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【奖励】 本帖被评价10次,作者小虫009增加金币 9.2

小虫009

金虫 (初入文坛)


[资源] 【分享】一个将CASTEP的.cell文件转换为POSCAR的简单脚本

在CASTEP下建立好结构模型,保存文件,找到*.cell文件(存有结构信息)
拷贝到LINUX下,输入perl cell2poscar.pl .cell, 生成POSCAR文件;
或者将 cell2poscar.pl放在~/bin下,输入chmod +x cell2poscar.pl转为可执行形式,直接输入cell2poscar.cell .cell即可。

目前只是半成品,生成的POSCAR没有告诉原子数,可以自己手动加上去,不支持Selective模式
不过基本达到转换目的。
哎偶的perl水平太太菜了,希望各位高手多提宝贵意见!



cell2poscar.pl脚本内容:

eval '(exit $?0)' && eval 'exec perl -S $0 ${1+"$@"}' && eval 'exec perl -S $0 $argv:q' if 0;
#;-*- Perl -*-

#  used to convert .cell(Castep) to POSCAR(vasp)
#
#  usage: cell2poscar.pl
#
@args=@ARGV;
@args==1 || die "usage: cell2poscar.pl \n";

open (IN,@args[0]) || die ("Can't open the file $!";
open (OUT,">POSCAR";
print " Please input the first line of your POSCAR\n";

$filename=;

print " Plesse tell me what you want for (Direct) or (Selective dynamic)   \n";

$Direct_or_selectivedynamic="Direct";
chomp($yourchose=;
if ($yourchose=~ m/^(d|D)/)
   {$Direct_or_selectivedynamic="Direct";}
      elsif($yourchose=~m/^(s|S)/)
           {$Direct_or_selectivedynamic="Selective dynamic";}
            else{$Direct_or_selectivedynamic="Direct";}
$i=1;
while(
{
      @header[0]=$filename;
      @header[1]="1\n";
      if (/\%BLOCK LATTICE_CART/)
      { $_="\n";}
        elsif (/\%ENDBLOCK POSITIONS_FRAC/)
           { $_="\n"; last;}
           elsif (/\%ENDBLOCK LATTICE_CART/)
           {$_=" ";}
           elsif (/\%BLOCK POSITIONS_FRAC/)
           {@header[6]="$Direct_or_selectivedynamic\n";  $i++;}
           else
              {  if(/[a-z]/i){ s/[a-z][a-z]//i;@header[$i+1]=$_; $i++;}
                 else{@header[$i+1]=$_; $i++;}
              }
}

print OUT @header;
close OUT;
close IN;

[ Last edited by zxzj05 on 2009-12-4 at 21:42 ]
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呵呵,不错!!!
2楼2009-12-04 21:37:14
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fanchen021

铁杆木虫 (正式写手)


★★★★★ 五星级,优秀推荐

呵呵,我发过一个类似的帖子,LZ可以去看一下
http://muchong.com/bbs/viewthread.php?tid=1663483&fpage=1
4楼2009-12-05 00:08:35
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

wjhwoods

铜虫 (正式写手)


t

对不起,本贴要求 金币高于 500 个 才可浏览,请返回
9楼2010-02-05 04:52:29
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

cjinf0614

金虫 (小有名气)


★★★★★ 五星级,优秀推荐

顶一个
12楼2012-05-03 14:20:53
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★★★★★ 五星级,优秀推荐

★★★★★ 五星级
13楼2014-10-20 09:58:05
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简单回复
zxzj053楼
2009-12-04 21:42   回复  
 
2009-12-05 11:19   回复  
 谢谢分享
akakcolin6楼
2009-12-05 13:12   回复  
2009-12-06 09:34   回复  
 
0303deer8楼
2009-12-07 10:16   回复  
 谢谢分享!
2011-04-01 11:09   回复  
五星好评  
huyuxiav11楼
2011-04-15 11:28   回复  
五星好评  谢谢分享!
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