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fanghongmei金虫 (初入文坛)
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PBS脚本的编写问题 已有2人参与
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大家好！最近在做All Atom Structure Prediction and Folding Simulations of a Stable Protein（http://ambermd.org/tutorials/basic/tutorial3/section1.htm）这个教程，但是我发现这里面的PBS脚本没办法运行，脚本如下： #PBS -l ncpus=16 #PBS -l walltime=500:00:00 #PBS -l cput=2000:00:00 #PBS -j oe setenv AMBERHOME /usr/people/rcw/amber9 cd ~rcw/initial_heating mpirun -np 16 $AMBERHOME/exe/sander -O -i heat1.in -p TC5b.prmtop -c min1.rst -r heat1.rst -o heat1.out -x heat1.mdcrd gzip -9 heat1.mdcrd mpirun -np 16 $AMBERHOME/exe/sander -O -i heat2.in -p TC5b.prmtop -c heat1.rst -r heat2.rst -o heat2.out -x heat2.mdcrd gzip -9 heat2.mdcrd mpirun -np 16 $AMBERHOME/exe/sander -O -i heat3.in -p TC5b.prmtop -c heat2.rst -r heat3.rst -o heat3.out -x heat3.mdcrd gzip -9 heat3.mdcrd mpirun -np 16 $AMBERHOME/exe/sander -O -i heat4.in -p TC5b.prmtop -c heat3.rst -r heat4.rst -o heat4.out -x heat4.mdcrd gzip -9 heat4.mdcrd mpirun -np 16 $AMBERHOME/exe/sander -O -i heat5.in -p TC5b.prmtop -c heat4.rst -r heat5.rst -o heat5.out -x heat5.mdcrd gzip -9 heat5.mdcrd mpirun -np 16 $AMBERHOME/exe/sander -O -i heat6.in -p TC5b.prmtop -c heat5.rst -r heat6.rst -o heat6.out -x heat6.mdcrd gzip -9 heat6.mdcrd mpirun -np 16 $AMBERHOME/exe/sander -O -i heat7.in -p TC5b.prmtop -c heat6.rst -r heat7.rst -o heat7.out -x heat7.mdcrd gzip -9 heat7.mdcrd echo "DONE" 想请问大家一下，应该怎样编写适合自己程序运行的脚本呢？在编写脚本的过程中需要指出输入文件、输出文件的路径吗？（我所用的软件是amber10） 还有cd ~rcw/initial_heating，这一行代表的是什么意思呢？ 本人刚刚接触amber一段时间，很多东西都不懂，还请路过的高手们不吝赐教，不胜感激！  |
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