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北京石油化工学院2026年研究生招生接收调剂公告
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uuv2010

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[求助] gromacs或者VMD中怎么截取特定的面?

小白请教各位,求指点~
有一个大的box中的分子晶体,在gromacs或者VMD中怎么截取特定的面?比如(1-210)面
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uuv2010

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引用回帖:
2楼: Originally posted by jiaoyixiong at 2012-06-14 08:04:26
"(1-210)面 " 是什么面?看不懂

但是在VMD 中,要显示任意一个模拟盒子的截面,那还是很容易的啊
比如我想在我建立的模型上切出这样一个斜面:
3*x+2*y+z<0

在VMD中输入命令就行了
69/65/1 ...

表达式
3*x+2*y+z<0
好复杂啊
如果是(110)面是怎么样的一个形式?
多谢!
7楼2012-06-14 14:59:21
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jiaoyixiong

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【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与,应助指数 +1
chaizhm: 金币+3, 谢谢~ 2012-06-14 09:02:40
uuv2010: 金币+10, ★★★很有帮助, 多谢指导! :hand: 2012-06-14 14:53:23
"(1-210)面 " 是什么面?看不懂

但是在VMD 中,要显示任意一个模拟盒子的截面,那还是很容易的啊
比如我想在我建立的模型上切出这样一个斜面:
3*x+2*y+z<0

在VMD中输入命令就行了



你想显示截取特定的面,你只需要知道这个截面的表达式就OK 了
2楼2012-06-14 08:04:26
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chaizhm

木虫 (著名写手)

★ ★ ★
jiaoyixiong: 金币+3, 感谢,学习了 2012-06-14 09:14:07
引用回帖:
2楼: Originally posted by jiaoyixiong at 2012-06-14 08:04:26
"(1-210)面 " 是什么面?看不懂

但是在VMD 中,要显示任意一个模拟盒子的截面,那还是很容易的啊
比如我想在我建立的模型上切出这样一个斜面:
3*x+2*y+z<0

在VMD中输入命令就行了
69/65/1 ...

"(1-210)面“ 是六方晶体的晶面,其中-号是负号的意思,在晶向指数的上面。六方晶体(uvwt)和(UVT)的对应关系是:
U=2*u+v
V=2*v+u
T=t
壁立万仞,无欲则刚
4楼2012-06-14 09:05:07
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uuv2010

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引用回帖:
2楼: Originally posted by jiaoyixiong at 2012-06-14 08:04:26
"(1-210)面 " 是什么面?看不懂

但是在VMD 中,要显示任意一个模拟盒子的截面,那还是很容易的啊
比如我想在我建立的模型上切出这样一个斜面:
3*x+2*y+z<0

在VMD中输入命令就行了
69/65/1 ...

多谢帮助!
因为在六方晶体中有六个等价面,比如(110)面,需要进一步区分,所以形成了这种四指数的晶面标记方法。
5楼2012-06-14 14:56:51
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