应《网络安全法》要求，自2017年10月1日起，未进行实名认证将不得使用互联网跟帖服务。为保障您的帐号能够正常使用，请尽快对帐号进行手机号验证，感谢您的理解与支持！

24小时热门版块排行榜    

小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » DS/Sybyl/Autodock » 分子动力学结果分析
北京石油化工学院2026年研究生招生接收调剂公告
81/1返回列表
查看: 3711  |  回复: 7
只看楼主 @他人 存档 新回复提醒 (忽略) 收藏    在APP中查看

古小青

新虫 (初入文坛)

[求助] 分子动力学结果分析

用DS软件做分子动力学，程序跑完之后不会分析结果啊，求各位路过大侠相助，不胜感激。

3VW6 RMSD曲线.png



3VW6 能量曲线.png



3VW6 相互作用能曲线.png



3VW6氢键热图.png
回复此楼

» 收录本帖的淘帖专辑推荐

MD分子动力学

» 猜你喜欢

» 本主题相关商家推荐: (我也要在这里推广)

» 本主题相关价值贴推荐，对您同样有帮助:
1楼 2013-03-18 11:49:18
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

zhouzhiguang

金虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★
感谢参与，应助指数 +1
chaizhm: 金币+1, 谢谢~ 2013-03-19 08:53:17
啊哦，不会吧。显然是没有稳定的啊。你的横坐标单位是ps还是ns啊？
赞一下(1人) 回复此楼
让我们high起来！
2楼2013-03-18 20:38:08
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

古小青

新虫 (初入文坛)
ns啊，但是RMSD值在最后已经趋于平衡了啊。
赞一下 回复此楼
3楼2013-03-18 21:22:33
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

houxuben

木虫 (正式写手)

MEDCHEM03

【答案】应助回帖

感谢参与，应助指数 +1
建议参考几篇文献分析，主要看体系建立的目的是什么，没有目的跑就没意思了。图中RMSD值一直在上升，一般RMSD得稳定较长的时间才算平衡。
赞一下(1人) 回复此楼
4楼2013-03-19 19:03:12
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

arthurii

木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
古小青: 金币+30 2013-03-20 21:07:29
RMSD完全没有跑平，如果不是特殊体系，这个时间肯定要延长。或者你可以集中分析你的观测部位是不是稳定的。如果只是非检测区的部分有比较大的活动性，那可以考虑固定一部分不重要的结构，重点分析核心部位。
赞一下(1人) 回复此楼
5楼2013-03-20 15:46:02
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

古小青

新虫 (初入文坛)
引用回帖:
4楼: Originally posted by houxuben at 2013-03-19 19:03:12
建议参考几篇文献分析，主要看体系建立的目的是什么，没有目的跑就没意思了。图中RMSD值一直在上升，一般RMSD得稳定较长的时间才算平衡。

求文献推荐。
回复此楼
6楼2013-03-23 09:27:05
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

古小青

新虫 (初入文坛)
引用回帖:
5楼: Originally posted by arthurii at 2013-03-20 15:46:02
RMSD完全没有跑平，如果不是特殊体系，这个时间肯定要延长。或者你可以集中分析你的观测部位是不是稳定的。如果只是非检测区的部分有比较大的活动性，那可以考虑固定一部分不重要的结构，重点分析核心部位。

求助：怎样固定结构，又如何确定核心结构呢？
赞一下 回复此楼
7楼2013-03-23 09:30:35
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

houxuben

木虫 (正式写手)

MEDCHEM03
引用回帖:
6楼: Originally posted by 古小青 at 2013-03-23 09:27:05
求文献推荐。...

去JACS  J. Chem. Info. Model  Protein等期刊上去找dynamic有关的就行，比较权威了。
赞一下 回复此楼
8楼2013-03-23 20:14:26
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
相关版块跳转 我要订阅楼主 古小青 的主题更新
81/1返回列表
普通表情 龙 兔 虎 猫
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[考研] 296求调剂 +3 汪！？！ 2026-04-05 4/200 2026-04-05 20:13 by 啵啵啵0119
[考研] 280求调剂 +4 李rien 2026-04-04 4/200 2026-04-05 18:44 by imissbao
[考研] 270分求调剂 +4 maxjxbsk 2026-04-01 4/200 2026-04-05 17:04 by yulian1987
[考研] 材料与化工363求推荐 +7 zh096 2026-04-04 7/350 2026-04-05 09:11 by 陌秋26
[考研] 调剂 +11 JLLLLLLLLLL 2026-04-03 11/550 2026-04-04 22:21 by hemengdong
[考研] 316求调剂 +9 墨辰_Orion926 2026-04-04 9/450 2026-04-04 21:35 by lbsjt
[考研] 288求调剂 一志愿哈工大 材料与化工 +39 洛神哥哥 2026-03-31 41/2050 2026-04-03 21:51 by qlm5820
[考研] 学硕288调剂!!! +3 小王xw123 2026-04-03 3/150 2026-04-03 21:20 by 啵啵啵0119
[考研] 材料科学与工程339求调剂 +12 hyz0119 2026-03-31 13/650 2026-04-03 18:33 by ls刘帅
[考研] 289-求调剂 +4 这里是_ 2026-04-03 4/200 2026-04-03 14:23 by 1753564080
[考研] 专硕 351 086100 也是考的材科基 本科也是材料 +8 202451007219 2026-04-02 8/400 2026-04-03 09:50 by 蓝云思雨
[考研] 一志愿a区211，085601-307分求调剂 +13 党嘉豪 2026-03-31 26/1300 2026-04-03 08:33 by 495374996
[考研] 一志愿复旦材料，英一专硕，总分357调剂 +4 1050389037 2026-04-02 5/250 2026-04-02 21:40 by dongzh2009
[考研] 362求调剂 +14 西南交材料专硕3 2026-03-31 14/700 2026-04-02 17:50 by yunlongyang
[论文投稿] chinese chemical letters英文版投稿求助 120+4 Yishengeryi 2026-03-30 6/300 2026-04-02 17:19 by Yishengeryi
[考研] 292求调剂 +17 木虫er12138 2026-04-01 17/850 2026-04-01 21:37 by 七度不信任
[考研] 350求调剂 +7 阿佳～ 2026-03-31 7/350 2026-04-01 16:12 by yanflower7133
[考研] 合肥区域性重点一本招收调剂 +4 6266jl 2026-03-30 8/400 2026-03-31 18:43 by 6266jl
[考研] 调剂 +4 GK72 2026-03-30 4/200 2026-03-30 20:32 by dick_runner
[考研] 抱歉 +3 田洪有 2026-03-30 3/150 2026-03-30 19:11 by 迷糊CCPs
信息提示
关闭
请填处理意见
关闭