| 查看: 19594 | 回复: 145 | |||||||||||||
| 【奖励】 本帖被评价112次，作者fanchen021增加金币 91.7001 个 | |||||||||||||
[资源]
【原创】将POSCAR转化为cif文件的一个脚本
|
|||||||||||||
下午看到论坛里有人发布了处理VASP计算结果的程序。我觉得非常好。这里也分享自己写的一个将POSCAR转成cif文件的脚本。 功能：将VASP计算的CONTCAR和POSCAR转成cif文件。后者可以直接用MS软件打开，查看计算构型。 使用方法： 1. 下载附件中的getcif.pl文件，复制到vtstscripts目录下。并确保该目录在环境变量$PATH中。vtstscripts下载见 http://theory.cm.utexas.edu/vtsttools/scripts/ 2. 将脚本文件变成可执行文件。 chmod +x getcif.pl 3. 在VASP工作目录下运行脚本。运行结果会显示凭屏幕上，同时保存在out.cif文件中。 注意事项： 1. 脚本运行需要读取CONTCAR（或POSCAR)和POTCAR文件。其中默认文件名为CONTCAR和POTCAR，即直接输入命令getcif.pl会将CONTCAR中的结构信息转成cif文件。 2. 脚本也支持任意文件名的POSCAR和POTCAR格式的文件。这时需要输入getcif.pl poscarfile（POTCAR文件名仍为默认POTCAR），或getcif.pl poscarfile potcarfile。 查看构型方法： 正确运行脚本后，运行结果会显示在屏幕上， 同时保存在out.cif文件中。这时有两个方法可以在MS中查看构型。 方法一、将out.cif文件导出，用MS软件直接打开即可查看构型。 方法二、在MS软件中新建一个文本文件File->New- > Text，复制屏幕上的输出结果到text文件中，保存后关闭，然后重命名该文件（右击- > Rename)，将后缀名改为cif。这时会弹出一个对话框，询问要不要改后缀名。点击Yes后再打开，即可看到构型。 由于本人的计算需要登陆Linux计算集群，而处理计算结果则是在自己的电脑上（XP系统），因此，用方法二更加方便。大家可以根据自己的实际情况，选择适合自己的方法。 纳米盘下载地址：http://www.namipan.com/d/getcif. ... b5713bca4e7ff040000 |
回复此楼» 收录本帖的淘帖专辑推荐
 纳米技术与能源及模拟 | 仿真建模与计算 | 精华网帖收集 | 材料计算模拟实用技巧 |
| 第一性原理 | 研究生资料集 | 第一性原理相关文档 | VASP |
| 第一性原理 | 好东西啊 | MS计算 |
» 猜你喜欢
生物学303求调剂，一志愿华中农微生物，六级已过，有科研有文章，党员
已经有4人回复
-
318求调剂
已经有5人回复
-
0703调剂
已经有11人回复
-
化学357分，考研调剂
已经有10人回复
-
0854求调剂
已经有4人回复
-
272求调剂
已经有3人回复
-
调剂求助
已经有13人回复
-
332求调剂
已经有8人回复
-
341求调剂
已经有3人回复
-
一志愿电子科技大学085600材料与化工 329分求调剂
已经有10人回复
» 本主题相关商家推荐: (我也要在这里推广)
» 本主题相关价值贴推荐，对您同样有帮助:
- ms转化为 poscar
已经有3人回复
- 求助:怎样把MS输出的.CELL文件输入到VESTA中,并生成POSCAR？
已经有4人回复
- XRD结果和CIF文件之间的关系
已经有10人回复
- cif文件自动转成POSCAR，并固定z轴指定原子脚本
已经有35人回复
- CIF文件导入MS中键出现错误，怎么样解决
已经有11人回复
- 网上Cif 转 POSCAR
已经有4人回复
- 简单且完美的把MS导出的文件转成POSCAR
已经有27人回复
- 有木有人用getcif.pl这个脚本把POSCAR转换为cif文件的
已经有4人回复
- ins.文件能否转换成cif文件 怎么转呢
已经有10人回复
- 测试POSCAR的脚本不运行
已经有10人回复
- cif2pos的更新版本生成的POSCAR和cell文件的结果一致
已经有35人回复
- 【分享】将cif文件直接转成POSCAR文件的小程序cif2poscar
已经有62人回复
- 【求助】如何根据cell文件写poscar
已经有11人回复
- 【前沿】《自然—光子学》：单光子波长转换首次实现
已经有12人回复
- 【分享】处理DOSCAR文件的脚本和程序
已经有19人回复
- 【分享】一个将CASTEP的.cell文件转换为POSCAR的简单脚本
已经有12人回复
- 【转帖】用Material Studio构建复杂模型及转换成poscar的2种方法
已经有56人回复
28楼2010-08-12 10:11:28
|
感谢您给我这么好的东西。我用它的时候，遇到了点问题，首先我把getcif.pl放到vtstscripts内，（vtstscript是放在我的bin目录下面的）然后进行设置权限。接着我在需要转换的目录下面直接输入getcif.pl,an't locate vasp.pm in @INC (@INC contains: /home/fning/bin /usr/lib64/perl5/site_perl/5.8.8/x86_64-linux-thread-multi /usr/lib/perl5/site_perl/5.8.8 /usr/lib/perl5/site_perl /usr/lib64/perl5/vendor_perl/5.8.8/x86_64-linux-thread-multi /usr/lib/perl5/vendor_perl/5.8.8 /usr/lib/perl5/vendor_perl /usr/lib64/perl5/5.8.8/x86_64-linux-thread-multi /usr/lib/perl5/5.8.8 .) at /home/fning/bin/getcif.pl line 10. BEGIN failed--compilation aborted at /home/fning/bin/getcif.pl line 10.。请问楼主，怎么能解决这个问题，谢谢楼主的帮助。谢谢 |
40楼2011-06-17 20:31:38
|
本帖内容被屏蔽 |
43楼2011-06-18 12:48:06
135楼2016-11-17 16:05:00
2楼2009-11-25 19:00:40
4楼2009-11-26 09:36:40
6楼2009-11-26 10:24:04
7楼2009-11-26 14:05:38
8楼2009-11-26 20:26:02
9楼2009-11-26 22:20:42
10楼2009-11-26 22:53:15
11楼2009-11-27 08:25:53
12楼2009-11-27 16:21:12
13楼2009-11-28 01:23:08
15楼2009-12-26 21:11:33
16楼2010-02-05 04:37:58
17楼2010-05-06 19:24:13
18楼2010-05-07 09:34:13
19楼2010-05-07 09:54:03
20楼2010-05-07 10:10:14
21楼2010-05-07 21:31:48
★★★★★ 五星级,优秀推荐
★
zzy870720z(金币+1):谢谢提供，期待你更好的表现 2010-07-02 12:02:34
zzy870720z(金币+1):谢谢提供，期待你更好的表现 2010-07-02 12:02:34
| 谢谢，学习了。Vasp计算后可以直接用VESTA打开。VESTA2.1.4版地址http://www.geocities.jp/kmo_mma/crystal/en/vesta-doc.html |
22楼2010-07-02 11:43:45
23楼2010-07-02 14:37:55
不错的说 24楼2010-07-02 15:32:40
26楼2010-08-07 13:27:54
27楼2010-08-11 17:56:24
30楼2010-10-09 15:41:11
31楼2010-10-29 10:14:55
32楼2011-04-15 22:44:30
34楼2011-05-04 09:39:53
35楼2011-05-04 09:43:19
37楼2011-05-04 11:19:34
★★★★★ 五星级,优秀推荐
|
不知楼主是否有chg2cube.pl chgdiff.pl doslplot.pl split_dos等这些源代码，有的话麻烦发我一份，不甚感激，邮箱：tmy2007.good@163.com getcif.pl很好用，非常感谢。 |
38楼2011-05-18 21:53:21
39楼2011-06-15 22:23:10
41楼2011-06-17 20:32:37
|
本帖内容被屏蔽 |
42楼2011-06-18 12:38:56
44楼2011-06-18 18:50:30
45楼2011-06-18 18:52:25
简单回复
wuli83楼
2009-11-25 20:30
回复
aylayl085楼
2009-11-26 09:59
回复
wangyujia14楼
2009-11-30 08:45
回复
支持支持
cenwanglai25楼
2010-07-30 10:19
回复
smile893229楼
2010-08-23 11:47
回复
zwzhu118733楼
2011-04-27 21:43
回复
五星好评 顶一下，感谢分享！
joannewanghf36楼
2011-05-04 10:39
回复
顶一下，感谢分享！
chenyuchen46楼
2011-06-22 11:04
回复
五星好评 顶一下，感谢分享！
njustlifeng47楼
2011-07-01 18:04
回复
五星好评 顶一下，感谢分享！
malou48楼
2011-10-09 14:27
回复
五星好评 顶一下，感谢分享！
thelrgbird49楼
2011-10-16 11:48
回复
五星好评 顶一下，感谢分享！
lrjhxh50楼
2011-11-01 16:13
回复
五星好评 顶一下，感谢分享！
