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结构搜寻的小程序与大家分享[V0.4]
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随机产生分子的结构，然后利用Gaussian进行优化和分析。基本思想借鉴了文献资料，但程序的算法进行了全新的设计。 基本适用20个原子以内的团簇、分子异构化等方面的计算工作。理论上可以找到所有可能的异构体。不适合原子数太多的体系。 用小基组，找到异构体，然后再用大基组验证，是个比较可行的办法。 现在新修改的版本是V0.4，增加了分析结果的脚本。 更方便了些。压缩文件中有manual 利用这个程序已经发了几篇关于团簇的工作，还比较可靠。 原来的版本，http://muchong.com/bbs/viewthread.php?tid=2290044，已经下载不了。 附件是修改后的新版本。 |
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8楼2011-11-08 23:37:12
3楼2011-11-08 10:56:15
9楼2011-11-09 07:44:06
10楼2011-11-09 08:10:33
11楼2011-11-09 08:49:35
13楼2011-11-09 12:01:39
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太多的原子理论上可以做，但是这样的体系一般是找最稳定的结构，所以需要有基于Basin Hopping的算法来实现，这个我正在编写程序中。 另外如果对于这么大的体系，用Gaussian的DFT算法作为结构优化与能量计算就太奢侈了（虽然我的这个程序默认用B3Lyp/sto-3G)。你看文献上一般用L-J势，或者分子力学（这个G03也能做）来做。 这个小程序当然也可以把G03的分子力学作为优化与能量计算的一个选项。我手头有个版本是可以的。 目前的程序针对的体系是小尺度的团簇，随机产生结构，再优化得到势能面上的Local minimum。经过进一步的分析，对于中小尺度的团簇，理论上可得到所有的异构体，在实验上应该也能得到能量比较接近的异构体。 但是对于大尺寸的团簇，需要更经济的算法来支持、判断。 |
14楼2011-11-09 12:16:36
18楼2011-11-10 08:51:00
25楼2011-11-30 14:40:20
40楼2012-02-14 00:38:38
43楼2012-02-18 11:25:52
48楼2012-04-19 11:45:03
49楼2012-04-23 08:55:04
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gkf高2楼
2011-11-08 10:35
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2011-11-08 12:25
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会飞的种子5楼
2011-11-08 13:37
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2011-11-08 16:40
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starpstar15楼
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starpstar16楼
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tanya17楼
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maomao697219楼
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hapyia212120楼
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youji21楼
2011-11-10 14:15
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guangmingcyy22楼
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gongxd32526楼
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dicpwbx27楼
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daiyulan8528楼
2011-12-19 11:35
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2012-01-02 21:04
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ouyangshunli47楼
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savvy060450楼
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