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【求助】求助差分电荷密度的脚本!
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| 各位大虾,本人最近一直想找一个处理查分电荷密度的脚本,有的希望大家发一个给我。顺便说一下我的做差分电荷密度的方法不知道这样是不是行:我做的也是吸附,首先我做了一次静态计算,里面没有设置NGFX,NGFY,NGFZ参数。下一步我就是把这四个输入文件放到一个文件夹下面,只是修改了其中的INCAR的ICHARG=12,同样并没有设置NGFX,NGFY,NGFZ参数,这样又得到了一个CHACAR。不知道这样可不可以希望大家给点建议,很是感激了,我也很急。如果我这个方法是对的希望,有人能发一个处理这个的脚本,我的邮箱是hwp22651304@163.com。收到后重金感谢! |
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haowenping(金币+1):谢谢参与
zzy870720z(金币+1): 谢谢指教 2011-04-13 22:33:51
haowenping(金币+2): 非常感谢,这个是不是要在linux下安装? 2011-04-14 08:54:43
haowenping(金币+1):谢谢参与
zzy870720z(金币+1): 谢谢指教 2011-04-13 22:33:51
haowenping(金币+2): 非常感谢,这个是不是要在linux下安装? 2011-04-14 08:54:43
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lev00在下面链接: http://www.cmmp.ucl.ac.uk/~lev/codes/lev00/index.html 安装钱要先安装ifort和icc 安装好运行lev00,就会有选项,是计算两个CHGCAR的差值的。 我想是应该把NGFX, NGFY, NGFZ固定 |
5楼2011-04-13 16:54:47
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haowenping(金币+10): 谢谢!你传个好用的给我吧! 2011-04-14 08:55:42
zzy870720z(金币+2): 谢谢详细指点 2011-04-14 09:03:32
haowenping(金币+10): 谢谢!你传个好用的给我吧! 2011-04-14 08:55:42
zzy870720z(金币+2): 谢谢详细指点 2011-04-14 09:03:32
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方法1,将OUTCAR、POSCAR、CHGCAR-a、CHGCAR-b存在一个目录,在该目录下运行lev00,然后根据提示选择V(vasp),OUTCAR、POSCAR、然后就是M,然后进去好像是第六项就是做差值的。我们平时画面电荷密度用的是D! 方法2,在origin下面建立一个worksheet,第一列和第二列是电荷密度的坐标值,第三列是CHGCAR-a的电荷密度值,第四列是CHGCAR-b的电荷密度值,然后第五列你设置为第三列与第四列的差就行了 |
8楼2011-04-14 08:25:30
2楼2011-04-13 14:48:04
3楼2011-04-13 16:29:55
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10楼2011-04-14 08:56:06
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13楼2011-04-14 10:55:06
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haowenping(金币+1):谢谢参与
haowenping(金币+5): 2011-04-14 16:53:55
haowenping(金币+1):谢谢参与
haowenping(金币+5): 2011-04-14 16:53:55
15楼2011-04-14 15:55:48
16楼2011-04-14 16:13:18
17楼2011-04-14 16:15:33
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haowenping(金币+5): 非常感谢! 2011-04-14 16:25:51
franch(金币+1): 谢谢回帖交流 2011-04-14 19:30:35
haowenping(金币+5): 非常感谢! 2011-04-14 16:25:51
franch(金币+1): 谢谢回帖交流 2011-04-14 19:30:35
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那个帖子是我写的,做2D的图可以有两种方法,VESTA在windows下处理,点点鼠标就可以,缺点是标尺没有刻度值,lev00在linux环境下,而且用命令处理,再用origin作图,比较复杂,适合经验丰富的去做,暂时不用摸索lev00了。用VESTA一般可以满足要求,另外emuch还有一个方法处理CHGCAR在MS里可以视图http://muchong.com/bbs/viewthread.php?tid=2382900&fpage=1 |
18楼2011-04-14 16:21:38
19楼2011-04-14 16:28:53
20楼2011-04-14 16:30:19
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你好,我按照你说的那个方法做了下,下面是我在做静态自洽时候设置的一些参数:SYSTEM=AAAAA ENCUT=650 ISTART=0 ICHARG=2 ISMEAR=0 SIGMA=0.2 ISPIN=2 PREC=A LREAL=Auto NELM=200 NELMDL=-5 NELMIN=2 EDIFF=1E-6 NGX=82 NGY=82 NGZ=179 NGXF=164 NGYF=164 NGZF=358 NSIM=4 NELMIN=4 #IBRION=1 #ISIF=4 #EDIFFG=-0.01 #NSW=200 LCHARG=.T. LWAVE=.T. 然后按照你说的那样做了一次非静态自洽计算,我只是改变了一下这个参数里的ICHARG,把它设置为12。不知道这样坐行不行,希望得到你的指点!感激涕零了 |
21楼2011-04-14 16:56:44
22楼2011-04-14 20:51:05
23楼2011-04-14 21:17:57
24楼2011-04-15 11:10:09
25楼2011-04-15 11:19:04
26楼2011-04-15 14:54:07
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haowenping(金币+10): 谢谢! 2011-04-15 15:45:26
franch(金币+1): 谢谢指点 2011-04-15 20:45:22
haowenping(金币+10): 谢谢! 2011-04-15 15:45:26
franch(金币+1): 谢谢指点 2011-04-15 20:45:22
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如果是想得到表面吸附物种与基底原子的成键,需要三个CHGCAR:CHGCAR1 是吸附物种和基底优化后做单点得到,CHGCAR2是把CONCAR中基底原子删掉,并相应修改INCAR,POTCAR,只算单点得到,CHGCAR3,把CONTCAR中吸附分子删掉,同样修改INCAR,POTCAR,再做单点得到(注意:后面两个的INCAR 中要增加NGFX,NGFY,NGFZ,与第一个计算保持一样)。然后,将三个CHGCAR做差得到CHGDIFF。最后,处理CHGDIFF有多种方法,最简单的是用VESTA(这个没有教程,自己摸索),第二个方法可以用lev00,配合origin做图,lev00教程里有这个方法的说明。第三个方法用emuch上流传的MS读取charge density的方法做(emuch搜索)。 |
27楼2011-04-15 15:23:18
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你好,谢谢你的回答,我还想问下:也就是说,我先总体的做了一次静态自洽计算。得到了CHGCAR1,然后呢,我把吸附原子去掉只剩下基底原子了,此时,我是要改变POTCAR的,但是INCAR中是要设置NGXF,NGYF,NGZF参数的,这些参数应该怎么设置?有什么标准没?如果把他设置成为NGX,NGY,NGZ的2倍行不行?这样得到了CHGCAR2文件。第三步就是把基底原子都删除,只做吸附原子的静态计算,(如果我只吸附了一个原子,是不是就只用这一个原子的静态计算),此时的INCAR中,我是不是直接用第二步的INCAR文件中设置的参数?这样我就得到了CHGCAR3。我还想问下,应该怎么将这三个电荷作差呢?怎么才能得到你说的那个CHGDIFF文件呢?希望继续指教,谢谢! |
28楼2011-04-15 15:59:36
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franch(金币+1): 鼓励交流 2011-04-15 20:45:43
haowenping(金币+5): 谢谢! 2011-04-15 21:30:12
haowenping(金币+5): 谢谢,只是我又遇到了新的问题,希望你能帮忙解决下! 2011-04-16 09:05:34
franch(金币+1): 鼓励交流 2011-04-15 20:45:43
haowenping(金币+5): 谢谢! 2011-04-15 21:30:12
haowenping(金币+5): 谢谢,只是我又遇到了新的问题,希望你能帮忙解决下! 2011-04-16 09:05:34
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NGXF,NGYF,NGZF由第一个CHGCAR读取,分别写在后两个INCAR中,做差的方法原理是矩阵相减,具体的脚本你可以在网上找一下,好像http://theory.cm.utexas.edu/vtsttools/scripts/#DOS,有perl的脚本,试试看吧 |
29楼2011-04-15 19:00:33
30楼2011-04-15 21:30:33
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43楼2011-04-16 17:54:05
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小木虫(金币+0.5):给个红包,谢谢回帖
小木虫(金币+0.5):给个红包,谢谢回帖
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请问可以传一份lev00安装包及安装教程吗,xiexie !以前有一份2.46版本的,但对这侯爷爷的教程一直安装不成功!我的邮箱:cxcxiaocao@163.com,谢谢! |
44楼2011-11-16 16:07:08
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小木虫(金币+0.5):给个红包,谢谢回帖
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前辈你好,关于lev00,同学给我传了个2.46版本的,我根据侯爷爷的lev00处理电荷密度的教程,在进行安装变异的时候,运行lev00.comp生成可执行的lev00程序的时候老是出错说什么tools_strings出错,不知道怎么回事,很是无助,后面的工作也做不下去,内心一片惶恐,求前辈指导,或传一份lev00的安装包及安装教程,邮箱:cxcxiaocao@163.com,万分感谢! |
45楼2011-11-16 16:16:39
46楼2014-04-22 18:51:25
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2011-04-13 17:09
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haowenping(金币+1):谢谢参与
bingmou(金币-1): 2011-04-13 19:02:42
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