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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » Gromacs/Amber/NAMD » 【求助】关于用细胞膜DPPC做小分子的穿膜模拟，有同道中人吗？
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wdali

金虫 (正式写手)

[交流] 【求助】关于用细胞膜DPPC做小分子的穿膜模拟，有同道中人吗？

小弟从网上自己download了DPPC的pdb文件，想做小分子穿透细胞膜的模拟，请问有谁做过类似的工作，有没有一个操作的过程可以借鉴？因为小弟自己做的时候，遇到好多问题。可能是方法不对吧。
不胜感激。
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1楼 2010-11-12 19:46:11
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hzw2008

金虫 (初入文坛)
你在哪儿download的pdb文件，能否告知网址？！
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2楼2010-11-14 11:43:50
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wdali

金虫 (正式写手)
引用回帖:
Originally posted by hzw2008 at 2010-11-14 11:43:50:
你在哪儿download的pdb文件，能否告知网址？！

在 gromacs的官网上面阿。
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3楼2010-11-15 08:19:16
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200472027

禁虫 (著名写手)
★
zh1987hs(金币+1):谢谢 2010-11-16 22:36:33
本帖内容被屏蔽
4楼2010-11-16 17:44:11
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200472027

禁虫 (著名写手)
本帖内容被屏蔽
5楼2010-11-16 17:45:29
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wdali

金虫 (正式写手)
★ ★ ★
zh1987hs(金币+3):谢谢 2010-11-17 23:03:46
引用回帖:
Originally posted by 200472027 at 2010-11-16 17:45:29:

楼主可以看看namd的教程，其中有一个是关于膜的
另外，楼主下的那个DPPC的具体网址是什么？

果然在gromacs官网上很难找到，我自己去找都找了好半天。
http://www.gromacs.org/Downloads ... rGro96_53a6.zip下载
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6楼2010-11-17 20:07:53
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wdali

金虫 (正式写手)
引用回帖:
Originally posted by hzw2008 at 2010-11-14 11:43:50:
你在哪儿download的pdb文件，能否告知网址？！

果然在gromacs官网上很难找到，我自己去找都找了好半天。
http://www.gromacs.org/Downloads ... rGro96_53a6.zip下载
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7楼2010-11-17 20:08:37
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200472027

禁虫 (著名写手)
本帖内容被屏蔽
8楼2010-11-17 23:04:24
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hzw2008

金虫 (初入文坛)
引用回帖:
Originally posted by wdali at 2010-11-17 20:07:53:

果然在gromacs官网上很难找到，我自己去找都找了好半天。
http://www.gromacs.org/Downloads ... rGro96_53a6.zip下载

不错，我还想download个SDS胶束的pdb文件，你知道哪儿能弄到吗？
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9楼2010-11-19 11:09:44
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夏天的鱼

木虫 (小有名气)
我做的是dopc，跟你的不知道类似不
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10楼2010-12-13 21:34:28
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wdali

金虫 (正式写手)
引用回帖:
Originally posted by 夏天的鱼 at 2010-12-13 21:34:28:
我做的是dopc，跟你的不知道类似不

应该是类似的呀，可以交流一下吗？QQ：173517506
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11楼2010-12-14 10:02:10
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kzheng07

铁杆木虫 (著名写手)
★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖
  也想下下来看看，下不了了
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12楼2011-07-17 09:57:34
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dubo

金虫 (著名写手)
★ ★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖
ghcacj(金币+2): 谢谢 2011-08-09 11:12:15
You can see the paper named "Computer simulation of the translocation of
nanoparticles with different shapes across a lipid bilayer"
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13楼2011-08-06 22:07:37
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Vivian2020

新虫 (初入文坛)
★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
引用回帖:
3楼: Originally posted by wdali at 2010-11-15 08:19:16
在 gromacs的官网上面阿。

亲，看到您做过模拟DPPC做小分子与细胞膜的作用。可以向您请教下吗？


方便的话可以留个扣扣吗？
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14楼2015-04-30 16:08:18
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Vivian2020

新虫 (初入文坛)
★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
想请问下，你直接下载的DPPC的pdb文件，那个到底是单分子层还是直接就是平衡好的DPPC脂质双分子层呢？
因为跟文献上看到的结构不一样。
跪谢回答。。。
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15楼2015-04-30 20:13:08
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