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[求助]
求助高人帮我进行分子动力学模拟，急等！！！
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出于工作需要，想用MD模拟分子聚集态构象，但之前从未接触过，因此求助高人合作。若取得满意结果，相关文章将可挂等同一作或者第二单位通讯 大致描述一下想模拟的体系： 油酸分子在平整界面吸附形成纳米尺度的domain（每个domain可以看成是一个小岛，其结构是分子单层膜），分子排布密度较大时，可以预料domain的中心位置分子烷基链呈现规整排列（类似于宏观的langmuir膜），而在domain的边缘位置分子排列将不那么规整，有很多gauche defects。最边缘的分子拥有最大的自由活动空间，甚至可以趴伏在界面上；稍微往里一点的分子自由空间稍小，越往domain中心，分子自由空间越小（分子的吸附基团部分是不动的，这里的自由空间是针对分子的烷基链而言）。那么，这个边缘的范围（gauche defects较显著的区域）到底有多大呢？虽然一个油酸分子本身的长度不过2 nm左右，但是这种边缘效应的范围可能远远不止这个尺度，我目前的实验结果显示它可能达到几十个纳米（距离最边缘几十个纳米的地方的分子仍然具有较大的活动空间从而产生较显著的gauche defects即非规则构象）。我想通过理论模拟来考察这一点。 体系我想一点都不复杂，有意者请站内留言。 |
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