应《网络安全法》要求，自2017年10月1日起，未进行实名认证将不得使用互联网跟帖服务。为保障您的帐号能够正常使用，请尽快对帐号进行手机号验证，感谢您的理解与支持！

24小时热门版块排行榜    

小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » Gromacs/Amber/NAMD » Gromacs里关于截断半径的一个问题，谢谢！！
142/2返回列表上一页12
查看: 2805  |  回复: 13
只看楼主@他人 存档 新回复提醒 (忽略) 收藏    在APP中查看
本帖产生 1 个 模拟EPI ，点击这里进行查看

awaken2013

铜虫 (小有名气)
引用回帖:
10楼: Originally posted by zhangmao511 at 2015-01-20 22:12:12
感谢你的指点，深深的表示谢意！！
Gromacs手册我总是需要的时候看一下，对某个概念不懂的时候看一下，还没完整的看过一遍。以后抽时间看。
我看了一下手册，这是我个人的理解，不知道对不？？ ...

rlist=rc=rw的时候，你的理解完全正确。
当rlist《rw=rc的时候，已经是双程截断的概念了。此时rlist内的原子计算非键相互作用，如键角力 键伸缩 二面角等，短程力（但是不包括库仑力和范德华力，这两个力被分离出去）此时rlist的力就算完了。
（这里开始可以抛开rlist的概念）
rc和rw是范德华力的截断，在此范围内的范德华力和库仑力是短程范围内的力，由此计算，属于短程力。
rlistlong一般比rw和rc大0.3.。而且在mdp中会被自动设置为-1 自动调整。当两个原子距离等于rlistlong时 短程的力被开关函数调节为0.
在rlistlong之外的力，按照P长程力计算。。
赞一下(1人) 回复此楼
11楼2015-01-20 23:14:13
 已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

zhangmao511

铁虫 (小有名气)
引用回帖:
11楼: Originally posted by awaken2013 at 2015-01-20 23:14:13
rlist=rc=rw的时候，你的理解完全正确。
当rlist《rw=rc的时候，已经是双程截断的概念了。此时rlist内的原子计算非键相互作用，如键角力 键伸缩 二面角等，短程力（但是不包括库仑力和范德华力，这两个力被分离出 ...

P长程力,指的是……？？
谢谢讲解，顺便弱弱的问下，能加你好友不？？
赞一下 回复此楼
12楼2015-01-21 11:31:15
 已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

zhangmao511

铁虫 (小有名气)
引用回帖:
11楼: Originally posted by awaken2013 at 2015-01-20 23:14:13
rlist=rc=rw的时候，你的理解完全正确。
当rlist《rw=rc的时候，已经是双程截断的概念了。此时rlist内的原子计算非键相互作用，如键角力 键伸缩 二面角等，短程力（但是不包括库仑力和范德华力，这两个力被分离出 ...

你好，想问一下。下面这段话摘自一篇文献的method，想问一下最后一句话是指静电相互作用cutoff 是10A，Lennard-Jones interactions cutoff 是12A吗？？？Lennard-Jones是指的什么呢？谢谢。。
The MD simulations were conducted with NAMD (28) and performed with periodic boundary conditions at a constant pressure (1 atm) and temperature (300K) using Langevin dynamics with Nosé-Hoover Langevin piston pressure control. The long-range electrostatic interactions were calculated using the particle mesh Ewald algorithm. Both the electrostatic and the Lennard-Jones interactions had a twin-range cutoff of 10-12 A.
赞一下 回复此楼
13楼2015-01-21 16:18:41
 已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

awaken2013

铜虫 (小有名气)
引用回帖:
13楼: Originally posted by zhangmao511 at 2015-01-21 16:18:41
你好，想问一下。下面这段话摘自一篇文献的method，想问一下最后一句话是指静电相互作用cutoff 是10A，Lennard-Jones interactions cutoff 是12A吗？？？Lennard-Jones是指的什么呢？谢谢。。
The MD simulations ...

我之前的解释和理解有误。以下是一位老师回复我的。

rlist、cutoff这些都是对范德华、静电这两类非键相互作用而言的，bond,angle,dihedral,1-4那些和成键有关的作用与此没有丝毫关系。

当库仑和范德华作用都使用cutoff时，rlist小于rcoulomb和rvdw时是twin-range，即rlist内的作用每步都计算，rlist与rcoulomb和rvdw之间的是每nstlist步更新一次。更远部分的作用完全忽略。

PME计算静电作用的情况与此截然不同。只有一个cutoff，rlist必须等于rcoulomb，在rcoulomb以内的在实空间计算，在rcoulomb以外的在倒易空间计算。都是每一步都计算，而且这样处理静电作用是精确的，不管多远的静电相互作用都会被计算，因此PME是计算周期性体系静电相互作用最理想的方法。而且rcoulomb在理论上只影响计算效率而不影响计算结果。

switching function在一般的研究中没用。PME时静电作用本来就是精确的，对于范德华作用，由于收敛速度远比静电作用快，rvdw设得大一些也就基本计算精确了。

但是对于你的文献引用的情况我也不知了 慢慢思考吧
赞一下 回复此楼
14楼2015-01-24 22:15:35
 已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
相关版块跳转 我要订阅楼主 zhangmao511 的主题更新
142/2返回列表上一页12
普通表情 龙 兔 虎 猫
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[基金申请] 自然基金变化？？ +13 今晚推荐22 2024-06-21 23/1150 2024-06-24 17:20 by 舟言川
[论文投稿] Scientific Reports二审90天了，催稿也没反应怎么办？ +11 智晨君 2024-06-18 16/800 2024-06-24 16:33 by 不一样烟火12345
[硕博家园] 申博雅思求助 +4 刘嘉研究究 2024-06-24 4/200 2024-06-24 16:20 by 仙女科研
[基金申请] 能看出是否上会了吗 +9 articlefan 2024-06-23 11/550 2024-06-24 11:20 by articlefan
[考研] 刚当完兵回来想考研 +3 五官在线 2024-06-23 13/650 2024-06-24 11:04 by 五官在线
[有机交流] 三颈瓶加热 5+4 wzjwx888 2024-06-20 4/200 2024-06-24 10:11 by w87437985
[基金申请] b口yq上会情况 +5 XUAAAAA 2024-06-19 6/300 2024-06-24 01:13 by sunrise3148
[基金申请] 国自然青年基金，1A4B能上会吗？青年和面上的上会标准是一样的吗？ +19 今晚推荐22 2024-06-20 32/1600 2024-06-23 23:17 by andywei1028
[基金申请] 工材口青年基金上会可能性 +10 今晚推荐22 2024-06-19 13/650 2024-06-23 15:11 by Pickfoot
[基金申请] F03青年基金函评结果 +5 暨阳一只柴 2024-06-19 6/300 2024-06-23 14:30 by adsqsj
[基金申请] 国产期刊影响因子大于12的有20多个个了 +17 babu2015 2024-06-20 22/1100 2024-06-23 13:12 by 德尚中行
[硕博家园] 夏至，要不要硕博联谊 +3 我是王小帅 2024-06-21 5/250 2024-06-22 22:51 by 我是王小帅
[基金申请] 江南大学到瑞士招聘，称取消非升即走，改预聘+长聘 +24 babu2015 2024-06-18 29/1450 2024-06-22 16:29 by 风今25
[教师之家] 复旦夏同学退学理由说明，哪儿可以下载？ +6 苏东坡二世 2024-06-21 7/350 2024-06-22 13:50 by chemhua
[基金申请] 面上博士后 +11 jsqy 2024-06-19 13/650 2024-06-21 17:12 by sizhouyi
[论文投稿] ACS 编辑的意见 10+3 哈哈妞1993 2024-06-20 3/150 2024-06-21 17:06 by 投个论文
[考博] 2025年博士申请，可先做科研助理 +5 limit888 2024-06-18 8/400 2024-06-21 12:45 by 半简体
[有机交流] 怎么萃取出锡盐内包裹的化合物 +4 硕六过 2024-06-19 5/250 2024-06-21 09:50 by 光超嘟嘟
[论文投稿] 投稿求助 6+3 小短腿安琪拉 2024-06-19 4/200 2024-06-20 17:40 by 不一样烟火12345
[海外博后] 墨尔本大学博后offer要不要接 +3 kyxblmm 2024-06-18 3/150 2024-06-19 22:39 by blake1111
信息提示
关闭
请填处理意见
关闭