应《网络安全法》要求，自2017年10月1日起，未进行实名认证将不得使用互联网跟帖服务。为保障您的帐号能够正常使用，请尽快对帐号进行手机号验证，感谢您的理解与支持！

24小时热门版块排行榜    

小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 第一性原理 » Vasp&MedeA » 【原创】将POSCAR转化为cif文件的一个脚本
1461/3返回列表123下一页
查看: 16466  |  回复: 145
只看楼主@他人 存档 新回复提醒 (忽略) 收藏    在APP中查看
【奖励】 本帖被评价112次，作者fanchen021增加金币 91.7001 个

fanchen021

铁杆木虫 (正式写手)

[资源] 【原创】将POSCAR转化为cif文件的一个脚本

下午看到论坛里有人发布了处理VASP计算结果的程序。我觉得非常好。这里也分享自己写的一个将POSCAR转成cif文件的脚本。


功能：将VASP计算的CONTCAR和POSCAR转成cif文件。后者可以直接用MS软件打开，查看计算构型。

使用方法：
1. 下载附件中的getcif.pl文件，复制到vtstscripts目录下。并确保该目录在环境变量$PATH中。vtstscripts下载见 http://theory.cm.utexas.edu/vtsttools/scripts/
2. 将脚本文件变成可执行文件。
chmod +x getcif.pl
3. 在VASP工作目录下运行脚本。运行结果会显示凭屏幕上，同时保存在out.cif文件中。

注意事项：
1. 脚本运行需要读取CONTCAR（或POSCAR)和POTCAR文件。其中默认文件名为CONTCAR和POTCAR，即直接输入命令getcif.pl会将CONTCAR中的结构信息转成cif文件。
2. 脚本也支持任意文件名的POSCAR和POTCAR格式的文件。这时需要输入getcif.pl poscarfile（POTCAR文件名仍为默认POTCAR），或getcif.pl poscarfile potcarfile。

查看构型方法：
正确运行脚本后，运行结果会显示在屏幕上， 同时保存在out.cif文件中。这时有两个方法可以在MS中查看构型。
方法一、将out.cif文件导出，用MS软件直接打开即可查看构型。
方法二、在MS软件中新建一个文本文件File->New- > Text，复制屏幕上的输出结果到text文件中，保存后关闭，然后重命名该文件（右击- > Rename)，将后缀名改为cif。这时会弹出一个对话框，询问要不要改后缀名。点击Yes后再打开，即可看到构型。
由于本人的计算需要登陆Linux计算集群，而处理计算结果则是在自己的电脑上（XP系统），因此，用方法二更加方便。大家可以根据自己的实际情况，选择适合自己的方法。

纳米盘下载地址：http://www.namipan.com/d/getcif. ... b5713bca4e7ff040000
回复此楼

» 收录本帖的淘帖专辑推荐

纳米技术与能源及模拟 仿真建模与计算 精华网帖收集 材料计算模拟实用技巧
第一性原理 研究生资料集 第一性原理相关文档 VASP
第一性原理 好东西啊 MS计算

» 猜你喜欢

» 本主题相关商家推荐: (我也要在这里推广)

» 本主题相关价值贴推荐，对您同样有帮助:
1楼2009-11-25 18:58:32
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
回帖支持 ( 显示支持度最高的前 50 名 )

sunyang1988

至尊木虫 (著名写手)

★★★★★ 五星级,优秀推荐

非常感谢,我用另外一个windows下程序出错的情况下用这个脚本解决了
赞一下(1人) 回复此楼
28楼2010-08-12 10:11:28
 已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

xiezhong

银虫 (小有名气)
引用回帖:
Originally posted by fanchen021 at 2009-11-25 18:58:32:
下午看到论坛里有人发布了处理VASP计算结果的程序。我觉得非常好。这里也分享自己写的一个将POSCAR转成cif文件的脚本。


功能：将VASP计算的CONTCAR和POSCAR转成cif文件。后者可以直接用MS软件打开，查看计 ...

感谢您给我这么好的东西。我用它的时候，遇到了点问题，首先我把getcif.pl放到vtstscripts内，（vtstscript是放在我的bin目录下面的）然后进行设置权限。接着我在需要转换的目录下面直接输入getcif.pl,an't locate vasp.pm in @INC (@INC contains: /home/fning/bin /usr/lib64/perl5/site_perl/5.8.8/x86_64-linux-thread-multi /usr/lib/perl5/site_perl/5.8.8 /usr/lib/perl5/site_perl /usr/lib64/perl5/vendor_perl/5.8.8/x86_64-linux-thread-multi /usr/lib/perl5/vendor_perl/5.8.8 /usr/lib/perl5/vendor_perl /usr/lib64/perl5/5.8.8/x86_64-linux-thread-multi /usr/lib/perl5/5.8.8 .) at /home/fning/bin/getcif.pl line 10.
BEGIN failed--compilation aborted at /home/fning/bin/getcif.pl line 10.。请问楼主，怎么能解决这个问题，谢谢楼主的帮助。谢谢
赞一下(2人) 回复此楼
40楼2011-06-17 20:31:38
 已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

louazhao

禁虫 (初入文坛)
本帖内容被屏蔽
43楼2011-06-18 12:48:06
 已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

18247120307

新虫 (初入文坛)
引用回帖:
43楼: Originally posted by louazhao at 2011-06-18 12:48:06
用vi编辑器打开 ~/.bashrc
既         vi ~/.bashrc
然后    在末尾添加一行   export PATH=/yourdir:$PATH
其中/yourdir 就是你vtstscripts 的绝对路径。
比如说我的就是
export PATH=/home/louazhao/pro/vt ...

bash一下是什么意思
赞一下(1人) 回复此楼
135楼2016-11-17 16:05:00
 已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
普通回帖

fanchen021

铁杆木虫 (正式写手)
希望大家共同探讨，把处理结果变得更加简单。
赞一下 回复此楼
2楼2009-11-25 19:00:40
 已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

liluyan

银虫 (正式写手)

★★★★★ 五星级,优秀推荐

好,谢谢啊!
回复此楼
4楼2009-11-26 09:36:40
 已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

xiaojie7783

金虫 (小有名气)

★★★★★ 五星级,优秀推荐

怎么都没有人回复呢 很好啊 支持一下 试试再说
赞一下 回复此楼
6楼2009-11-26 10:24:04
 已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

fanchen021

铁杆木虫 (正式写手)
只能说大家都对这种方法不感兴趣，或是有了更好的方法
赞一下 回复此楼
7楼2009-11-26 14:05:38
 已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

含草

金虫 (小有名气)

★★★★★ 五星级,优秀推荐

好东东,谢谢
回复此楼
8楼2009-11-26 20:26:02
 已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

zdd2008

金虫 (职业作家)

★★★★★ 五星级,优秀推荐

顶顶！！！
回复此楼
9楼2009-11-26 22:20:42
 已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

qqpie

木虫 (职业作家)

★★★★★ 五星级,优秀推荐

谢谢楼主!@@
回复此楼
10楼2009-11-26 22:53:15
 已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

xiaowandouer

木虫 (正式写手)

★★★★★ 五星级,优秀推荐

感谢像楼主这样无私奉献的人们。。。。
赞一下 回复此楼
11楼2009-11-27 08:25:53
 已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

樱花

木虫 (正式写手)

★★★★★ 五星级,优秀推荐

楼主辛苦了，谢谢分享，向您学习
赞一下 回复此楼
12楼2009-11-27 16:21:12
 已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

chenweiguang

金虫 (小有名气)

★★★ 三星级,支持鼓励

不错，正需要
回复此楼
13楼2009-11-28 01:23:08
 已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

zengxiangm

木虫 (小有名气)
谢谢楼主分享，以后又问题再请教你
赞一下 回复此楼
15楼2009-12-26 21:11:33
 已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

wjhwoods

铜虫 (正式写手)

thanks

将POSCAR转化为cif文件的一个脚本,
en, 学习了。
赞一下 回复此楼
16楼2010-02-05 04:37:58
 已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

cenwanglai

荣誉版主 (知名作家)

★★★★★ 五星级,优秀推荐

呵呵,大概同时用vasp和ms的人都大部分都是自己写脚本的.
赞一下 回复此楼
17楼2010-05-06 19:24:13
 已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

cenwanglai

荣誉版主 (知名作家)
这个脚本跟pos2cif.pl有什么差别呢?
赞一下 回复此楼
18楼2010-05-07 09:34:13
 已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

wangzg9292

木虫 (正式写手)

★★★ 三星级,支持鼓励

好东西，学习了
回复此楼
19楼2010-05-07 09:54:03
 已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

fanchen021

铁杆木虫 (正式写手)
引用回帖:
Originally posted by cenwanglai at 2010-05-07 09:34:13:
这个脚本跟pos2cif.pl有什么差别呢?

我发这贴的时候vtstscripts里还没有pos2cif.pl这个脚本。

至于差别，试试就知道了。
赞一下 回复此楼
20楼2010-05-07 10:10:14
 已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

cenwanglai

荣誉版主 (知名作家)
好象比pos2cif.pl好呢.角度上对应的更好.
赞一下 回复此楼
21楼2010-05-07 21:31:48
 已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

sjzxbe

木虫 (小有名气)

★★★★★ 五星级,优秀推荐

★
zzy870720z(金币+1):谢谢提供，期待你更好的表现 2010-07-02 12:02:34
谢谢，学习了。Vasp计算后可以直接用VESTA打开。VESTA2.1.4版地址http://www.geocities.jp/kmo_mma/crystal/en/vesta-doc.html
赞一下(1人) 回复此楼
22楼2010-07-02 11:43:45
 已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

流浪猫8386

银虫 (正式写手)

★★★ 三星级,支持鼓励

顶，非常有想法，值得学习
赞一下 回复此楼
23楼2010-07-02 14:37:55
 已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

erylingjet

铁杆木虫 (著名写手)

★★★★★ 五星级,优秀推荐

不错的说
回复此楼
24楼2010-07-02 15:32:40
 已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

calos818

木虫 (著名写手)

★★★★★ 五星级,优秀推荐

很好的工作！谢谢楼主分享自己的工作！
赞一下 回复此楼
26楼2010-08-07 13:27:54
 已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

luoqiquan

木虫 (著名写手)

★★★★★ 五星级,优秀推荐

★★★★★ 五星级
thank you verrrrrrrrrrrrrrrrrrrrrrrrrrrrrry much
赞一下 回复此楼
27楼2010-08-11 17:56:24
 已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

ellsaking

金虫 (正式写手)

★★★★★ 五星级,优秀推荐

牛~啊~
回复此楼
30楼2010-10-09 15:41:11
 已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

bigcontinent

金虫 (正式写手)

★★★★★ 五星级,优秀推荐

我一直在用，真的很好用
赞一下 回复此楼
31楼2010-10-29 10:14:55
 已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

cocolv

木虫 (正式写手)

★★★★★ 五星级,优秀推荐

谢谢楼主分享
回复此楼
32楼2011-04-15 22:44:30
 已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

joannewanghf

铁虫 (小有名气)

★★★★★ 五星级,优秀推荐

下载不了，能传给我一份吗joannewanghf@gmail.com 非常感激。
赞一下 回复此楼
34楼2011-05-04 09:39:53
 已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

cenwanglai

荣誉版主 (知名作家)
引用回帖:
Originally posted by joannewanghf at 2011-05-04 09:39:53:
下载不了，能传给我一份吗joannewanghf@gmail.com 非常感激。

可以下载的。是你的网络的问题。
赞一下 回复此楼
35楼2011-05-04 09:43:19
 已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

joannewanghf

铁虫 (小有名气)
引用回帖:
Originally posted by cenwanglai at 2011-05-04 09:43:19:
可以下载的。是你的网络的问题。

是的，已经下辖来了，多谢了
赞一下 回复此楼
37楼2011-05-04 11:19:34
 已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

sleep桉

新虫 (初入文坛)

★★★★★ 五星级,优秀推荐

不知楼主是否有chg2cube.pl chgdiff.pl doslplot.pl split_dos等这些源代码，有的话麻烦发我一份，不甚感激，邮箱：tmy2007.good@163.com   
getcif.pl很好用，非常感谢。
赞一下 回复此楼
38楼2011-05-18 21:53:21
 已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

xiezhong

银虫 (小有名气)

★★★★★ 五星级,优秀推荐

非常好，谢谢啊
回复此楼
39楼2011-06-15 22:23:10
 已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

xiezhong

银虫 (小有名气)
引用回帖:
Originally posted by fanchen021 at 2009-11-25 18:58:32:
下午看到论坛里有人发布了处理VASP计算结果的程序。我觉得非常好。这里也分享自己写的一个将POSCAR转成cif文件的脚本。


功能：将VASP计算的CONTCAR和POSCAR转成cif文件。后者可以直接用MS软件打开，查看计 ...

我对于这句话“下载附件中的getcif.pl文件，复制到vtstscripts目录下。并确保该目录在环境变量$PATH中”，不怎么理解，确保该目录在环境变量$PATH中是什么意思呢
赞一下 回复此楼
41楼2011-06-17 20:32:37
 已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

louazhao

禁虫 (初入文坛)
本帖内容被屏蔽
42楼2011-06-18 12:38:56
 已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

fanchen021

铁杆木虫 (正式写手)
引用回帖:
Originally posted by louazhao at 2011-06-18 12:38:56:
好东西，正需要呢，但是发现一个问题，貌似getcif.pl计算晶胞的角度没有pos2cif.pl 的好，我的三斜晶体用getcif.pl，直接有两个角没有算出来，很怪异，结果贴上。
_cell_length_a           20.032644
_cell_le ...

三斜晶体我测试过 是没有问题的，能否贴下你的CONTCAR， 我试试看。
赞一下 回复此楼
44楼2011-06-18 18:50:30
 已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

fanchen021

铁杆木虫 (正式写手)
引用回帖:
Originally posted by xiezhong at 2011-06-17 20:32:37:
我对于这句话“下载附件中的getcif.pl文件，复制到vtstscripts目录下。并确保该目录在环境变量$PATH中”，不怎么理解，确保该目录在环境变量$PATH中是什么意思呢

方法见42 L, 建议看看Linux 操作指南之类的书。
赞一下 回复此楼
45楼2011-06-18 18:52:25
 已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
简单回复
wuli83楼
2009-11-25 20:30   回复  
 
aylayl085楼
2009-11-26 09:59   回复  
 
wangyujia14楼
2009-11-30 08:45   回复  
 支持支持
cenwanglai25楼
2010-07-30 10:19   回复  
smile893229楼
2010-08-23 11:47   回复  
 
zwzhu118733楼
2011-04-27 21:43   回复  
五星好评  顶一下，感谢分享！
joannewanghf36楼
2011-05-04 10:39   回复  
顶一下，感谢分享！
chenyuchen46楼
2011-06-22 11:04   回复  
五星好评  顶一下，感谢分享！
njustlifeng47楼
2011-07-01 18:04   回复  
五星好评  顶一下，感谢分享！
malou48楼
2011-10-09 14:27   回复  
五星好评  顶一下，感谢分享！
thelrgbird49楼
2011-10-16 11:48   回复  
五星好评  顶一下，感谢分享！
lrjhxh50楼
2011-11-01 16:13   回复  
五星好评  顶一下，感谢分享！
相关版块跳转 我要订阅楼主 fanchen021 的主题更新
1461/3返回列表123下一页
☆ 无星级 ★ 一星级 ★★★ 三星级 ★★★★★ 五星级
普通表情 龙 兔 虎 猫 高级回复(可上传附件)
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[教师之家] 我感觉当老师好累啊。。 +16 fairy1122 2024-11-15 17/850 2024-11-16 11:59 by ma0526
[基金申请] 博后资助名单出来了 +13 Shxjjxjkx 2024-11-14 15/750 2024-11-16 11:12 by kudofaye
[硕博家园] 和导师撕破脸了 +18 圆满123456 2024-11-13 22/1100 2024-11-16 09:49 by zyhou
[论文投稿] 论文返修状态变成了awaiting AE recommendation 10+4 猪小耍 2024-11-13 15/750 2024-11-16 09:24 by guxue
[基金申请] 求助！请问海外博后依托内地单位申请青基的优劣？ 80+3 2280999712 2024-11-15 9/450 2024-11-15 23:08 by dxcharlary
[教师之家] 评正教授需要两个国家级项目，有人用子课题糊弄，结果在评审前资格公示时被举报拿下了 +22 瞬息宇宙 2024-11-12 31/1550 2024-11-15 22:02 by 潇湘之迷
[论文投稿] chemical science和advanced science哪个好一点 +6 yly150 2024-11-12 6/300 2024-11-15 21:06 by hcj9909053
[论文投稿] 小论文影响大论文查重吗？ +3 阿道夫深度 2024-11-14 4/200 2024-11-15 16:19 by sugarmei
[精细化工] 同一个反应相同的反应条件，是不是反应结果相差不大？ +5 青霉素 2024-11-11 5/250 2024-11-15 13:43 by zyqchem
[硕博家园] 实验进度 +9 麻辣烫。 2024-11-11 14/700 2024-11-15 13:14 by hanweiguo
[基金申请] 广东省自然科学基金-面上项目消息有了么？ +4 pachang 2024-11-14 6/300 2024-11-15 09:39 by zhoulei7170
[基金申请] 求助 +4 Enenenene 2024-11-15 4/200 2024-11-15 09:36 by 榨菜拌青椒
[论文投稿] OE返修遇到expired +3 隔壁老王来了 2024-11-14 7/350 2024-11-14 20:46 by 隔壁老王来了
[有机交流] 同一个反应回流情况不同 20+3 1853846 2024-11-12 3/150 2024-11-14 15:42 by 太阳谷
[硕博家园] 大龄已婚想读博如何 +15 米娅阳 2024-11-11 18/900 2024-11-14 14:18 by xiaomi0401
[教师之家] 处在人生职业的分水岭 +4 otani 2024-11-13 4/200 2024-11-14 14:17 by mddzwo
[论文投稿] 要不要撤稿另投 10+4 wangzhesd 2024-11-09 8/400 2024-11-14 09:09 by LIU_V
[论文投稿] 求JACS和ACIE的最新文章模板 10+4 Jane060390 2024-11-10 4/200 2024-11-13 09:13 by 北京莱茵润色
[基金申请] 浙江省青基怎么看A还是B？ +8 ToallGoof 2024-11-11 14/700 2024-11-13 09:11 by Praybest
[论文投稿] 投稿求助 40+3 liukun11 2024-11-12 4/200 2024-11-12 19:13 by liukun11
信息提示
关闭
请填处理意见
关闭