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北京石油化工学院2026年研究生招生接收调剂公告
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铜虫 (初入文坛)

[求助] 做完gromacs后怎么做分子表面静电势图?谢谢。 已有2人参与

我知道可以通过gaussian得到chk文件来做分子表面静电势图,但不知道怎么得到chk文件?
我想知道通过VMD怎么做分子表面静电势图?
上面的2种方法任选一种告诉我具体的步骤,谢谢啊
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gaupay

至尊木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

感谢参与,应助指数 +1
gromacs是做分子动力学的,不涉及电子结构。电子结构方面的东西用量化软件。楼主应该先明确研究内容,再确定使用工具。

[ 发自小木虫客户端 ]
Godblessgoodman
3楼2015-02-10 02:56:41
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wbf3ng

金虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

感谢参与,应助指数 +1
%chk=name.chk,too young too simple

[ 发自小木虫客户端 ]
2楼2015-02-09 21:46:35
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1142634328

铜虫 (初入文坛)

引用回帖:
2楼: Originally posted by wbf3ng at 2015-02-09 21:46:35
%chk=name.chk,too young too simple

gromacs生成了很多文件,该用哪种类型文件或者哪个文件转化为chk格式呢?谢谢
4楼2015-02-10 10:40:08
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1142634328

铜虫 (初入文坛)

引用回帖:
3楼: Originally posted by gaupay at 2015-02-10 02:56:41
gromacs是做分子动力学的,不涉及电子结构。电子结构方面的东西用量化软件。楼主应该先明确研究内容,再确定使用工具。

导师好像提到过做完gromacs后要做分子表面静电势图。我百度相关资料时,看到可以通过能量文件(edr文件)提取相关的信息来研究静电势。
可以通过结构文件(.gro文件)来吗?
谢谢啊
5楼2015-02-10 10:45:39
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