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uvv2010铜虫 (初入文坛)
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[交流]
【求助】高斯算差分电荷密度图.cube文件行数不同
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请问各位高手，为什么我在用高斯算Sc2TiNC80及其阳离子差分电荷密度时，.cube文件行数不同？所用的基组是相同的。 非常感谢！ |
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zhou2009
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uvv2010(金币+5):非常感谢 2010-10-07 15:13:30
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cube文件行数完全是由指定的格点数决定的（如80×80×80），与基组大小无关。 你说不同，虽然你没有细说产生这种不同的具体情况，但我在帖子《量子化学图形显示》 （ http://muchong.com/bbs/viewthread.php?tid=1616092&fpage=1）中的一段话可供参考： cubegen虽然被G03推荐使用，但作密度差时则有问题。我们在分别计算分子、对应的孤立原子时，它们的空间网格每个边的格点数、空间格点的起始点、格点间隔，都要是完全一致的，这样才能用一套坐标来进行密度差计算。但cubegen中，我们虽然指定了格点默认为80×80×80，但它还是会自作主张改变某一边的格点数，以符合分子的形状。这样连空间格点都不一致了，怎样作密度差。 这时要用关键字cube=(Orbitals,cards)，自己输入格点数、起始点、格点间隔。直接算ρ，再作Δρ。（当然也可以在cubegen中输入cards，论坛上有专门讨论此用法的帖子） 将作密度差的分子和相应的孤立原子或分子片等在分别计算时，坐标位置上要完全对应、定位，这需要在输入的坐标数据中，在关键字中使用nosymm。否则计算会进行对称性分析挪动坐标系、挪动分子电荷重心到坐标原点，引起用以相差的原子坐标不一致，不能作Δρ。 [ Last edited by zhou2009 on 2010-10-7 at 08:26 ] |
2楼2010-10-07 08:20:58