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【分享】一个将CASTEP的.cell文件转换为POSCAR的简单脚本
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在CASTEP下建立好结构模型，保存文件，找到*.cell文件（存有结构信息） 拷贝到LINUX下，输入perl cell2poscar.pl 或者将 cell2poscar.pl放在~/bin下，输入chmod +x cell2poscar.pl转为可执行形式,直接输入cell2poscar.cell 目前只是半成品，生成的POSCAR没有告诉原子数，可以自己手动加上去，不支持Selective模式 不过基本达到转换目的。 哎偶的perl水平太太菜了，希望各位高手多提宝贵意见!  cell2poscar.pl脚本内容： eval '(exit $?0)' && eval 'exec perl -S $0 ${1+"$@"}' && eval 'exec perl -S $0 $argv:q' if 0; #;-*- Perl -*- # used to convert .cell(Castep) to POSCAR(vasp) # # usage: cell2poscar.pl # @args=@ARGV; @args==1 || die "usage: cell2poscar.pl open (IN,@args[0]) || die ("Can't open the file $!"  ;open (OUT,">POSCAR" ;print " Please input the first line of your POSCAR\n"; $filename= print " Plesse tell me what you want for (Direct) or (Selective dynamic) \n"; $Direct_or_selectivedynamic="Direct"; chomp($yourchose= if ($yourchose=~ m/^(d|D)/) {$Direct_or_selectivedynamic="Direct";} elsif($yourchose=~m/^(s|S)/) {$Direct_or_selectivedynamic="Selective dynamic";} else{$Direct_or_selectivedynamic="Direct";} $i=1; while( { @header[0]=$filename; @header[1]="1\n"; if (/\%BLOCK LATTICE_CART/) { $_="\n";} elsif (/\%ENDBLOCK POSITIONS_FRAC/) { $_="\n"; last;} elsif (/\%ENDBLOCK LATTICE_CART/) {$_=" ";} elsif (/\%BLOCK POSITIONS_FRAC/) {@header[6]="$Direct_or_selectivedynamic\n"; $i++;} else { if(/[a-z]/i){ s/[a-z][a-z]//i;@header[$i+1]=$_; $i++;} else{@header[$i+1]=$_; $i++;} } } print OUT @header; close OUT; close IN; [ Last edited by zxzj05 on 2009-12-4 at 21:42 ] |
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0303deer8楼
2009-12-07 10:16
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