| 查看: 5821 | 回复: 45 | |||
[交流]
【求助】求助差分电荷密度的脚本!
|
|||
| 各位大虾,本人最近一直想找一个处理查分电荷密度的脚本,有的希望大家发一个给我。顺便说一下我的做差分电荷密度的方法不知道这样是不是行:我做的也是吸附,首先我做了一次静态计算,里面没有设置NGFX,NGFY,NGFZ参数。下一步我就是把这四个输入文件放到一个文件夹下面,只是修改了其中的INCAR的ICHARG=12,同样并没有设置NGFX,NGFY,NGFZ参数,这样又得到了一个CHACAR。不知道这样可不可以希望大家给点建议,很是感激了,我也很急。如果我这个方法是对的希望,有人能发一个处理这个的脚本,我的邮箱是hwp22651304@163.com。收到后重金感谢! |
» 猜你喜欢
304求调剂
已经有3人回复
材料专硕306英一数二
已经有3人回复
0703化学调剂
已经有3人回复
环境工程调剂
已经有3人回复
283求调剂
已经有10人回复
290求调剂
已经有10人回复
321求调剂
已经有4人回复
326求调剂
已经有5人回复
东南大学364求调剂
已经有4人回复
085600材料与化工 求调剂
已经有13人回复
» 本主题相关价值贴推荐,对您同样有帮助:
【求助】求助二次差分电荷密度设置。
已经有4人回复
【求助】做差分电荷密度
已经有5人回复
【求助】差分电荷密度分析
已经有7人回复
【求助】差分电荷密度
已经有19人回复
【求助】高斯算差分电荷密度图.cube文件行数不同
已经有1人回复
【求助】差分电荷密度
已经有4人回复
【求助】差分电荷密度如何画?
已经有3人回复
【求助】关于LDOS和差分电荷密度
已经有1人回复
【求助】差分电荷密度怎么分析
已经有2人回复
【求助】demol能算差分电荷密度吗?
已经有7人回复
【求助】差分电荷密度图的问题
已经有4人回复
» 抢金币啦!回帖就可以得到:
化学化工学院 招收化工、化学、材料等相关方向研究生(学硕、专硕都有调剂名额)
+1/83
郑州大学付永柱课题组诚招2026年入学博士生
+1/82
福建师范大学招收2026年化学、材料硕士3-4名
+1/82
华南师范大学(211)博士招生- 电子、自动化、机械、生物学、物理相关专业
+2/50
海南大学肖永昊老师团队招收2026年博士研究生(第二批)
+5/40
2026年重庆工商大学管理科学与工程专业学术硕士招生调剂,风景总在柳暗花明处
+1/37
招硕士调剂生
+2/28
澳大利亚西澳大学(UWA)张金强课题组招收全奖博士生(化工新能源方向)
+1/27
北京某研究院生物化学与分子生物学相关专业申请考核制博士招生(春季)
+1/17
福建师范大学化学与材料学院杜克钊团队博士/硕士招生
+1/15
青岛科技大学0860 调剂招生
+1/13
食品科学与工程083200-297分
+1/8
上海科技大学招收有机化学方向招收2026级工程博士
+1/8
上海科技大学物质学院招收有机化学方向2026级工程博士
+1/8
重庆大学诚招2026年生物材料方向博士生
+1/4
2026年东北石油大学“页岩油气钻采高效井眼清洁”创新团队招硕士生
+1/3
连发两篇 Nature!大样本单细胞测序解析认知、衰老与灵长类进化
+1/3
杭州北航国新院徐梁教授招聘博士(控制/机器视觉/机器人导航操作方向)
+1/2
招收理论凝聚态物理/纳米光学/量子计算方向博士、硕士研究生/博士后
+1/2
澳洲维多利亚大学计算机类全额奖学金博士招生 (邮箱+微信可联系)
+1/1
★ ★
haowenping(金币+1):谢谢参与
zzy870720z(金币+1): 谢谢指教 2011-04-13 22:33:51
haowenping(金币+2): 非常感谢,这个是不是要在linux下安装? 2011-04-14 08:54:43
haowenping(金币+1):谢谢参与
zzy870720z(金币+1): 谢谢指教 2011-04-13 22:33:51
haowenping(金币+2): 非常感谢,这个是不是要在linux下安装? 2011-04-14 08:54:43
|
lev00在下面链接: http://www.cmmp.ucl.ac.uk/~lev/codes/lev00/index.html 安装钱要先安装ifort和icc 安装好运行lev00,就会有选项,是计算两个CHGCAR的差值的。 我想是应该把NGFX, NGFY, NGFZ固定 |
5楼2011-04-13 16:54:47
★ ★
haowenping(金币+10): 谢谢!你传个好用的给我吧! 2011-04-14 08:55:42
zzy870720z(金币+2): 谢谢详细指点 2011-04-14 09:03:32
haowenping(金币+10): 谢谢!你传个好用的给我吧! 2011-04-14 08:55:42
zzy870720z(金币+2): 谢谢详细指点 2011-04-14 09:03:32
|
方法1,将OUTCAR、POSCAR、CHGCAR-a、CHGCAR-b存在一个目录,在该目录下运行lev00,然后根据提示选择V(vasp),OUTCAR、POSCAR、然后就是M,然后进去好像是第六项就是做差值的。我们平时画面电荷密度用的是D! 方法2,在origin下面建立一个worksheet,第一列和第二列是电荷密度的坐标值,第三列是CHGCAR-a的电荷密度值,第四列是CHGCAR-b的电荷密度值,然后第五列你设置为第三列与第四列的差就行了 |
8楼2011-04-14 08:25:30
2楼2011-04-13 14:48:04
3楼2011-04-13 16:29:55
4楼2011-04-13 16:35:32
7楼2011-04-13 17:33:46
9楼2011-04-14 08:39:09
10楼2011-04-14 08:56:06
11楼2011-04-14 09:25:43
12楼2011-04-14 10:53:51
13楼2011-04-14 10:55:06
14楼2011-04-14 13:02:31
★
haowenping(金币+1):谢谢参与
haowenping(金币+5): 2011-04-14 16:53:55
haowenping(金币+1):谢谢参与
haowenping(金币+5): 2011-04-14 16:53:55
15楼2011-04-14 15:55:48
16楼2011-04-14 16:13:18
17楼2011-04-14 16:15:33
★
haowenping(金币+5): 非常感谢! 2011-04-14 16:25:51
franch(金币+1): 谢谢回帖交流 2011-04-14 19:30:35
haowenping(金币+5): 非常感谢! 2011-04-14 16:25:51
franch(金币+1): 谢谢回帖交流 2011-04-14 19:30:35
|
那个帖子是我写的,做2D的图可以有两种方法,VESTA在windows下处理,点点鼠标就可以,缺点是标尺没有刻度值,lev00在linux环境下,而且用命令处理,再用origin作图,比较复杂,适合经验丰富的去做,暂时不用摸索lev00了。用VESTA一般可以满足要求,另外emuch还有一个方法处理CHGCAR在MS里可以视图http://muchong.com/bbs/viewthread.php?tid=2382900&fpage=1 |
18楼2011-04-14 16:21:38
19楼2011-04-14 16:28:53
20楼2011-04-14 16:30:19
|
你好,我按照你说的那个方法做了下,下面是我在做静态自洽时候设置的一些参数:SYSTEM=AAAAA ENCUT=650 ISTART=0 ICHARG=2 ISMEAR=0 SIGMA=0.2 ISPIN=2 PREC=A LREAL=Auto NELM=200 NELMDL=-5 NELMIN=2 EDIFF=1E-6 NGX=82 NGY=82 NGZ=179 NGXF=164 NGYF=164 NGZF=358 NSIM=4 NELMIN=4 #IBRION=1 #ISIF=4 #EDIFFG=-0.01 #NSW=200 LCHARG=.T. LWAVE=.T. 然后按照你说的那样做了一次非静态自洽计算,我只是改变了一下这个参数里的ICHARG,把它设置为12。不知道这样坐行不行,希望得到你的指点!感激涕零了 |
21楼2011-04-14 16:56:44
22楼2011-04-14 20:51:05
23楼2011-04-14 21:17:57
24楼2011-04-15 11:10:09
25楼2011-04-15 11:19:04
26楼2011-04-15 14:54:07
★
haowenping(金币+10): 谢谢! 2011-04-15 15:45:26
franch(金币+1): 谢谢指点 2011-04-15 20:45:22
haowenping(金币+10): 谢谢! 2011-04-15 15:45:26
franch(金币+1): 谢谢指点 2011-04-15 20:45:22
|
如果是想得到表面吸附物种与基底原子的成键,需要三个CHGCAR:CHGCAR1 是吸附物种和基底优化后做单点得到,CHGCAR2是把CONCAR中基底原子删掉,并相应修改INCAR,POTCAR,只算单点得到,CHGCAR3,把CONTCAR中吸附分子删掉,同样修改INCAR,POTCAR,再做单点得到(注意:后面两个的INCAR 中要增加NGFX,NGFY,NGFZ,与第一个计算保持一样)。然后,将三个CHGCAR做差得到CHGDIFF。最后,处理CHGDIFF有多种方法,最简单的是用VESTA(这个没有教程,自己摸索),第二个方法可以用lev00,配合origin做图,lev00教程里有这个方法的说明。第三个方法用emuch上流传的MS读取charge density的方法做(emuch搜索)。 |
27楼2011-04-15 15:23:18
|
你好,谢谢你的回答,我还想问下:也就是说,我先总体的做了一次静态自洽计算。得到了CHGCAR1,然后呢,我把吸附原子去掉只剩下基底原子了,此时,我是要改变POTCAR的,但是INCAR中是要设置NGXF,NGYF,NGZF参数的,这些参数应该怎么设置?有什么标准没?如果把他设置成为NGX,NGY,NGZ的2倍行不行?这样得到了CHGCAR2文件。第三步就是把基底原子都删除,只做吸附原子的静态计算,(如果我只吸附了一个原子,是不是就只用这一个原子的静态计算),此时的INCAR中,我是不是直接用第二步的INCAR文件中设置的参数?这样我就得到了CHGCAR3。我还想问下,应该怎么将这三个电荷作差呢?怎么才能得到你说的那个CHGDIFF文件呢?希望继续指教,谢谢! |
28楼2011-04-15 15:59:36
★
franch(金币+1): 鼓励交流 2011-04-15 20:45:43
haowenping(金币+5): 谢谢! 2011-04-15 21:30:12
haowenping(金币+5): 谢谢,只是我又遇到了新的问题,希望你能帮忙解决下! 2011-04-16 09:05:34
franch(金币+1): 鼓励交流 2011-04-15 20:45:43
haowenping(金币+5): 谢谢! 2011-04-15 21:30:12
haowenping(金币+5): 谢谢,只是我又遇到了新的问题,希望你能帮忙解决下! 2011-04-16 09:05:34
|
NGXF,NGYF,NGZF由第一个CHGCAR读取,分别写在后两个INCAR中,做差的方法原理是矩阵相减,具体的脚本你可以在网上找一下,好像http://theory.cm.utexas.edu/vtsttools/scripts/#DOS,有perl的脚本,试试看吧 |
29楼2011-04-15 19:00:33
30楼2011-04-15 21:30:33
31楼2011-04-16 05:34:42
32楼2011-04-16 08:26:59
33楼2011-04-16 09:05:46
34楼2011-04-16 09:49:12
35楼2011-04-16 10:12:19
36楼2011-04-16 10:15:05
37楼2011-04-16 11:19:27
38楼2011-04-16 14:09:51
39楼2011-04-16 14:50:53
40楼2011-04-16 15:48:43
41楼2011-04-16 16:42:34
42楼2011-04-16 17:45:04
43楼2011-04-16 17:54:05
★
小木虫(金币+0.5):给个红包,谢谢回帖
小木虫(金币+0.5):给个红包,谢谢回帖
|
请问可以传一份lev00安装包及安装教程吗,xiexie !以前有一份2.46版本的,但对这侯爷爷的教程一直安装不成功!我的邮箱:cxcxiaocao@163.com,谢谢! |
44楼2011-11-16 16:07:08
★
小木虫(金币+0.5):给个红包,谢谢回帖
小木虫(金币+0.5):给个红包,谢谢回帖
|
前辈你好,关于lev00,同学给我传了个2.46版本的,我根据侯爷爷的lev00处理电荷密度的教程,在进行安装变异的时候,运行lev00.comp生成可执行的lev00程序的时候老是出错说什么tools_strings出错,不知道怎么回事,很是无助,后面的工作也做不下去,内心一片惶恐,求前辈指导,或传一份lev00的安装包及安装教程,邮箱:cxcxiaocao@163.com,万分感谢! |
45楼2011-11-16 16:16:39
46楼2014-04-22 18:51:25
简单回复
2011-04-13 17:09
回复
haowenping(金币+1):谢谢参与
bingmou(金币-1): 2011-04-13 19:02:42
bingmou(金币-1): 2011-04-13 19:02:42













回复此楼