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amber做NPT过程盒子变小的问题
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由于接触amber时间不长，所以遇到问题多，我下面一一列出自己的计算过程，请高手给予回答有哪些不对的，谢谢！ 1. 由于Au(111)面呈菱形，优化后（表面有一层吸附分子），supercell，然后删除一些原子使其呈正方形，因为amber里面加的水盒子是立方体。 2. 把跑完动力学的RNA删除水分子，连接RNA和Au(111)表面的分子，加水盒子。 3. 固定Au和表面S原子restraintmask=" : 1-60@Au=, S ". 同时是Au的LJ为零（即范德华作用力为零），然后加热60ps到300K，再做NPT10ns，但是发现NPT过程盒子变小很多。 显然盒子变小不正常，我试着改变LJ，发现不改变LJ时，盒子会变大。难道是LJ的值没有取对？ 另外，发现，如果不做NPT，只是做NVT动力学，水盒子中很多空穴，是不是不应该把Au表面放在水盒子中？可如果不放在盒子中，怎么实现只在表面的RNA部分加水？这样的话还是周期性边界条件吗？ 我在supercell后删除表面原子使其为一个正方形，这个做法可取吗？而且我把周边的表面分子删除后加水盒子，是在一个PBC条件下吗？ 怎么样做才能使做NPT时表面不会变小？我明明固定了原子！ 我看到有文献说加水后在表面加一层惰性原子保持盒子的大小不变，这个是怎么实现的？ 不甚感激！ |
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