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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » Gromacs/Amber/NAMD » 用gromacs做分子动力学模拟，如何把底物分子固定住啊
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870277182

铁虫 (小有名气)

[求助] 用gromacs做分子动力学模拟，如何把底物分子固定住啊 已有3人参与

因为模拟跑一段时间，底物就会发生弯曲，有时候会移动到一个奇怪的位置，求教大神怎么办？

听说有位置局限分子动力学，求教啊
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1楼 2015-01-20 19:51:49
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congtaiupc

金虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★
感谢参与，应助指数 +1
870277182(月只蓝代发): 金币+1, 鼓励交流 2015-01-27 21:43:33
没有Constrain吗？我没用过Gromacs，但你可以类比MS吧
赞一下(1人) 回复此楼
用青春书写青春
2楼2015-01-21 21:22:24
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fangsteel

木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★
感谢参与，应助指数 +1
870277182(月只蓝代发): 金币+2, 感谢指导 2015-01-27 21:43:41
利用index文件，把需要固定的原子单独定义一个group，然后在mdp文件里设置这个group是在xyz三个方向都固定就行
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gromacs
3楼2015-01-22 16:49:33
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870277182

铁虫 (小有名气)
引用回帖:
3楼: Originally posted by fangsteel at 2015-01-22 16:49:33
利用index文件，把需要固定的原子单独定义一个group，然后在mdp文件里设置这个group是在xyz三个方向都固定就行

请问设置了index文件，怎么在mdp文件里固定啊？是哪一行参数啊
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4楼2015-01-27 11:15:46
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awaken2013

铜虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★
870277182(月只蓝代发): 金币+2, 鼓励交流 2015-01-27 21:43:52
引用回帖:
4楼: Originally posted by 870277182 at 2015-01-27 11:15:46
请问设置了index文件，怎么在mdp文件里固定啊？是哪一行参数啊...

请查看官网online manual 中的make_index

[ 发自手机版 http://muchong.com/3g ]
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5楼2015-01-27 17:38:48
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