应《网络安全法》要求，自2017年10月1日起，未进行实名认证将不得使用互联网跟帖服务。为保障您的帐号能够正常使用，请尽快对帐号进行手机号验证，感谢您的理解与支持！

24小时热门版块排行榜    

小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » Gromacs/Amber/NAMD » gromacs或者VMD中怎么截取特定的面？
91/1返回列表
查看: 2141  |  回复: 8
只看楼主 @他人 存档 新回复提醒 (忽略) 收藏    在APP中查看

uuv2010

荣誉版主 (职业作家)

优秀版主

[求助] gromacs或者VMD中怎么截取特定的面？

小白请教各位，求指点~
有一个大的box中的分子晶体，在gromacs或者VMD中怎么截取特定的面？比如（1-210）面
回复此楼

» 猜你喜欢

» 本主题相关商家推荐: (我也要在这里推广)

» 本主题相关价值贴推荐，对您同样有帮助:
1楼 2012-06-13 23:44:01
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

jiaoyixiong

荣誉版主 (职业作家)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
chaizhm: 金币+3, 谢谢~ 2012-06-14 09:02:40
uuv2010: 金币+10, ★★★很有帮助, 多谢指导！ :hand: 2012-06-14 14:53:23
"（1-210）面 " 是什么面？看不懂

但是在VMD 中，要显示任意一个模拟盒子的截面，那还是很容易的啊
比如我想在我建立的模型上切出这样一个斜面：
3*x+2*y+z<0

在VMD中输入命令就行了



你想显示截取特定的面，你只需要知道这个截面的表达式就OK 了
赞一下 回复此楼
2楼2012-06-14 08:04:26
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

草莓米粑

金虫 (小有名气)
做个记号学习下~
赞一下 回复此楼
3楼2012-06-14 08:51:45
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

chaizhm

木虫 (著名写手)
★ ★ ★
jiaoyixiong: 金币+3, 感谢，学习了 2012-06-14 09:14:07
引用回帖:
2楼: Originally posted by jiaoyixiong at 2012-06-14 08:04:26
"（1-210）面 " 是什么面？看不懂

但是在VMD 中，要显示任意一个模拟盒子的截面，那还是很容易的啊
比如我想在我建立的模型上切出这样一个斜面：
3*x+2*y+z<0

在VMD中输入命令就行了
69/65/1 ...

"（1-210）面“ 是六方晶体的晶面，其中-号是负号的意思，在晶向指数的上面。六方晶体（uvwt）和（UVT）的对应关系是：
U=2*u+v
V=2*v+u
T=t
赞一下(1人) 回复此楼
壁立万仞，无欲则刚
4楼2012-06-14 09:05:07
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

uuv2010

荣誉版主 (职业作家)

优秀版主
引用回帖:
2楼: Originally posted by jiaoyixiong at 2012-06-14 08:04:26
"（1-210）面 " 是什么面？看不懂

但是在VMD 中，要显示任意一个模拟盒子的截面，那还是很容易的啊
比如我想在我建立的模型上切出这样一个斜面：
3*x+2*y+z<0

在VMD中输入命令就行了
69/65/1 ...

多谢帮助！
因为在六方晶体中有六个等价面，比如（110）面，需要进一步区分，所以形成了这种四指数的晶面标记方法。
赞一下 回复此楼
5楼2012-06-14 14:56:51
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

uuv2010

荣誉版主 (职业作家)

优秀版主
引用回帖:
4楼: Originally posted by chaizhm at 2012-06-14 09:05:07
"（1-210）面“ 是六方晶体的晶面，其中-号是负号的意思，在晶向指数的上面。六方晶体（uvwt）和（UVT）的对应关系是：
U=2*u+v
V=2*v+u
T=t...

是的，多谢！
回复此楼
6楼2012-06-14 14:57:14
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

uuv2010

荣誉版主 (职业作家)

优秀版主
引用回帖:
2楼: Originally posted by jiaoyixiong at 2012-06-14 08:04:26
"（1-210）面 " 是什么面？看不懂

但是在VMD 中，要显示任意一个模拟盒子的截面，那还是很容易的啊
比如我想在我建立的模型上切出这样一个斜面：
3*x+2*y+z<0

在VMD中输入命令就行了
69/65/1 ...

表达式
3*x+2*y+z<0
好复杂啊
如果是(110)面是怎么样的一个形式？
多谢！
赞一下 回复此楼
7楼2012-06-14 14:59:21
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

jiaoyixiong

荣誉版主 (职业作家)
★ ★
御剑江湖: 金币+2, 谢谢回帖 2012-06-15 09:07:12
引用回帖:
7楼: Originally posted by uuv2010 at 2012-06-14 14:59:21
表达式
3*x+2*y+z<0
好复杂啊
如果是(110)面是怎么样的一个形式？
多谢！...

抱歉，我对晶体结构都不懂，
我写的表达式“3*x+2*y+z<0 ” 只是举个例子，
具体你要选取的晶格中某个截面，你需要自己去找到那个截面的表达式。
赞一下 回复此楼
8楼2012-06-14 15:04:18
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

uuv2010

荣誉版主 (职业作家)

优秀版主
引用回帖:
8楼: Originally posted by jiaoyixiong at 2012-06-14 15:04:18
抱歉，我对晶体结构都不懂，
我写的表达式“3*x+2*y+z<0 ” 只是举个例子，
具体你要选取的晶格中某个截面，你需要自己去找到那个截面的表达式。...

好的，多谢！
回复此楼
9楼2012-06-14 15:28:56
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
相关版块跳转 我要订阅楼主 uuv2010 的主题更新
91/1返回列表
普通表情 龙 兔 虎 猫
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[考研] 304求调剂 +8 小熊joy 2026-03-14 8/400 2026-03-17 17:29 by ruiyingmiao
[考研] 312求调剂 +4 陌宸希 2026-03-16 5/250 2026-03-17 17:09 by ruiyingmiao
[考研] 070300化学319求调剂 +3 锦鲤0909 2026-03-17 3/150 2026-03-17 15:01 by 我的船我的海
[考研] 材料与化工专硕调剂 +5 heming3743 2026-03-16 5/250 2026-03-17 14:03 by 勇敢太监王公公
[考研] 289求调剂 +6 步川酷紫123 2026-03-11 6/300 2026-03-17 10:23 by Sammy2
[考研] 285化工学硕求调剂（081700） +9 柴郡猫_ 2026-03-12 9/450 2026-03-17 10:18 by Sammy2
[考研] 药学383 求调剂 +3 药学chy 2026-03-15 4/200 2026-03-16 20:51 by 元子^0^
[考研] 化学调剂0703 +8 啊我我的 2026-03-11 8/400 2026-03-16 17:23 by 我的船我的海
[考研] 311求调剂 +5 26研0 2026-03-15 5/250 2026-03-16 16:21 by a不易
[考研] 294求调剂 +3 Zys010410@ 2026-03-13 4/200 2026-03-15 10:59 by zhq0425
[考研] 080500，材料学硕302分求调剂学校 +4 初识可乐 2026-03-14 5/250 2026-03-14 21:08 by peike
[考研] 材料与化工 323 英一+数二+物化，一志愿：哈工大 本人本科双一流 +4 自由的_飞翔 2026-03-13 5/250 2026-03-14 19:39 by hmn_wj
[考研] 复试调剂 +3 呼呼？~+123456 2026-03-14 3/150 2026-03-14 16:53 by WTUChen
[考研] 328求调剂 +3 5201314Lsy！ 2026-03-13 6/300 2026-03-14 15:31 by hyswxzs
[考研] 一志愿中科院，化学方向，295求调剂 +4 一氧二氮 2026-03-11 4/200 2026-03-13 22:35 by JourneyLucky
[考研] ［0860］321分求调剂，ab区皆可 +4 宝贵热 2026-03-13 4/200 2026-03-13 22:01 by 星空星月
[考研] 0856材料与化工301求调剂 +5 奕束光 2026-03-13 5/250 2026-03-13 22:00 by 星空星月
[考研] 工科278分求调剂 +5 周慢热啊 2026-03-12 7/350 2026-03-13 15:49 by JourneyLucky
[考博] 26读博 +4 Rui135246 2026-03-12 10/500 2026-03-13 07:15 by gaobiao
[考博] 2026年博士申请 +3 QwQwQW10 2026-03-11 3/150 2026-03-12 17:58 by gxch43
信息提示
关闭
请填处理意见
关闭