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zhangmao511铁虫 (小有名气)
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Gromacs里关于截断半径的一个问题，谢谢！！ 已有1人参与
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在读Gromacs手册的时候，有2段话描述了截断半径。对这2段和rlist,rcoulomb,rvdw比较疑惑，想请教各位大虾一下。 1. GROMACS employs a pair list that contains those particle pairs for which non-bonded forces must be calculated. The pair list contains atoms i, a displacement vector for atom i, and all particles j that are within rlist of this particular image of atom i. The list is updated every nstlist steps, where nstlist is typically 10. 2. In the neighbor list, all interaction pairs that fall within rlist are stored. Furthermore, the interactions between pairs that do not fall within rlist but do fall within max(rcoulomb,rvdw) are computed during NS. The forces and energy are stored separately and added to short-range forces at every time step between successive NS. If rlist = max(rcoulomb,rvdw), no forces are evaluated during neighbor list generation. 我对上面部分的理解是，两个原子间的距离小于rlist的时候才计算这些原子之间的短程相互作用。相互作用的原子对，如果距离在rlist之内的就被存储下来，没有落到rlist内但是落到max(rcoulomb,rvdw)内的，会在邻近搜索期间被计算。 那么rlist和rcoulomb, rvdw具体是什么关系呢？？不知道能不能解释的详细点，谢谢！ 还有最后一句话，“If rlist = max(rcoulomb,rvdw), no forces are evaluated during neighbor list generation”，不怎么理解，请大家指教，谢谢！！ |
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zhangmao511
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你好，想问一下。下面这段话摘自一篇文献的method，想问一下最后一句话是指静电相互作用cutoff 是10A，Lennard-Jones interactions cutoff 是12A吗？？？Lennard-Jones是指的什么呢？谢谢。。 The MD simulations were conducted with NAMD (28) and performed with periodic boundary conditions at a constant pressure (1 atm) and temperature (300K) using Langevin dynamics with Nosé-Hoover Langevin piston pressure control. The long-range electrostatic interactions were calculated using the particle mesh Ewald algorithm. Both the electrostatic and the Lennard-Jones interactions had a twin-range cutoff of 10-12 A. |
13楼2015-01-21 16:18:41
awaken2013
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【答案】应助回帖
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rlist是在短程截断半斤内 所需要计算的非键相互作用。（某些力场排除1-4相互作用，或则按照0.5加成计算） rcoulmob是短程库仑力截断半径，在此之内的计算静电力。在此之外的按照PME实空间和虚空间算 rvwd是短程范德华力的截断半径，在此之内的原子对计算范德华力，在此之外的力为0 或范德华力矫正。 以上为3种不同的力的计算截断。 因为涉及到邻近列表搜索NS计算。 rlist=rcoulmob=rvwd 计算快，精度较高 rlist<rc/rw 计算资源高，精度更高 第三种，精度有限。因此第一种用的比较多。 |
2楼2015-01-20 00:21:05
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3楼2015-01-20 00:46:06
zhangmao511
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感谢你的讲解。  1. 你说rlist是是非共价键相互作用的截断半径。而非共价键就包括了静电相互作用和范德华力 ，那我能理解rlist包含了rcoulmob和rvwd吗？那既然是这样，为什么要把rcoulmob和rvwd这个2个力单独提出来计算呢？？谢谢 2.我是看到有不少文献的method里，用的是rlist < rcoulmob = rw，而Gromacs官方的例子用的却是rlist=rcoulmob=rvwd， 当时我还很疑惑呢！！我这里想问一下，为什么当rlist < rcoulmob = rw的时候计算资源高，精度更高？？二rlist=rcoulmob=rvwd 计算快，精度较高？？ 感谢！！ |
4楼2015-01-20 09:16:17