24小时热门版块排行榜    

查看: 3996  |  回复: 7

古小青

新虫 (初入文坛)

[求助] 分子动力学结果分析

用DS软件做分子动力学,程序跑完之后不会分析结果啊,求各位路过大侠相助,不胜感激。

3VW6 RMSD曲线.png



3VW6 能量曲线.png



3VW6 相互作用能曲线.png



3VW6氢键热图.png
回复此楼

» 收录本帖的淘帖专辑推荐

MD分子动力学

» 猜你喜欢

» 本主题相关商家推荐: (我也要在这里推广)

» 本主题相关价值贴推荐,对您同样有帮助:

已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

zhouzhiguang

金虫 (小有名气)

【答案】应助回帖


感谢参与,应助指数 +1
chaizhm: 金币+1, 谢谢~ 2013-03-19 08:53:17
啊哦,不会吧。显然是没有稳定的啊。你的横坐标单位是ps还是ns啊?
让我们high起来!
2楼2013-03-18 20:38:08
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

古小青

新虫 (初入文坛)

ns啊,但是RMSD值在最后已经趋于平衡了啊。
3楼2013-03-18 21:22:33
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

houxuben

木虫 (正式写手)

MEDCHEM03

【答案】应助回帖

感谢参与,应助指数 +1
建议参考几篇文献分析,主要看体系建立的目的是什么,没有目的跑就没意思了。图中RMSD值一直在上升,一般RMSD得稳定较长的时间才算平衡。
4楼2013-03-19 19:03:12
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

arthurii

木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与,应助指数 +1
古小青: 金币+30 2013-03-20 21:07:29
RMSD完全没有跑平,如果不是特殊体系,这个时间肯定要延长。或者你可以集中分析你的观测部位是不是稳定的。如果只是非检测区的部分有比较大的活动性,那可以考虑固定一部分不重要的结构,重点分析核心部位。
5楼2013-03-20 15:46:02
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

古小青

新虫 (初入文坛)

引用回帖:
4楼: Originally posted by houxuben at 2013-03-19 19:03:12
建议参考几篇文献分析,主要看体系建立的目的是什么,没有目的跑就没意思了。图中RMSD值一直在上升,一般RMSD得稳定较长的时间才算平衡。

求文献推荐。
6楼2013-03-23 09:27:05
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

古小青

新虫 (初入文坛)

引用回帖:
5楼: Originally posted by arthurii at 2013-03-20 15:46:02
RMSD完全没有跑平,如果不是特殊体系,这个时间肯定要延长。或者你可以集中分析你的观测部位是不是稳定的。如果只是非检测区的部分有比较大的活动性,那可以考虑固定一部分不重要的结构,重点分析核心部位。

求助:怎样固定结构,又如何确定核心结构呢?
7楼2013-03-23 09:30:35
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

houxuben

木虫 (正式写手)

MEDCHEM03

引用回帖:
6楼: Originally posted by 古小青 at 2013-03-23 09:27:05
求文献推荐。...

去JACS  J. Chem. Info. Model  Protein等期刊上去找dynamic有关的就行,比较权威了。
8楼2013-03-23 20:14:26
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
相关版块跳转 我要订阅楼主 古小青 的主题更新
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[基金申请] 93BebMhtakh前后11位开头都是大写 +4 且听虎啸 2026-08-17 5/250 2026-08-18 00:49 by 蔡棒棒菂
[基金申请] 感觉是下周放榜了 +6 angus9576 2026-08-17 11/550 2026-08-17 23:57 by angus9576
[基金申请] filecode=后面第一个是大写字母 +8 wangze12014 2026-08-14 10/500 2026-08-17 17:05 by xter9665
[基金申请] 时间戳变了,能看出什么问题? +4 基诺咪客 2026-08-17 4/200 2026-08-17 16:10 by Vivilian
[基金申请] 哪位老哥知道今年的国自然具体哪一天放榜? +12 Ldrop2023 2026-08-13 15/750 2026-08-17 15:02 by 小豌豆_发芽
[基金申请] 今天系统多次维护,明天很可能放榜! +8 zju2000 2026-08-16 9/450 2026-08-17 12:20 by lmz0216
[基金申请] 时间戳又变了8-15 +13 archvillain 2026-08-15 25/1250 2026-08-16 20:13 by zhaosm1982
[基金申请] 2027广东省杰青 +3 奶牛小黑 2026-08-15 6/300 2026-08-16 20:07 by 奶牛小黑
[基金申请] 快农历七夕节了,轻松一下,男人悄悄话,女施主请不要进来。 +3 Tide man 2026-08-14 3/150 2026-08-16 17:47 by jurkat.1640
[基金申请] 咱们一起用铁证分析2026国家社科基金中标与否 +7 启萌科技 2026-08-12 26/1300 2026-08-16 12:35 by 启萌科技
[基金申请] 有时候,自然基金真的不能太认真 (我的申报经验) +10 majunge000 2026-08-11 12/600 2026-08-16 08:18 by xli1984
[精细化工] 招聘 金属平磨液,抛光液研发工程师 +3 小天0311 2026-08-14 3/150 2026-08-16 07:31 by H9PLUS
[基金申请] 是这周出结果还是下周出结果? +4 yuleib84 2026-08-11 4/200 2026-08-14 23:05 by lfy8008
[硕博家园] 读博的好处 +4 lnee 2026-08-11 4/200 2026-08-14 10:20 by ahsoarli
[基金申请] 重要来源:本周末出结果 +10 瞬息宇宙 2026-08-12 10/500 2026-08-13 15:46 by likettle
[基金申请] 不应该看fileCode +7 且听虎啸 2026-08-12 9/450 2026-08-13 14:27 by flydreamws
[基金申请] Filecode 又变了,巨变 +3 WH3796 2026-08-12 4/200 2026-08-13 14:13 by 小木虫6752397
[基金申请] 分享一下我之前已中青C的计划书的filecode +4 布布和一二 2026-08-11 5/250 2026-08-13 12:56 by cratir
[基金申请] 结合人工智能,周易传统文化,filecode打分制来了,3分以上希望很大。 +3 Tide man 2026-08-12 4/200 2026-08-13 08:35 by ZJTJZ
[基金申请] 什么时候出结果,有咨询渠道??? +3 Tide man 2026-08-11 3/150 2026-08-11 17:54 by kudofaye
信息提示
请填处理意见