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古小青

新虫 (初入文坛)

[求助] 分子动力学结果分析

用DS软件做分子动力学，程序跑完之后不会分析结果啊，求各位路过大侠相助，不胜感激。

3VW6 RMSD曲线.png



3VW6 能量曲线.png



3VW6 相互作用能曲线.png



3VW6氢键热图.png
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1楼 2013-03-18 11:49:18
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zhouzhiguang

金虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★
感谢参与，应助指数 +1
chaizhm: 金币+1, 谢谢~ 2013-03-19 08:53:17
啊哦，不会吧。显然是没有稳定的啊。你的横坐标单位是ps还是ns啊？
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让我们high起来！
2楼2013-03-18 20:38:08
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古小青

新虫 (初入文坛)
ns啊，但是RMSD值在最后已经趋于平衡了啊。
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3楼2013-03-18 21:22:33
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houxuben

木虫 (正式写手)

MEDCHEM03

【答案】应助回帖

感谢参与，应助指数 +1
建议参考几篇文献分析，主要看体系建立的目的是什么，没有目的跑就没意思了。图中RMSD值一直在上升，一般RMSD得稳定较长的时间才算平衡。
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4楼2013-03-19 19:03:12
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arthurii

木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
古小青: 金币+30 2013-03-20 21:07:29
RMSD完全没有跑平，如果不是特殊体系，这个时间肯定要延长。或者你可以集中分析你的观测部位是不是稳定的。如果只是非检测区的部分有比较大的活动性，那可以考虑固定一部分不重要的结构，重点分析核心部位。
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5楼2013-03-20 15:46:02
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古小青

新虫 (初入文坛)
引用回帖:
4楼: Originally posted by houxuben at 2013-03-19 19:03:12
建议参考几篇文献分析，主要看体系建立的目的是什么，没有目的跑就没意思了。图中RMSD值一直在上升，一般RMSD得稳定较长的时间才算平衡。

求文献推荐。
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6楼2013-03-23 09:27:05
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古小青

新虫 (初入文坛)
引用回帖:
5楼: Originally posted by arthurii at 2013-03-20 15:46:02
RMSD完全没有跑平，如果不是特殊体系，这个时间肯定要延长。或者你可以集中分析你的观测部位是不是稳定的。如果只是非检测区的部分有比较大的活动性，那可以考虑固定一部分不重要的结构，重点分析核心部位。

求助：怎样固定结构，又如何确定核心结构呢？
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7楼2013-03-23 09:30:35
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houxuben

木虫 (正式写手)

MEDCHEM03
引用回帖:
6楼: Originally posted by 古小青 at 2013-03-23 09:27:05
求文献推荐。...

去JACS  J. Chem. Info. Model  Protein等期刊上去找dynamic有关的就行，比较权威了。
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8楼2013-03-23 20:14:26
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