24小时热门版块排行榜    

北京石油化工学院2026年研究生招生接收调剂公告
查看: 1697  |  回复: 4
当前只显示满足指定条件的回帖,点击这里查看本话题的所有回帖

870277182

铁虫 (小有名气)

[求助] 用gromacs做分子动力学模拟,如何把底物分子固定住啊 已有3人参与

因为模拟跑一段时间,底物就会发生弯曲,有时候会移动到一个奇怪的位置,求教大神怎么办?

听说有位置局限分子动力学,求教啊
回复此楼

» 猜你喜欢

» 本主题相关商家推荐: (我也要在这里推广)

» 本主题相关价值贴推荐,对您同样有帮助:

已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

awaken2013

铜虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★
870277182(月只蓝代发): 金币+2, 鼓励交流 2015-01-27 21:43:52
引用回帖:
4楼: Originally posted by 870277182 at 2015-01-27 11:15:46
请问设置了index文件,怎么在mdp文件里固定啊?是哪一行参数啊...

请查看官网online manual 中的make_index

[ 发自手机版 http://muchong.com/3g ]
5楼2015-01-27 17:38:48
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
查看全部 5 个回答

congtaiupc

金虫 (小有名气)

【答案】应助回帖


感谢参与,应助指数 +1
870277182(月只蓝代发): 金币+1, 鼓励交流 2015-01-27 21:43:33
没有Constrain吗?我没用过Gromacs,但你可以类比MS吧
用青春书写青春
2楼2015-01-21 21:22:24
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

fangsteel

木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★
感谢参与,应助指数 +1
870277182(月只蓝代发): 金币+2, 感谢指导 2015-01-27 21:43:41
利用index文件,把需要固定的原子单独定义一个group,然后在mdp文件里设置这个group是在xyz三个方向都固定就行
gromacs
3楼2015-01-22 16:49:33
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

870277182

铁虫 (小有名气)

引用回帖:
3楼: Originally posted by fangsteel at 2015-01-22 16:49:33
利用index文件,把需要固定的原子单独定义一个group,然后在mdp文件里设置这个group是在xyz三个方向都固定就行

请问设置了index文件,怎么在mdp文件里固定啊?是哪一行参数啊
4楼2015-01-27 11:15:46
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[考研] 317求调剂 +7 蛋黄咸肉粽 2026-03-26 7/350 2026-03-27 02:29 by fmesaito
[考研] 求调剂 +6 白QF 2026-03-21 6/300 2026-03-26 20:37 by fmesaito
[考研] 一志愿211院校 344分 东北农业大学生物学学硕,求调剂 +3 丶风雪夜归人丶 2026-03-26 3/150 2026-03-26 19:35 by 求调剂zz
[考研] 274求调剂 +14 顾九笙要谦虚 2026-03-24 20/1000 2026-03-26 18:15 by 乐呵呵的追梦人
[考研] 材料考研求调剂 +3 Dendel 2026-03-23 6/300 2026-03-26 17:51 by fmesaito
[考研] 一志愿 西北大学 总分282 英语一62 求调剂 +7 18419759900 2026-03-25 7/350 2026-03-26 16:07 by 不吃魚的貓
[考研] 材料与化工328分调剂 +6 。,。,。,。i 2026-03-23 6/300 2026-03-25 22:30 by 418490947
[考研] 一志愿南航 335分 | 0856材料化工 | GPA 4.07 | 有科研经历 +6 cccchenso 2026-03-23 6/300 2026-03-25 22:25 by 544594351
[考研] 机械学硕总分317求调剂!!!! +4 Acaciad 2026-03-25 4/200 2026-03-25 19:59 by hanserlol
[考研] 290分调剂求助 +3 吉祥止止陈 2026-03-25 3/150 2026-03-25 19:58 by barlinike
[考研] 284求调剂 +15 Zhao anqi 2026-03-22 15/750 2026-03-25 12:51 by wht0531
[考研] 289材料与化工(085600)B区求调剂 +4 这么名字咋样 2026-03-22 5/250 2026-03-25 08:20 by mx.yue
[考研] 一志愿南航材料专317分求调剂 +5 炸呀炸呀炸薯条 2026-03-23 5/250 2026-03-24 16:52 by 星空星月
[考研] 一志愿华东理工大学081700,初试分数271 +5 kotoko_ik 2026-03-23 6/300 2026-03-24 10:29 by 学术搬砖er
[考研] 276求调剂。有半年电池和半年高分子实习经历 +9 材料学257求调剂 2026-03-23 10/500 2026-03-24 07:36 by wangy0907
[考研] 接收2026硕士调剂(学硕+专硕) +4 allen-yin 2026-03-23 6/300 2026-03-23 15:04 by 汪!?!
[考研] 一志愿东华大学控制学硕320求调剂 +3 Grand777 2026-03-21 3/150 2026-03-21 19:23 by 简之-
[考研] 求助 +5 梦里的无言 2026-03-21 6/300 2026-03-21 17:51 by 学员8dgXkO
[考研] 22408 344分 求调剂 一志愿 华电计算机技术 +4 solanXXX 2026-03-20 4/200 2026-03-20 23:49 by alg094825
[考研] 353求调剂 +3 拉钩不许变 2026-03-20 3/150 2026-03-20 19:56 by JourneyLucky
信息提示
请填处理意见