应《网络安全法》要求，自2017年10月1日起，未进行实名认证将不得使用互联网跟帖服务。为保障您的帐号能够正常使用，请尽快对帐号进行手机号验证，感谢您的理解与支持！

24小时热门版块排行榜    

小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » Gromacs/Amber/NAMD » gromacs中的top文件
172/2返回列表上一页12
查看: 3959  |  回复: 16
只看楼主 @他人 存档 新回复提醒 (忽略) 收藏    在APP中查看

guoxinw

铜虫 (小有名气)
引用回帖:
9楼: Originally posted by 白玉浴血 at 2014-11-14 16:35:54
$ pdb2gmx -f water.pdb -p water.top -ff water
-bash: pdb2gmx: command not found
请问这是什么情况？...

pdb2gmx 只适用于蛋白质，其他小分子不能生成.top文件
赞一下 回复此楼
11楼2014-12-16 22:57:38
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

白玉浴血

木虫 (正式写手)
引用回帖:
11楼: Originally posted by guoxinw at 2014-12-16 22:57:38
pdb2gmx 只适用于蛋白质，其他小分子不能生成.top文件...

噢，明白啦，谢谢
回复此楼
12楼2014-12-17 08:13:39
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

guoxinw

铜虫 (小有名气)
引用回帖:
12楼: Originally posted by 白玉浴血 at 2014-12-17 08:13:39
噢，明白啦，谢谢...

不好意思，那个pdb2gmx不是只能适用于蛋白质，我看错了。
赞一下 回复此楼
13楼2014-12-19 12:01:15
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

fanc232

新虫 (小有名气)
引用回帖:
7楼: Originally posted by ycy123 at 2013-06-29 17:13:03
自己写itp文件，然后include。

您好，请问，自己写itp文件，通常写成哪种力场的？
如果itp文件中的atomtype写成gaff的小写字母格式，gromacs还是不识别的。很想请教您是怎样解决这个问题的？
赞一下 回复此楼
我很喜欢计算机辅助药物设计
14楼2015-03-19 16:10:30
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

youngfi

木虫 (小有名气)
引用回帖:
14楼: Originally posted by fanc232 at 2015-03-19 16:10:30
您好，请问，自己写itp文件，通常写成哪种力场的？
如果itp文件中的atomtype写成gaff的小写字母格式，gromacs还是不识别的。很想请教您是怎样解决这个问题的？...

姑娘，你去网上找找有个做金棒拉伸的那个文章，借鉴里面的那个top文件。不用刻意的去写itp文件。我现在基本就是三个文件搞定：gro, top和mdp。把力场中没有的原子类型自己添置在top中，参数也可以一并添加。把那个例子好好研究透了，就入门了。
赞一下 回复此楼
事情没有你想得那么简单但也没有你想得那么复杂。
15楼2015-03-19 16:56:27
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

fanc232

新虫 (小有名气)
引用回帖:
15楼: Originally posted by youngfi at 2015-03-19 16:56:27
姑娘，你去网上找找有个做金棒拉伸的那个文章，借鉴里面的那个top文件。不用刻意的去写itp文件。我现在基本就是三个文件搞定：gro, top和mdp。把力场中没有的原子类型自己添置在top中，参数也可以一并添加。把那个 ...

太好了，谢谢您！送红花一朵以表敬意！
赞一下 回复此楼
我很喜欢计算机辅助药物设计
16楼2015-03-19 19:16:52
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

youngfi

木虫 (小有名气)
引用回帖:
16楼: Originally posted by fanc232 at 2015-03-19 19:16:52
太好了，谢谢您！送红花一朵以表敬意！...

懂得也不多，举手之劳~
赞一下 回复此楼
事情没有你想得那么简单但也没有你想得那么复杂。
17楼2015-03-19 20:03:36
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
相关版块跳转 我要订阅楼主 youngfi 的主题更新
172/2返回列表上一页12
普通表情 龙 兔 虎 猫
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[基金申请] 会评 +3 无名者登山 2026-07-15 3/150 2026-07-15 14:45 by Vivilian
[基金申请] E口青C会评结束了吗？ 60+3 小小书虫c 2026-07-14 7/350 2026-07-15 14:45 by Bowerbird
[基金申请] 生命口C13面上会评时间 +6 luckinging 2026-07-14 9/450 2026-07-15 14:39 by 雨冰共舞
[教师之家] 内心匮乏 +13 水冰月月野兔 2026-07-12 13/650 2026-07-15 14:21 by jiduquegai
[文学芳草园] 你可曾有过这种感受？ +3 Jeanya 2026-07-09 6/300 2026-07-15 11:07 by mbtwt
[论文投稿] 农业机械学报投稿周期 +3 G0DLIN 2026-07-14 7/350 2026-07-15 09:26 by xs74101122
[基金申请] 国自然面上D口祈祷 +4 monkeynana 2026-07-14 4/200 2026-07-15 09:14 by 白水煮
[论文投稿] 跨出版社商投稿 20+4 倪好520 2026-07-13 4/200 2026-07-15 08:35 by bobvan
[基金申请] 没收到消息，再次陪跑 +3 天空星辰fly 2026-07-14 3/150 2026-07-14 19:14 by 6543yes
[基金申请] E口会评 +8 布布和一二 2026-07-13 10/500 2026-07-14 18:17 by 旋风马1987
[基金申请] 不要再数国自然申请书的 filecode 的分隔符个数了 +13 sadpencil 2026-07-12 20/1000 2026-07-14 13:12 by 杠就是你对
[基金申请] 明天E口面上会评 +8 布布和一二 2026-07-12 9/450 2026-07-13 22:59 by QTSorange
[论文投稿] MSER送审了还被拒稿 +4 S778950906 2026-07-08 6/300 2026-07-13 16:22 by tfang
[基金申请] 祈祷青基必中 50+6 hadengry 2026-07-09 16/800 2026-07-12 20:31 by 登山虫虫
[考博] 27届辽宁大学应届毕业生申博 +3 可乐微风大海 2026-07-09 3/150 2026-07-10 21:23 by 贪玩的研究僧
[基金申请] 关于如何从代码看上不上会 +17 且听虎啸 2026-07-09 23/1150 2026-07-10 19:51 by sdfapple719
[有机交流] chemdraw 20+5 ?慕鱼? 2026-07-08 6/300 2026-07-10 15:37 by 紫枫星域
[基金申请] b口会评 +6 当空照 2026-07-08 6/300 2026-07-09 20:49 by tonyliu0401
[考研] 在职考研 +6 wu5d 2026-07-08 7/350 2026-07-09 16:40 by 化工小霸王呀
[基金申请] 化学口会评？应用基础研究和基础研究，希望能分开 +3 Tide man 2026-07-08 3/150 2026-07-09 11:36 by dede5556
信息提示
关闭
请填处理意见
关闭