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phast

银虫 (小有名气)


[资源] 【分享】将cif文件直接转成POSCAR文件的小程序cif2poscar已有2人参与

由于初学VASP,经常要编辑POSCAR文件,感到很烦,所以自己编了一个自动将cif文件转变成POSCAR文件的小程序cif2poscar,现拿来分享给大家。由于初学编程,难免疏漏百出,算法可笑,望不吝赐教。
鉴于有很多像我一样的初学者,使用方法如下:
1.解压
tar -zxvf cif2poscar.0.*.tar.gz
2.编译连接:
gcc -o cif2poscar  cif2poscar.0.*.c /usr/lib/libm.a(或其他的库文件)
3.运行:
./cif2poscar *.cif (或者将cif2poscar拷贝到/usr/local/bin/后,直接在任何地方运行cif2poscar *.cif)
即在当前文件夹产生POSCAR文件。


下载

[ Last edited by phast on 2011-2-14 at 15:02 ]

0.6版本,修改了对三斜晶胞的不支持。仍然不支持部分占据。[ Last edited by phast on 2013-4-4 at 15:45 ]
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phast

银虫 (小有名气)


又更新到了cif2poscar.0.4版本,加入了对Crystallographica 2产生的cif 和 ICSD 中下载到的cif文件的兼容,以及对cif文档unix风格和dos风格的任意切换的兼容。
看来大家对cif文件的格式定义很不统一啊!
9楼2011-02-12 15:22:10
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pro_junjie

禁虫 (正式写手)


小木虫(金币+0.5):给个红包,谢谢回帖交流
本帖内容被屏蔽

2楼2011-02-10 01:53:13
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phast

银虫 (小有名气)



zzy870720z(金币+1): 谢谢补充 2011-02-11 17:59:40
下载cif2poscar.tar.gz
解压
gcc -o cif2poscar cif2poscar.c /lib64/libm.so.6(或/usr/lib/libm.a)
./cif2poscar AMS_DATA.cif
就在当前目录得到文件POSCAR
有的网站提供免费的晶体数据结构文件(.cif 和.amc)下载,例如:
http://rruff.geo.arizona.edu/AMS/amcsd.php
3楼2011-02-10 14:27:25
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phast

银虫 (小有名气)



zzy870720z(金币+1): 谢谢补充 2011-02-11 17:59:55
已经修改了源文件使得在原子个数的一行后面加注释:原子种类的顺序。
以便于正确的concat文件POTCAR
另外也可以在软件VESTA或Material Studio里把构型建好导出为.cif格式再用这个小程序转成POSCAR也是很方便的。

[ Last edited by phast on 2011-2-10 at 14:35 ]
4楼2011-02-10 14:33:54
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