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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » LAMMPS/DL_POLY » 如何在lammps里加入新的势函数形式？
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舞昂琦VoVo

木虫 (小有名气)

[求助] 如何在lammps里加入新的势函数形式？

想在lammps里加入一种势函数形式，但看了一下lammps里已有的势函数源代码，感觉比较复杂，有点无从下手，不知道哪位有类似的经验，能够指教一下，万分感激~
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我不想停止
1楼 2012-04-09 19:11:25
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jiaoyixiong

荣誉版主 (职业作家)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
zh1987hs: 金币+5, 谢谢 2012-04-10 08:06:43
舞昂琦VoVo: 金币+2, ★★★很有帮助 2012-04-10 13:51:55
lammps的势函数已经非常全面了，你仔细遇到以下lammps手册，说不定你想添加的，人家已经有了呢。http://lammps.sandia.gov/doc/Manual.html

如果没有的话，建议你首先把lammps里面的源程序里面的势函数看明白，打个比方说，你想添加一个新的bond style ，那么你把 源程序里面的bond_fene.cpp 和 bond_harmonic.cpp 两个程序看明白了，再去写你想要添加的应该就比较容易了。你还需要弄明白lammps的整个程序框架。
看看这个吧：http://lammps.sandia.gov/doc/Section_modify.html#mod_14
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2楼2012-04-09 22:25:13
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quanta

新虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
zh1987hs: 金币+4, 谢谢 2012-04-10 08:06:58
舞昂琦VoVo: 金币+2, ★★★很有帮助 2012-04-10 13:52:03
lammps现在已经很庞大了，研究其框架可以找比较早期的版本。等大致了解了之后然后在最新版本上进行代码修改。lammps是用c++写的，虽然不算标准的模块化设计，但相对gromacs的代码来说比较模块了，添加一个新的势基本不影响其他的代码。
读代码从main.cpp开始看，了解主要框架，然后重点参考你和你要加势的最像近倒那一类，比如bond_harmonic,pair_lj等。在这个基础上完成自己的修改。一般是2个文件，一个.h，一个.cpp。你需要完成的方法在bond.h,angle.h,pair.h..里面有。
然后还要修改1个文件： style.h，让lammps知道你的势。
然后就make，debug，。。。
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3楼2012-04-10 00:20:22
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舞昂琦VoVo

木虫 (小有名气)
引用回帖:
2楼: Originally posted by jiaoyixiong at 2012-04-09 22:25:13:
lammps的势函数已经非常全面了，你仔细遇到以下lammps手册，说不定你想添加的，人家已经有了呢。http://lammps.sandia.gov/doc/Manual.html

如果没有的话，建议你首先把lammps里面的源程序里面的势函数看明白， ...

恩恩，多谢前辈指教，现在还是看程序的能力不够啊~您是怎么一步步修炼看程序的能力的呀，再追问一下~
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我不想停止
4楼2012-04-10 13:54:53
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舞昂琦VoVo

木虫 (小有名气)
引用回帖:
3楼: Originally posted by quanta at 2012-04-10 00:20:22:
lammps现在已经很庞大了，研究其框架可以找比较早期的版本。等大致了解了之后然后在最新版本上进行代码修改。lammps是用c++写的，虽然不算标准的模块化设计，但相对gromacs的代码来说比较模块了，添加一个新的势基 ...

恩，早期的版本是指fortran版的么，现在准备开始看源代码了，才发现有点没头绪，读代码的能力有待提高啊，恩，多谢指教。。
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我不想停止
5楼2012-04-10 13:58:00
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quanta

新虫 (小有名气)
★ ★ ★ ★
zh1987hs: 金币+4, 谢谢 2012-04-10 15:16:30
引用回帖:
5楼: Originally posted by 舞昂琦VoVo at 2012-04-10 13:58:00:
恩，早期的版本是指fortran版的么，现在准备开始看源代码了，才发现有点没头绪，读代码的能力有待提高啊，恩，多谢指教。。

当然必须是C++的。如果找不到的话也没太大关系，看到无关紧要的就直接无视。我有07年的老版本，有些命令和现在不兼容，所以直接看现在的版本也无大碍，懂的取舍就好，没必要也没精力看完所有的代码。
另外一个很好的参考就是src下那些独立的包，比如dpd，use_xxx什么的。
另外读代码的能力真的是如你所说是“修炼”出来的，真经就是“多读多写，别无它法”。希望能对你有所帮助。
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6楼2012-04-10 14:45:44
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cgzhang_gg

铜虫 (著名写手)
引用回帖:
2楼: Originally posted by jiaoyixiong at 2012-04-09 22:25:13
lammps的势函数已经非常全面了，你仔细遇到以下lammps手册，说不定你想添加的，人家已经有了呢。http://lammps.sandia.gov/doc/Manual.html

如果没有的话，建议你首先把lammps里面的源程序里面的势函数看明白，打 ...

你好，帮忙看一下这个求助帖子 http://muchong.com/bbs/viewthread.php?tid=5946644  现在，我想就利用lammps里面的命令，先不改程序，是否就可以达到目的？
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7楼2013-05-30 08:44:07
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