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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » Gromacs/Amber/NAMD » gromacs或者VMD中怎么截取特定的面？
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uuv2010

荣誉版主 (职业作家)

优秀版主

[求助] gromacs或者VMD中怎么截取特定的面？

小白请教各位，求指点~
有一个大的box中的分子晶体，在gromacs或者VMD中怎么截取特定的面？比如（1-210）面
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1楼 2012-06-13 23:44:01
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jiaoyixiong

荣誉版主 (职业作家)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
chaizhm: 金币+3, 谢谢~ 2012-06-14 09:02:40
uuv2010: 金币+10, ★★★很有帮助, 多谢指导！ :hand: 2012-06-14 14:53:23
"（1-210）面 " 是什么面？看不懂

但是在VMD 中，要显示任意一个模拟盒子的截面，那还是很容易的啊
比如我想在我建立的模型上切出这样一个斜面：
3*x+2*y+z<0

在VMD中输入命令就行了



你想显示截取特定的面，你只需要知道这个截面的表达式就OK 了
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2楼2012-06-14 08:04:26
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草莓米粑

金虫 (小有名气)
做个记号学习下~
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3楼2012-06-14 08:51:45
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chaizhm

木虫 (著名写手)
★ ★ ★
jiaoyixiong: 金币+3, 感谢，学习了 2012-06-14 09:14:07
引用回帖:
2楼: Originally posted by jiaoyixiong at 2012-06-14 08:04:26
"（1-210）面 " 是什么面？看不懂

但是在VMD 中，要显示任意一个模拟盒子的截面，那还是很容易的啊
比如我想在我建立的模型上切出这样一个斜面：
3*x+2*y+z<0

在VMD中输入命令就行了
69/65/1 ...

"（1-210）面“ 是六方晶体的晶面，其中-号是负号的意思，在晶向指数的上面。六方晶体（uvwt）和（UVT）的对应关系是：
U=2*u+v
V=2*v+u
T=t
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壁立万仞，无欲则刚
4楼2012-06-14 09:05:07
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uuv2010

荣誉版主 (职业作家)

优秀版主
引用回帖:
2楼: Originally posted by jiaoyixiong at 2012-06-14 08:04:26
"（1-210）面 " 是什么面？看不懂

但是在VMD 中，要显示任意一个模拟盒子的截面，那还是很容易的啊
比如我想在我建立的模型上切出这样一个斜面：
3*x+2*y+z<0

在VMD中输入命令就行了
69/65/1 ...

多谢帮助！
因为在六方晶体中有六个等价面，比如（110）面，需要进一步区分，所以形成了这种四指数的晶面标记方法。
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5楼2012-06-14 14:56:51
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uuv2010

荣誉版主 (职业作家)

优秀版主
引用回帖:
4楼: Originally posted by chaizhm at 2012-06-14 09:05:07
"（1-210）面“ 是六方晶体的晶面，其中-号是负号的意思，在晶向指数的上面。六方晶体（uvwt）和（UVT）的对应关系是：
U=2*u+v
V=2*v+u
T=t...

是的，多谢！
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6楼2012-06-14 14:57:14
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uuv2010

荣誉版主 (职业作家)

优秀版主
引用回帖:
2楼: Originally posted by jiaoyixiong at 2012-06-14 08:04:26
"（1-210）面 " 是什么面？看不懂

但是在VMD 中，要显示任意一个模拟盒子的截面，那还是很容易的啊
比如我想在我建立的模型上切出这样一个斜面：
3*x+2*y+z<0

在VMD中输入命令就行了
69/65/1 ...

表达式
3*x+2*y+z<0
好复杂啊
如果是(110)面是怎么样的一个形式？
多谢！
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7楼2012-06-14 14:59:21
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jiaoyixiong

荣誉版主 (职业作家)
★ ★
御剑江湖: 金币+2, 谢谢回帖 2012-06-15 09:07:12
引用回帖:
7楼: Originally posted by uuv2010 at 2012-06-14 14:59:21
表达式
3*x+2*y+z<0
好复杂啊
如果是(110)面是怎么样的一个形式？
多谢！...

抱歉，我对晶体结构都不懂，
我写的表达式“3*x+2*y+z<0 ” 只是举个例子，
具体你要选取的晶格中某个截面，你需要自己去找到那个截面的表达式。
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8楼2012-06-14 15:04:18
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uuv2010

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优秀版主
引用回帖:
8楼: Originally posted by jiaoyixiong at 2012-06-14 15:04:18
抱歉，我对晶体结构都不懂，
我写的表达式“3*x+2*y+z<0 ” 只是举个例子，
具体你要选取的晶格中某个截面，你需要自己去找到那个截面的表达式。...

好的，多谢！
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9楼2012-06-14 15:28:56
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