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做完gromacs后怎么做分子表面静电势图？谢谢。 已有2人参与
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我知道可以通过gaussian得到chk文件来做分子表面静电势图，但不知道怎么得到chk文件？ 我想知道通过VMD怎么做分子表面静电势图？ 上面的2种方法任选一种告诉我具体的步骤，谢谢啊 |
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.gro文件您拿文本编辑器打开一看就知道了，里面记录的是每个原子的三维坐标而已。我认为光凭这个是不能生成分子表面静电势图的。 至于.edr文件，如果您跑完md以后能找到它，要是没找到，那么就是mdrun这一步，没指定输出edr文件。 我平时分析edr文件里的信息，用g_energy命令比较多，但我没注意过里面有没有静电势的选项，您可以先试试。 |
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