gromacs中的top文件 - 分子模拟 - Gromacs/Amber/NAMD - 第2页小木虫论坛-学术科研互动平台

11楼2014-12-16 22:57:38

白玉浴血

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11楼: Originally posted by guoxinw at 2014-12-16 22:57:38
pdb2gmx 只适用于蛋白质，其他小分子不能生成.top文件...

噢，明白啦，谢谢

12楼2014-12-17 08:13:39

guoxinw

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12楼: Originally posted by 白玉浴血 at 2014-12-17 08:13:39
噢，明白啦，谢谢...

不好意思，那个pdb2gmx不是只能适用于蛋白质，我看错了。

13楼2014-12-19 12:01:15

fanc232

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7楼: Originally posted by ycy123 at 2013-06-29 17:13:03
自己写itp文件，然后include。

您好，请问，自己写itp文件，通常写成哪种力场的？
如果itp文件中的atomtype写成gaff的小写字母格式，gromacs还是不识别的。很想请教您是怎样解决这个问题的？

我很喜欢计算机辅助药物设计

14楼2015-03-19 16:10:30

youngfi

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14楼: Originally posted by fanc232 at 2015-03-19 16:10:30
您好，请问，自己写itp文件，通常写成哪种力场的？
如果itp文件中的atomtype写成gaff的小写字母格式，gromacs还是不识别的。很想请教您是怎样解决这个问题的？...

姑娘，你去网上找找有个做金棒拉伸的那个文章，借鉴里面的那个top文件。不用刻意的去写itp文件。我现在基本就是三个文件搞定：gro, top和mdp。把力场中没有的原子类型自己添置在top中，参数也可以一并添加。把那个例子好好研究透了，就入门了。

事情没有你想得那么简单但也没有你想得那么复杂。

15楼2015-03-19 16:56:27

fanc232

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15楼: Originally posted by youngfi at 2015-03-19 16:56:27
姑娘，你去网上找找有个做金棒拉伸的那个文章，借鉴里面的那个top文件。不用刻意的去写itp文件。我现在基本就是三个文件搞定：gro, top和mdp。把力场中没有的原子类型自己添置在top中，参数也可以一并添加。把那个 ...

太好了，谢谢您！送红花一朵以表敬意！

我很喜欢计算机辅助药物设计

16楼2015-03-19 19:16:52

youngfi

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16楼: Originally posted by fanc232 at 2015-03-19 19:16:52
太好了，谢谢您！送红花一朵以表敬意！...

懂得也不多，举手之劳~

事情没有你想得那么简单但也没有你想得那么复杂。

17楼2015-03-19 20:03:36