楼主了
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41楼2013-08-12 21:31:45
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海的那边

铜虫 (初入文坛)

★★★★★ 五星级,优秀推荐

非常好用
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47楼2014-02-26 19:16:19
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简单回复
wuli817楼
2011-08-10 16:44   回复  
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wangyujia18楼
2011-08-14 15:46   回复  
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qqpie19楼
2011-12-19 17:49   回复  
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huangll9920楼
2012-01-09 22:25   回复  
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sjzxbe21楼
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xuxiuhong200222楼
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ice_rain25楼
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lq686538726楼
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lchchl27楼
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dwd082630楼
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