9楼: Originally posted by 白玉浴血 at 2014-11-14 16:35:54
$ pdb2gmx -f water.pdb -p water.top -ff water
-bash: pdb2gmx: command not found
请问这是什么情况？...

11楼: Originally posted by guoxinw at 2014-12-16 22:57:38
pdb2gmx 只适用于蛋白质，其他小分子不能生成.top文件...

12楼: Originally posted by 白玉浴血 at 2014-12-17 08:13:39
噢，明白啦，谢谢...

7楼: Originally posted by ycy123 at 2013-06-29 17:13:03
自己写itp文件，然后include。

14楼: Originally posted by fanc232 at 2015-03-19 16:10:30
您好，请问，自己写itp文件，通常写成哪种力场的？
如果itp文件中的atomtype写成gaff的小写字母格式，gromacs还是不识别的。很想请教您是怎样解决这个问题的？...

15楼: Originally posted by youngfi at 2015-03-19 16:56:27
姑娘，你去网上找找有个做金棒拉伸的那个文章，借鉴里面的那个top文件。不用刻意的去写itp文件。我现在基本就是三个文件搞定：gro, top和mdp。把力场中没有的原子类型自己添置在top中，参数也可以一并添加。把那个 ...

16楼: Originally posted by fanc232 at 2015-03-19 19:16:52
太好了，谢谢您！送红花一朵以表敬意！...