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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » LAMMPS/DL_POLY » lammps中LJ势能下单位问题
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jidanaoyun

新虫 (初入文坛)

[求助] lammps中LJ势能下单位问题 已有1人参与

求助一个问题，抱着一点小希望能有前辈给予指点。金币不多，海涵。。。

在lammps中，系统中有两种原子A和B，原子间势能都是L-J势，系统单位为units lj

由于在lj单位制下，物理量都是无量纲的，其中 长度单位就是LJ势中的参数 sigma
此时比如我定义了盒子大小为[0 0 0 ]-[1 1 1]，那盒子的边长是 1*sigma A 还是 sigma B 呢 ？

还是说，我只能用real的单位制？

读便手册也没找到答案 哎。。。。
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1楼 2014-10-30 15:59:30
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ktwyw

木虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★
感谢参与，应助指数 +1
jidanaoyun: 金币+1, ★★★很有帮助 2014-10-31 10:23:28
A和B是由你决定的，你愿意让哪个做单位都行，关键是单位选定之后，做单位的那个就是1，另外一个相应改变。比如sigma_A=2sigma_B，如果A作单位，B就是0.5；如果B作单位，A就是2。另外设置的时候注意各自的截断半径以及A与B发生作用时的mixing rule。

[ 发自手机版 http://muchong.com/3g ]
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好好学习，天天向上。
2楼2014-10-30 18:41:34
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jidanaoyun

新虫 (初入文坛)
引用回帖:
2楼: Originally posted by ktwyw at 2014-10-30 18:41:34
A和B是由你决定的，你愿意让哪个做单位都行，关键是单位选定之后，做单位的那个就是1，另外一个相应改变。比如sigma_A=2sigma_B，如果A作单位，B就是0.5；如果B作单位，A就是2。另外设置的时候注意各自的截断半径以 ...

感谢前辈赐教，我不知道怎么设置A为1，是不是如下命令就能将sigmaA设为1呢？

pair_coeff        1 1 1.0 1.0 2.5
pair_coeff        2 2 1.4564 0.0252 2.5
pair_modify mix arithmetic

如果我的第一行改为：pair_coeff        1 1 2.0 2.0 2.5，其他参数不变，那盒子边长又应该是多少呢（仍以上述盒子边长[0 0 0]-[1 1 1]为例）
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3楼2014-10-31 10:28:10
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ktwyw

木虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★
jidanaoyun: 金币+5, ★★★很有帮助 2014-11-01 00:31:36
还是1sigma，不过这时的sigma既不对应A也不对应B。另外你设置cutoff的时候要具体看各种例子的直径，2.5不是万能的

[ 发自手机版 http://muchong.com/3g ]
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好好学习，天天向上。
4楼2014-10-31 19:24:05
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jidanaoyun

新虫 (初入文坛)
引用回帖:
4楼: Originally posted by ktwyw at 2014-10-31 19:24:05
还是1sigma，不过这时的sigma既不对应A也不对应B。另外你设置cutoff的时候要具体看各种例子的直径，2.5不是万能的

大体有点懂，还是略糊涂
我已经把程序全改成了metal单位制的了，最起码可以运行了。。
谢谢解惑！

现在出了个问题，我fix npt，run之后温度远远偏离要维持的温度（fix npt是同时对气液两相做的约束），请问前辈知不知道应该怎么解决啊谢谢啦
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5楼2014-11-01 00:40:48
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wangluwei

新虫 (初入文坛)
引用回帖:
3楼: Originally posted by jidanaoyun at 2014-10-31 10:28:10
感谢前辈赐教，我不知道怎么设置A为1，是不是如下命令就能将sigmaA设为1呢？

pair_coeff        1 1 1.0 1.0 2.5
pair_coeff        2 2 1.4564 0.0252 2.5
pair_modify mix arithmetic

如果我的第一行改为：pair_coeff ...

请问用lj势可以不涉及集体的原子么？如ar,H,C等。不涉及两种的具体原子该怎么写？我不知道怎么写，就用了具体的晶格常数，我这样写的对么？
# LJ 12-6 system with npt ensemble
units lj
atom_style atomic
boundary                p p p

lattice  fcc 1.073
lattice  fcc  0.8
region box block 0 10 0 5 0 5
create_box 2 box

create_atoms 1 box

create_atoms 2 box

mass 1 1.0
mass 2 1.0

velocity                 all create 0.01 872877
timestep                0.01
dump                     1 all xyz 1000   lj.xyz

pair_style lj/cut 2.5
pair_coeff  1 1 1.0 1.0 2.5
pair_coeff  2 2 1.6 1.1765 2.5
pair_coeff  1 2 0.2 1.0882 2.5

#pair_modify shift yes mix geometric

neighbor 0.3 bin
neigh_modify every 10 delay 0 check yes
thermo                  1000

fix                   1 all npt temp 0.01 0.01 1.00 iso 0.0024 0.0024 100.0  
run                   50000
unfix                   1
thermo                  1000
运行结果总出现nan怎么回事？我想不用到集体的原子怎么写？谢谢
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6楼2017-04-15 21:27:30
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