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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » Gromacs/Amber/NAMD » 关于amber官网的第一个练习
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lifeisall

铜虫 (小有名气)

[求助] 关于amber官网的第一个练习已有1人参与

（是这样，我是自学Amber，所以大家先不要喷我问的问题简单，我的确需要帮助。）
amber官网上第一个Tutorial。网址：http://ambermd.org/tutorials/basic/tutorial1/
这里只讲了每一步是在干啥，可是怎么操作呢，他要算的DNA分子呢，我要算的文件在哪里找到啊？其实说白了，做这个作业，我怎么开始呢，我的目标文件在哪里？谢谢各位！
00

[ Last edited by lifeisall on 2013-12-31 at 21:58 ]
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1楼2013-12-31 20:09:55
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匿名

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月只蓝: 金币+1, 鼓励交流! 2014-01-03 09:15:11
lifeisall(月只蓝代发): 金币+3, 感谢指导！ 2014-05-31 20:33:52
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2楼2014-01-02 16:53:04
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lifeisall

铜虫 (小有名气)
引用回帖:
2楼: Originally posted by 小蜗牛8728 at 2014-01-02 16:53:04
你要先确保你安装了Amber，涉及到可视化软件VMD，也应该安装。操作系统是Linux。
所有的操作都在Linux终端以命令行的方式执行。DNA分子可以生成，如果不能生成，请先下载网站给出的分子，然后做后面的。

谢谢你！是这样的，我电脑上已经安装了amber11和vmd，我把amber11直接复制粘贴到了我们的服务器上，还用改什么环境变量什么的参数吗？我可以直接用吗？
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3楼2014-01-02 18:23:26
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匿名

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lifeisall(月只蓝代发): 金币+2, 感谢指导！ 2014-05-31 20:34:03
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4楼2014-01-02 19:08:01
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