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北京石油化工学院2026年研究生招生接收调剂公告
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870277182

铁虫 (小有名气)

[求助] 用gromacs做分子动力学模拟,如何把底物分子固定住啊 已有3人参与

因为模拟跑一段时间,底物就会发生弯曲,有时候会移动到一个奇怪的位置,求教大神怎么办?

听说有位置局限分子动力学,求教啊
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congtaiupc

金虫 (小有名气)

【答案】应助回帖


感谢参与,应助指数 +1
870277182(月只蓝代发): 金币+1, 鼓励交流 2015-01-27 21:43:33
没有Constrain吗?我没用过Gromacs,但你可以类比MS吧
用青春书写青春
2楼2015-01-21 21:22:24
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fangsteel

木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★
感谢参与,应助指数 +1
870277182(月只蓝代发): 金币+2, 感谢指导 2015-01-27 21:43:41
利用index文件,把需要固定的原子单独定义一个group,然后在mdp文件里设置这个group是在xyz三个方向都固定就行
gromacs
3楼2015-01-22 16:49:33
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870277182

铁虫 (小有名气)

引用回帖:
3楼: Originally posted by fangsteel at 2015-01-22 16:49:33
利用index文件,把需要固定的原子单独定义一个group,然后在mdp文件里设置这个group是在xyz三个方向都固定就行

请问设置了index文件,怎么在mdp文件里固定啊?是哪一行参数啊
4楼2015-01-27 11:15:46
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awaken2013

铜虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★
870277182(月只蓝代发): 金币+2, 鼓励交流 2015-01-27 21:43:52
引用回帖:
4楼: Originally posted by 870277182 at 2015-01-27 11:15:46
请问设置了index文件,怎么在mdp文件里固定啊?是哪一行参数啊...

请查看官网online manual 中的make_index

[ 发自手机版 http://muchong.com/3g ]
5楼2015-01-27 17:38:48
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