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【原创】将POSCAR转化为cif文件的一个脚本
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下午看到论坛里有人发布了处理VASP计算结果的程序。我觉得非常好。这里也分享自己写的一个将POSCAR转成cif文件的脚本。 功能：将VASP计算的CONTCAR和POSCAR转成cif文件。后者可以直接用MS软件打开，查看计算构型。 使用方法： 1. 下载附件中的getcif.pl文件，复制到vtstscripts目录下。并确保该目录在环境变量$PATH中。vtstscripts下载见 http://theory.cm.utexas.edu/vtsttools/scripts/ 2. 将脚本文件变成可执行文件。 chmod +x getcif.pl 3. 在VASP工作目录下运行脚本。运行结果会显示凭屏幕上，同时保存在out.cif文件中。 注意事项： 1. 脚本运行需要读取CONTCAR（或POSCAR)和POTCAR文件。其中默认文件名为CONTCAR和POTCAR，即直接输入命令getcif.pl会将CONTCAR中的结构信息转成cif文件。 2. 脚本也支持任意文件名的POSCAR和POTCAR格式的文件。这时需要输入getcif.pl poscarfile（POTCAR文件名仍为默认POTCAR），或getcif.pl poscarfile potcarfile。 查看构型方法： 正确运行脚本后，运行结果会显示在屏幕上， 同时保存在out.cif文件中。这时有两个方法可以在MS中查看构型。 方法一、将out.cif文件导出，用MS软件直接打开即可查看构型。 方法二、在MS软件中新建一个文本文件File->New- > Text，复制屏幕上的输出结果到text文件中，保存后关闭，然后重命名该文件（右击- > Rename)，将后缀名改为cif。这时会弹出一个对话框，询问要不要改后缀名。点击Yes后再打开，即可看到构型。 由于本人的计算需要登陆Linux计算集群，而处理计算结果则是在自己的电脑上（XP系统），因此，用方法二更加方便。大家可以根据自己的实际情况，选择适合自己的方法。 纳米盘下载地址：http://www.namipan.com/d/getcif. ... b5713bca4e7ff040000 |
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感谢您给我这么好的东西。我用它的时候，遇到了点问题，首先我把getcif.pl放到vtstscripts内，（vtstscript是放在我的bin目录下面的）然后进行设置权限。接着我在需要转换的目录下面直接输入getcif.pl,an't locate vasp.pm in @INC (@INC contains: /home/fning/bin /usr/lib64/perl5/site_perl/5.8.8/x86_64-linux-thread-multi /usr/lib/perl5/site_perl/5.8.8 /usr/lib/perl5/site_perl /usr/lib64/perl5/vendor_perl/5.8.8/x86_64-linux-thread-multi /usr/lib/perl5/vendor_perl/5.8.8 /usr/lib/perl5/vendor_perl /usr/lib64/perl5/5.8.8/x86_64-linux-thread-multi /usr/lib/perl5/5.8.8 .) at /home/fning/bin/getcif.pl line 10. BEGIN failed--compilation aborted at /home/fning/bin/getcif.pl line 10.。请问楼主，怎么能解决这个问题，谢谢楼主的帮助。谢谢 |
40楼2011-06-17 20:31:38
2楼2009-11-25 19:00:40
6楼2009-11-26 10:24:04
7楼2009-11-26 14:05:38
投票:
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