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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 第一性原理 » Vasp&MedeA » 【分享】处理DOSCAR文件的脚本和程序
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nkleof

银虫 (正式写手)

[资源] 【分享】处理DOSCAR文件的脚本和程序

根据JMS NRL的split_dos脚本稍做修改，使得能够处理从s到d所有18个轨道（包括自旋上下）的DOSCAR，生成每个原子的轨道态密度，然后自己写了一个C程序，可以把同类原子的p轨道和d的t2g，eg轨道分别求和生成新的轨道态密度文件。适用于对含过渡金属元素体系的电子态密度进行处理，可以很方便的得到p轨道和t2g，eg轨道的总态密度。

使用方法：  仅限linux平台
1、把三个脚本程序解压后放到一个/bin目录并把路径添加到环境变量里（或者把三个文件都放到要处理的数据所在目录）。
2、键入split_dos.ksh运行分解DOSCAR的脚本，得到体系总的和每个原子的分波态密度。
3、键入sumdos *1 *2 *3执行求p以及t2g，eg轨道态密度和，其中*1, *2, *3为三个参数，依次为要处理的元素符号（如Fe），起始原子序号，最终原子序号（比如Fe原子在POSCAR里面是第5到13号原子，则*2和*3分别为5 13）。

http://d.namipan.com/d/bd4ee2bb9 ... 5c2334a0697fb150000

注意！！！！：sumdos的使用仅限于t2g和eg分别简并得很好的情况，即它们内部不再分裂，因为程序只是简单的把dxy, dyz, dzx和dz2, dx2分别加起来！如果有较强退简并情况，如晶体形变造成t2g和eg再分裂，请勿用此程序！

[ Last edited by nkleof on 2010-5-24 at 11:14 ]
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1楼2010-05-24 10:45:37
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kgdu

金虫 (正式写手)

★★★★★ 五星级,优秀推荐

牛人，谢谢分享
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2楼2010-05-24 11:42:09
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cocolv

木虫 (正式写手)

★★★★★ 五星级,优秀推荐

好资源！多谢楼主分享！
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3楼2010-05-25 09:09:23
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cheerian

铜虫 (正式写手)
这个是好东西！
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4楼2010-05-25 09:13:25
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zhang668

木虫 (正式写手)

★★★ 三星级,支持鼓励

前天有个人说要dxy,dxz等是针对基矢坐标系的，而不是局域原子的晶体场坐标，因此大部分情况需要变化坐标系，你怎么看待这个？
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5楼2010-05-25 10:05:40
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hookah

木虫 (正式写手)

★★★★★ 五星级,优秀推荐

绝对支持！！！！
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7楼2010-05-25 22:31:35
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calos818

木虫 (著名写手)

★★★★★ 五星级,优秀推荐

nkleof 一直有佳作
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8楼2010-05-26 07:10:32
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cyniu

金虫 (初入文坛)

★★★★★ 五星级,优秀推荐

不错，好东西
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9楼2010-05-26 08:09:31
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含草

金虫 (小有名气)
太厉害了
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10楼2010-05-26 08:28:46
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erylingjet

铁杆木虫 (著名写手)

★★★★★ 五星级,优秀推荐

太帅了你,哈哈
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11楼2010-05-26 10:34:34
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nkleof

银虫 (正式写手)
★ ★
zzy870720z(金币+2):感谢解答 2010-05-26 17:59:34
引用回帖:
Originally posted by zhang668 at 2010-05-25 10:05:40:
前天有个人说要dxy,dxz等是针对基矢坐标系的，而不是局域原子的晶体场坐标，因此大部分情况需要变化坐标系，你怎么看待这个？

我看过他的回帖，实际上就是，假如把dxy, dyz, dzx, dx2, dz2看作5个线性无关项，那么当vasp所采用的坐标系不和所定义的x, y, z重合时，输出的5个轨道可以看做是这5个轨道的线性组合。我不确定vasp是不是会采用一套很特别的坐标系，但是我通常建模型都是用内坐标也就是direct模式，所以得到的结果应该是xyz就是晶体场坐标。
我写的那个sumdos程序只是对特定的几列进行简单加和，所以只适用于特定情况，否则不保证加出来的t2g和eg正确。我在尖晶石结构中使用过，是适用于内坐标建模的尖晶石结构的。
因此提醒注意，如果使用那个程序，应在使用前看看10和11，12和13，16和17这三组列数据（分别对应自旋向上和向下）是不是对应简并的t2g三个轨道态密度，14和15，18和19这两组列数据是不是对应eg轨道态密度。

[ Last edited by nkleof on 2010-5-26 at 17:14 ]
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12楼2010-05-26 14:55:55
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zhang668

木虫 (正式写手)
★
zzy870720z(金币+1):谢谢交流 2010-05-27 12:42:27
direct模式不一定是内坐标啊，晶场内坐标一般是M-O键的三个方向，M是金属。
倒可以找几个例子实验下，如晶场坐标跟外坐标不重合的话，按那人说的，就会出现eg与t2g类似杂化的情况，就是峰的位置都一样。
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13楼2010-05-26 22:15:33
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nkleof

银虫 (正式写手)
★
zzy870720z(金币+1):谢谢 2010-05-27 12:51:43
引用回帖:
Originally posted by zhang668 at 2010-05-26 22:15:33:
direct模式不一定是内坐标啊，晶场内坐标一般是M-O键的三个方向，M是金属。
倒可以找几个例子实验下，如晶场坐标跟外坐标不重合的话，按那人说的，就会出现eg与t2g类似杂化的情况，就是峰的位置都一样。

是的，direct模式内坐标不一定是晶体场坐标，不过在尖晶石结构中，恰好M-O键的三个方向和内坐标的三个方向（abc基矢）重合。
不重合的情况可以人为设置吧，只要把POSCAR里晶格基矢的表示坐标系变换一下。rutile型的TiO2结构里的Ti-O八面体和内坐标的三个方向可以比较方便地设成不重合。
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14楼2010-05-27 10:31:22
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yuling985

银虫 (小有名气)
这个是好东西！
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15楼2010-07-30 15:12:08
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dingfengbo

新虫 (小有名气)
引用回帖:
Originally posted by nkleof at 2010-05-24 10:45:37:
根据JMS NRL的split_dos脚本稍做修改，使得能够处理从s到d所有18个轨道（包括自旋上下）的DOSCAR，生成每个原子的轨道态密度，然后自己写了一个C程序，可以把同类原子的p轨道和d的t2g，eg轨道分别求和生成新的轨道 ...

您好！我按您说的把这几个脚本程序放在计算的目录下。然后./split_dos.ksh
结果出现-bash: ./split_dos: Permission denied，是我哪个地方错了吗？
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16楼2010-09-02 17:03:12
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nkleof

银虫 (正式写手)
引用回帖:
Originally posted by dingfengbo at 2010-09-02 17:03:12:

您好！我按您说的把这几个脚本程序放在计算的目录下。然后./split_dos.ksh
结果出现-bash: ./split_dos: Permission denied，是我哪个地方错了吗？

这个是不是要修改一下文件的权限？
用chmod 命令试试
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17楼2010-09-05 20:08:11
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dingfengbo

新虫 (小有名气)
引用回帖:
Originally posted by nkleof at 2010-09-05 20:08:11:

这个是不是要修改一下文件的权限？
用chmod 命令试试

是的，需要用chmod命令将它转为可执行文件，O(∩_∩)O谢谢！
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18楼2010-09-06 10:17:32
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tssunrise

银虫 (小有名气)
我在按上述说明执行sumdos时，出现Floating point exception，请问是何原因？如何解决？谢谢！
引用回帖:
Originally posted by nkleof at 2010-05-24 10:45:37:
根据JMS NRL的split_dos脚本稍做修改，使得能够处理从s到d所有18个轨道（包括自旋上下）的DOSCAR，生成每个原子的轨道态密度，然后自己写了一个C程序，可以把同类原子的p轨道和d的t2g，eg轨道分别求和生成新的轨道 ...

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19楼2010-10-09 16:14:06
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刘性辉

铜虫 (小有名气)
脚本在哪可以找到啊 ？
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20楼2018-07-10 21:38:29
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fanchen0216楼
2010-05-25 14:07   回复  
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