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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 生物科学 » 求助 SSR实验技术
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xiaochangwen

银虫 (小有名气)

[求助] 求助 SSR实验技术

我做的是玉米SSR标记 同一批试剂 是在半年前买的，半年前做的时候效果很好 得到的普带也很清晰  可最近做却做不出来了，不知道是什么原因。

这个是半年前做的



这个是最近做的，左侧点的是mark  500 400 300 200 150 100 50bp
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1楼 2011-11-23 19:02:06
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香菱儿

铁杆木虫 (著名写手)
主要还是PCR的问题，是不是模板浓度太大了？
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漫洒英雄泪，相离处士家。谢慈悲剃度在莲台下。没缘法转眼分离乍。赤条条来去无牵挂。那里讨烟蓑雨笠卷单行？一任俺芒鞋破钵随缘化！
2楼2011-11-23 21:21:53
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xiaochangwen

银虫 (小有名气)
一般模板量是多少ng？ 我用的是20ul的体系
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3楼2011-11-23 22:10:00
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cindywang88

新虫 (初入文坛)

【答案】应助回帖

xiaochangwen(金币+1): 恩 我再试试 谢谢 2011-11-24 09:39:23
重提一下模板看看，不是模板就是引物降解了。
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4楼2011-11-24 08:43:22
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zaasyangyong

金虫 (正式写手)
我做的时候一般20-100ng，一开始还很严格，大量的做了其实也都没这么严格。但是我一般都会测浓度，不同样本调成同一浓度，至于量多点少点我觉得问题不大。
问题了，我看了你的图，我觉得应该不是染色的问题，应该是没产物。至于你的PCR哪里出问题了，我也不知道。首先关注模版和引物。重提2、3个新鲜叶片的DNA，新合成2、3对引物，和原来的2、3个模版，2、3对引物完全随机PCR对比，可能会找到原因。
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算了
5楼2011-11-24 10:30:21
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zaasyangyong

金虫 (正式写手)
这么做量也不大，不麻烦的，找到原因，拿来分享。
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算了
6楼2011-11-24 10:33:43
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chenguestc

木虫 (职业作家)
我觉得，模板的问题不大，浓度大点小点关系不是很大，楼主做PCR之前是测了DNA浓度了的嘛哈。我觉得极有可能是引物的问题。可以重新合成2,3对原来扩的好的与老引物 对比一下看。
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7楼2011-11-24 13:05:53
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wanhscn

木虫 (职业作家)

哲学@草根
引用回帖:
4楼: Originally posted by cindywang88 at 2011-11-24 08:43:22:
重提一下模板看看，不是模板就是引物降解了。

同意这个观点！
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真相是最大的奢侈品
8楼2011-11-24 21:54:50
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xiaochangwen

银虫 (小有名气)
引用回帖:
8楼: Originally posted by wanhscn at 2011-11-24 21:54:50:
同意这个观点！

模板浓度是大了点  我用的大概是1ug，我昨天又用基因组dna跑了咯琼脂糖电泳，模板质量还可以，重新买了taq酶，换个酶试试，希望不是引物的问题 呵呵，因为我合了几十对引物呢，全降解了可就损失大了，呵呵
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9楼2011-11-25 07:04:12
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xiaochangwen

银虫 (小有名气)
下面是模板的琼脂糖电泳图谱

DNA模板琼脂糖电泳图
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10楼2011-11-25 08:25:10
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