24小时热门版块排行榜    

Znn3bq.jpeg
查看: 4930  |  回复: 5

jidanaoyun

新虫 (初入文坛)

[求助] lammps中LJ势能下单位问题 已有1人参与

求助一个问题,抱着一点小希望能有前辈给予指点。金币不多,海涵。。。

在lammps中,系统中有两种原子A和B,原子间势能都是L-J势,系统单位为units lj

由于在lj单位制下,物理量都是无量纲的,其中 长度单位就是LJ势中的参数 sigma
此时比如我定义了盒子大小为[0 0 0 ]-[1 1 1],那盒子的边长是 1*sigma A 还是 sigma B 呢 ?

还是说,我只能用real的单位制?

读便手册也没找到答案 哎。。。。
回复此楼

» 猜你喜欢

» 本主题相关价值贴推荐,对您同样有帮助:

已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

ktwyw

木虫 (小有名气)

【答案】应助回帖


感谢参与,应助指数 +1
jidanaoyun: 金币+1, ★★★很有帮助 2014-10-31 10:23:28
A和B是由你决定的,你愿意让哪个做单位都行,关键是单位选定之后,做单位的那个就是1,另外一个相应改变。比如sigma_A=2sigma_B,如果A作单位,B就是0.5;如果B作单位,A就是2。另外设置的时候注意各自的截断半径以及A与B发生作用时的mixing rule。

[ 发自手机版 http://muchong.com/3g ]
好好学习,天天向上。
2楼2014-10-30 18:41:34
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

jidanaoyun

新虫 (初入文坛)

引用回帖:
2楼: Originally posted by ktwyw at 2014-10-30 18:41:34
A和B是由你决定的,你愿意让哪个做单位都行,关键是单位选定之后,做单位的那个就是1,另外一个相应改变。比如sigma_A=2sigma_B,如果A作单位,B就是0.5;如果B作单位,A就是2。另外设置的时候注意各自的截断半径以 ...

感谢前辈赐教,我不知道怎么设置A为1,是不是如下命令就能将sigmaA设为1呢?

pair_coeff        1 1 1.0 1.0 2.5
pair_coeff        2 2 1.4564 0.0252 2.5
pair_modify mix arithmetic

如果我的第一行改为:pair_coeff        1 1 2.0 2.0 2.5,其他参数不变,那盒子边长又应该是多少呢(仍以上述盒子边长[0 0 0]-[1 1 1]为例)
3楼2014-10-31 10:28:10
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

ktwyw

木虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★
jidanaoyun: 金币+5, ★★★很有帮助 2014-11-01 00:31:36
还是1sigma,不过这时的sigma既不对应A也不对应B。另外你设置cutoff的时候要具体看各种例子的直径,2.5不是万能的

[ 发自手机版 http://muchong.com/3g ]
好好学习,天天向上。
4楼2014-10-31 19:24:05
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

jidanaoyun

新虫 (初入文坛)

引用回帖:
4楼: Originally posted by ktwyw at 2014-10-31 19:24:05
还是1sigma,不过这时的sigma既不对应A也不对应B。另外你设置cutoff的时候要具体看各种例子的直径,2.5不是万能的

大体有点懂,还是略糊涂
我已经把程序全改成了metal单位制的了,最起码可以运行了。。
谢谢解惑!

现在出了个问题,我fix npt,run之后温度远远偏离要维持的温度(fix npt是同时对气液两相做的约束),请问前辈知不知道应该怎么解决啊谢谢啦
5楼2014-11-01 00:40:48
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

wangluwei

新虫 (初入文坛)

引用回帖:
3楼: Originally posted by jidanaoyun at 2014-10-31 10:28:10
感谢前辈赐教,我不知道怎么设置A为1,是不是如下命令就能将sigmaA设为1呢?

pair_coeff        1 1 1.0 1.0 2.5
pair_coeff        2 2 1.4564 0.0252 2.5
pair_modify mix arithmetic

如果我的第一行改为:pair_coeff ...

请问用lj势可以不涉及集体的原子么?如ar,H,C等。不涉及两种的具体原子该怎么写?我不知道怎么写,就用了具体的晶格常数,我这样写的对么?
# LJ 12-6 system with npt ensemble
units lj
atom_style atomic
boundary                p p p

lattice  fcc 1.073
lattice  fcc  0.8
region box block 0 10 0 5 0 5
create_box 2 box

create_atoms 1 box

create_atoms 2 box

mass 1 1.0
mass 2 1.0

velocity                 all create 0.01 872877
timestep                0.01
dump                     1 all xyz 1000   lj.xyz

pair_style lj/cut 2.5
pair_coeff  1 1 1.0 1.0 2.5
pair_coeff  2 2 1.6 1.1765 2.5
pair_coeff  1 2 0.2 1.0882 2.5

#pair_modify shift yes mix geometric

neighbor 0.3 bin
neigh_modify every 10 delay 0 check yes
thermo                  1000

fix                   1 all npt temp 0.01 0.01 1.00 iso 0.0024 0.0024 100.0  
run                   50000
unfix                   1
thermo                  1000
运行结果总出现nan怎么回事?我想不用到集体的原子怎么写?谢谢
6楼2017-04-15 21:27:30
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
相关版块跳转 我要订阅楼主 jidanaoyun 的主题更新
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[考研] 调剂求收留 +21 果然有我 2026-04-10 22/1100 2026-04-11 21:37 by 蓝云思雨
[考研] 291分调剂 +5 上岸小莹加油 2026-04-09 6/300 2026-04-11 21:06 by 逆水乘风
[考研] 366求调剂 +7 不知名的小卅 2026-04-11 7/350 2026-04-11 16:45 by PeggyPeng17
[考研] 0859,337求调剂 +4 研s. 2026-04-10 4/200 2026-04-11 11:34 by caotw2020
[考研] 0854调剂 +11 长弓傲 2026-04-09 12/600 2026-04-11 11:16 by zhq0425
[考研] 269电子信息求调剂,可转专业 +11 独酌wl 2026-04-06 11/550 2026-04-11 11:12 by 逆水乘风
[考研] 284求调剂 +12 archer.. 2026-04-10 13/650 2026-04-11 08:44 by zhq0425
[考研] 考研调剂 +26 硕星赴 2026-04-09 27/1350 2026-04-10 22:24 by 猪会飞
[考研] 一志愿鲁东大学071000生物学学硕初试分数276求调剂 +20 慕绝cc 2026-04-09 24/1200 2026-04-10 10:22 by xujun0624
[考研] 材料化工总分334求调剂 +16 Riot2025 2026-04-08 17/850 2026-04-09 20:19 by maddjdld
[考研] 一志愿厦大生物学332求调剂 +10 池池池池池池 2026-04-08 10/500 2026-04-09 17:10 by 独醉梦孤城
[考研] 材料调剂 +10 18815505510 2026-04-09 11/550 2026-04-09 17:07 by 544594351
[考研] 1U盾记得记得就 +9 sanjin020722 2026-04-08 10/500 2026-04-09 14:11 by 诗与自由
[考研] 283电子信息求调剂 +4 三石WL 2026-04-08 4/200 2026-04-09 10:21 by wp06
[考研] 一志愿鲁东大学071000生物学学硕初试分数276求调剂 +3 慕绝cc 2026-04-09 3/150 2026-04-09 09:57 by liuhuiying09
[考研] 一志愿华南师范大学0702物理学305调剂 +4 念常安 2026-04-07 6/300 2026-04-08 22:53 by bljnqdcc
[考研] 机械工程264学硕求调剂 +3 qiushangxian 2026-04-06 3/150 2026-04-08 01:53 by Linzejun
[考研] 11408 325分 +3 jgtxuxgkx 2026-04-07 3/150 2026-04-07 23:10 by lbsjt
[考研] 22408 一志愿双一流人工智能300分 四六级,数据分析国奖 +4 zzfeng123 2026-04-06 6/300 2026-04-07 21:02 by zzfeng123
[考研] 一志愿南科大生物学297分,求调剂推荐 +8 Y-yyusx 2026-04-06 9/450 2026-04-07 19:38 by biomichael
信息提示
请填处理意见