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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » Gromacs/Amber/NAMD » Gromacs里关于截断半径的一个问题，谢谢！！
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awaken2013

铜虫 (小有名气)
引用回帖:
10楼: Originally posted by zhangmao511 at 2015-01-20 22:12:12
感谢你的指点，深深的表示谢意！！
Gromacs手册我总是需要的时候看一下，对某个概念不懂的时候看一下，还没完整的看过一遍。以后抽时间看。
我看了一下手册，这是我个人的理解，不知道对不？？ ...

rlist=rc=rw的时候，你的理解完全正确。
当rlist《rw=rc的时候，已经是双程截断的概念了。此时rlist内的原子计算非键相互作用，如键角力 键伸缩 二面角等，短程力（但是不包括库仑力和范德华力，这两个力被分离出去）此时rlist的力就算完了。
（这里开始可以抛开rlist的概念）
rc和rw是范德华力的截断，在此范围内的范德华力和库仑力是短程范围内的力，由此计算，属于短程力。
rlistlong一般比rw和rc大0.3.。而且在mdp中会被自动设置为-1 自动调整。当两个原子距离等于rlistlong时 短程的力被开关函数调节为0.
在rlistlong之外的力，按照P长程力计算。。
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11楼2015-01-20 23:14:13
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zhangmao511

铁虫 (小有名气)
引用回帖:
11楼: Originally posted by awaken2013 at 2015-01-20 23:14:13
rlist=rc=rw的时候，你的理解完全正确。
当rlist《rw=rc的时候，已经是双程截断的概念了。此时rlist内的原子计算非键相互作用，如键角力 键伸缩 二面角等，短程力（但是不包括库仑力和范德华力，这两个力被分离出 ...

P长程力,指的是……？？
谢谢讲解，顺便弱弱的问下，能加你好友不？？
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12楼2015-01-21 11:31:15
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zhangmao511

铁虫 (小有名气)
引用回帖:
11楼: Originally posted by awaken2013 at 2015-01-20 23:14:13
rlist=rc=rw的时候，你的理解完全正确。
当rlist《rw=rc的时候，已经是双程截断的概念了。此时rlist内的原子计算非键相互作用，如键角力 键伸缩 二面角等，短程力（但是不包括库仑力和范德华力，这两个力被分离出 ...

你好，想问一下。下面这段话摘自一篇文献的method，想问一下最后一句话是指静电相互作用cutoff 是10A，Lennard-Jones interactions cutoff 是12A吗？？？Lennard-Jones是指的什么呢？谢谢。。
The MD simulations were conducted with NAMD (28) and performed with periodic boundary conditions at a constant pressure (1 atm) and temperature (300K) using Langevin dynamics with Nosé-Hoover Langevin piston pressure control. The long-range electrostatic interactions were calculated using the particle mesh Ewald algorithm. Both the electrostatic and the Lennard-Jones interactions had a twin-range cutoff of 10-12 A.
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13楼2015-01-21 16:18:41
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awaken2013

铜虫 (小有名气)
引用回帖:
13楼: Originally posted by zhangmao511 at 2015-01-21 16:18:41
你好，想问一下。下面这段话摘自一篇文献的method，想问一下最后一句话是指静电相互作用cutoff 是10A，Lennard-Jones interactions cutoff 是12A吗？？？Lennard-Jones是指的什么呢？谢谢。。
The MD simulations ...

我之前的解释和理解有误。以下是一位老师回复我的。

rlist、cutoff这些都是对范德华、静电这两类非键相互作用而言的，bond,angle,dihedral,1-4那些和成键有关的作用与此没有丝毫关系。

当库仑和范德华作用都使用cutoff时，rlist小于rcoulomb和rvdw时是twin-range，即rlist内的作用每步都计算，rlist与rcoulomb和rvdw之间的是每nstlist步更新一次。更远部分的作用完全忽略。

PME计算静电作用的情况与此截然不同。只有一个cutoff，rlist必须等于rcoulomb，在rcoulomb以内的在实空间计算，在rcoulomb以外的在倒易空间计算。都是每一步都计算，而且这样处理静电作用是精确的，不管多远的静电相互作用都会被计算，因此PME是计算周期性体系静电相互作用最理想的方法。而且rcoulomb在理论上只影响计算效率而不影响计算结果。

switching function在一般的研究中没用。PME时静电作用本来就是精确的，对于范德华作用，由于收敛速度远比静电作用快，rvdw设得大一些也就基本计算精确了。

但是对于你的文献引用的情况我也不知了 慢慢思考吧
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14楼2015-01-24 22:15:35
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