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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » Gromacs/Amber/NAMD » 做完gromacs后怎么做分子表面静电势图？谢谢。
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铜虫 (初入文坛)

[求助] 做完gromacs后怎么做分子表面静电势图？谢谢。 已有2人参与

我知道可以通过gaussian得到chk文件来做分子表面静电势图，但不知道怎么得到chk文件？
我想知道通过VMD怎么做分子表面静电势图？
上面的2种方法任选一种告诉我具体的步骤，谢谢啊
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1楼 2015-02-09 20:45:54
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1142634328

铜虫 (初入文坛)
引用回帖:
2楼: Originally posted by wbf3ng at 2015-02-09 21:46:35
%chk=name.chk,too young too simple

gromacs生成了很多文件，该用哪种类型文件或者哪个文件转化为chk格式呢？谢谢
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4楼2015-02-10 10:40:08
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wbf3ng

金虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

感谢参与，应助指数 +1
%chk=name.chk,too young too simple

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2楼2015-02-09 21:46:35
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gaupay

至尊木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

感谢参与，应助指数 +1
gromacs是做分子动力学的，不涉及电子结构。电子结构方面的东西用量化软件。楼主应该先明确研究内容，再确定使用工具。

[ 发自小木虫客户端 ]
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Godblessgoodman
3楼2015-02-10 02:56:41
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1142634328

铜虫 (初入文坛)
引用回帖:
3楼: Originally posted by gaupay at 2015-02-10 02:56:41
gromacs是做分子动力学的，不涉及电子结构。电子结构方面的东西用量化软件。楼主应该先明确研究内容，再确定使用工具。

导师好像提到过做完gromacs后要做分子表面静电势图。我百度相关资料时，看到可以通过能量文件（edr文件）提取相关的信息来研究静电势。
可以通过结构文件（.gro文件）来吗？
谢谢啊
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5楼2015-02-10 10:45:39
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