| 查看: 3834 | 回复: 13 | ||||
| 本帖产生 1 个 模拟EPI ，点击这里进行查看 | ||||
| 当前只显示满足指定条件的回帖，点击这里查看本话题的所有回帖 | ||||
zhangmao511铁虫 (小有名气)
|
[求助]
Gromacs里关于截断半径的一个问题，谢谢！！ 已有1人参与
|
|||
|
在读Gromacs手册的时候，有2段话描述了截断半径。对这2段和rlist,rcoulomb,rvdw比较疑惑，想请教各位大虾一下。 1. GROMACS employs a pair list that contains those particle pairs for which non-bonded forces must be calculated. The pair list contains atoms i, a displacement vector for atom i, and all particles j that are within rlist of this particular image of atom i. The list is updated every nstlist steps, where nstlist is typically 10. 2. In the neighbor list, all interaction pairs that fall within rlist are stored. Furthermore, the interactions between pairs that do not fall within rlist but do fall within max(rcoulomb,rvdw) are computed during NS. The forces and energy are stored separately and added to short-range forces at every time step between successive NS. If rlist = max(rcoulomb,rvdw), no forces are evaluated during neighbor list generation. 我对上面部分的理解是，两个原子间的距离小于rlist的时候才计算这些原子之间的短程相互作用。相互作用的原子对，如果距离在rlist之内的就被存储下来，没有落到rlist内但是落到max(rcoulomb,rvdw)内的，会在邻近搜索期间被计算。 那么rlist和rcoulomb, rvdw具体是什么关系呢？？不知道能不能解释的详细点，谢谢！ 还有最后一句话，“If rlist = max(rcoulomb,rvdw), no forces are evaluated during neighbor list generation”，不怎么理解，请大家指教，谢谢！！ |
回复此楼» 收录本帖的淘帖专辑推荐
 MDs-Gromacs | gromacs |
» 猜你喜欢
271求调剂
已经有30人回复
-
材料类284调剂
已经有50人回复
-
291分调剂
已经有9人回复
-
调剂求收留
已经有34人回复
-
291 求调剂
已经有38人回复
-
22408 312求调剂
已经有17人回复
-
一志愿华中农业071010，320求调剂
已经有6人回复
-
290调剂生物0860
已经有41人回复
-
291求调剂
已经有3人回复
-
211本科材料化工求调剂
已经有23人回复
» 本主题相关价值贴推荐，对您同样有帮助:
- lammps中LJ势能下单位问题
已经有5人回复
- 分子动力学模拟时间的意义？
已经有15人回复
- 关于MS做分子动力学的问题
已经有8人回复
- MD模拟软件选择
已经有3人回复
- gromacs或者VMD中怎么截取特定的面？
已经有8人回复
- 请问周期性边界条件什么意思？
已经有6人回复
- 【求助】ReaxFF 力场参数化问题请教
已经有9人回复
- 【转帖】用Amber+Gaussian做小分子力场
已经有16人回复
- 截断半径选取的标准是什么？
已经有6人回复
zhangmao511
铁虫 (小有名气)
- 应助: 2 (幼儿园)
- 金币: 33
- 红花: 2
- 帖子: 136
- 在线: 29.7小时
- 虫号: 2553312
- 注册: 2013-07-19
- 性别: GG
- 专业: 蛋白质组学
|
感谢你的指点，深深的表示谢意！！  Gromacs手册我总是需要的时候看一下，对某个概念不懂的时候看一下，还没完整的看过一遍。以后抽时间看。 我看了一下手册，这是我个人的理解，不知道对不？？ nstlist的作用（>0）是邻近列表更新的频率，和当使用双截断时候长程力更新的频率。 rlist表示获取（计算）neighbor list的截断半径，它确定了邻近列表搜索的范围。在neighbor list之内的所有原子都将根据rcoulomb和rvdw计算力，并且是每步都算。 以rvdw为例，当rvdw>rlist，得到的范德华力分别short range + long range两部分，前者是常规计算，每步更新，后者是每nstlist算一次，仅在产生neighbor list的时候计算，在nstlist时间内，这是以常量的形式加到short range部分的。这即是twin range cutoff，由rlist决定长程部分，由rvdw决定短程部分。 而当rvdw = rlist时，neighbor list更新的时候不会算long range的部分，我想这也就是你说的rlist=rcoulmob=rvwd 计算快，精度较高。 在我的理解里，好像没涉及到rlistlong。在MDP配置文件中我也没设置过这个参数。 而且，我看了一些文献的method里，一般只提及Electrostatic interactions的cutoff是多少，和 van der Waals interactions的cutoff是多少，基本不会提及rlist的数值，不过我觉得rlist的数值设定也很重要哈！！ |
10楼2015-01-20 22:12:12
awaken2013
铜虫 (小有名气)
- 模拟EPI: 2
- 应助: 26 (小学生)
- 金币: 137.9
- 红花: 15
- 帖子: 243
- 在线: 149.6小时
- 虫号: 2854550
- 注册: 2013-12-07
- 性别: GG
- 专业: 生物大分子结构与功能
【答案】应助回帖
★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
abinitio: 金币+2, 鼓励交流 2015-01-20 07:10:51
zhangmao511: 金币+20, ★★★★★最佳答案, 非常清晰的讲解，谢谢！ 2015-01-20 22:16:02
abinitio: 模拟EPI+1, 系统而全面的解答，加EPI奖励 2015-01-21 15:38:25
感谢参与，应助指数 +1
abinitio: 金币+2, 鼓励交流 2015-01-20 07:10:51
zhangmao511: 金币+20, ★★★★★最佳答案, 非常清晰的讲解，谢谢！ 2015-01-20 22:16:02
abinitio: 模拟EPI+1, 系统而全面的解答，加EPI奖励 2015-01-21 15:38:25
|
rlist是在短程截断半斤内 所需要计算的非键相互作用。（某些力场排除1-4相互作用，或则按照0.5加成计算） rcoulmob是短程库仑力截断半径，在此之内的计算静电力。在此之外的按照PME实空间和虚空间算 rvwd是短程范德华力的截断半径，在此之内的原子对计算范德华力，在此之外的力为0 或范德华力矫正。 以上为3种不同的力的计算截断。 因为涉及到邻近列表搜索NS计算。 rlist=rcoulmob=rvwd 计算快，精度较高 rlist<rc/rw 计算资源高，精度更高 第三种，精度有限。因此第一种用的比较多。 |
2楼2015-01-20 00:21:05
awaken2013
铜虫 (小有名气)
- 模拟EPI: 2
- 应助: 26 (小学生)
- 金币: 137.9
- 红花: 15
- 帖子: 243
- 在线: 149.6小时
- 虫号: 2854550
- 注册: 2013-12-07
- 性别: GG
- 专业: 生物大分子结构与功能
3楼2015-01-20 00:46:06
zhangmao511
铁虫 (小有名气)
- 应助: 2 (幼儿园)
- 金币: 33
- 红花: 2
- 帖子: 136
- 在线: 29.7小时
- 虫号: 2553312
- 注册: 2013-07-19
- 性别: GG
- 专业: 蛋白质组学
|
感谢你的讲解。 1. 你说rlist是是非共价键相互作用的截断半径。而非共价键就包括了静电相互作用和范德华力 ，那我能理解rlist包含了rcoulmob和rvwd吗？那既然是这样，为什么要把rcoulmob和rvwd这个2个力单独提出来计算呢？？谢谢 2.我是看到有不少文献的method里，用的是rlist < rcoulmob = rw，而Gromacs官方的例子用的却是rlist=rcoulmob=rvwd， 当时我还很疑惑呢！！我这里想问一下，为什么当rlist < rcoulmob = rw的时候计算资源高，精度更高？？二rlist=rcoulmob=rvwd 计算快，精度较高？？ 感谢！！ |
4楼2015-01-20 09:16:17
