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guoxinw

铜虫 (小有名气)

引用回帖:
9楼: Originally posted by 白玉浴血 at 2014-11-14 16:35:54
$ pdb2gmx -f water.pdb -p water.top -ff water
-bash: pdb2gmx: command not found
请问这是什么情况?...

pdb2gmx 只适用于蛋白质,其他小分子不能生成.top文件
11楼2014-12-16 22:57:38
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白玉浴血

木虫 (正式写手)

引用回帖:
11楼: Originally posted by guoxinw at 2014-12-16 22:57:38
pdb2gmx 只适用于蛋白质,其他小分子不能生成.top文件...

噢,明白啦,谢谢
12楼2014-12-17 08:13:39
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guoxinw

铜虫 (小有名气)

引用回帖:
12楼: Originally posted by 白玉浴血 at 2014-12-17 08:13:39
噢,明白啦,谢谢...

不好意思,那个pdb2gmx不是只能适用于蛋白质,我看错了。
13楼2014-12-19 12:01:15
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fanc232

新虫 (小有名气)

引用回帖:
7楼: Originally posted by ycy123 at 2013-06-29 17:13:03
自己写itp文件,然后include。

您好,请问,自己写itp文件,通常写成哪种力场的?
如果itp文件中的atomtype写成gaff的小写字母格式,gromacs还是不识别的。很想请教您是怎样解决这个问题的?
我很喜欢计算机辅助药物设计
14楼2015-03-19 16:10:30
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youngfi

木虫 (小有名气)

引用回帖:
14楼: Originally posted by fanc232 at 2015-03-19 16:10:30
您好,请问,自己写itp文件,通常写成哪种力场的?
如果itp文件中的atomtype写成gaff的小写字母格式,gromacs还是不识别的。很想请教您是怎样解决这个问题的?...

姑娘,你去网上找找有个做金棒拉伸的那个文章,借鉴里面的那个top文件。不用刻意的去写itp文件。我现在基本就是三个文件搞定:gro, top和mdp。把力场中没有的原子类型自己添置在top中,参数也可以一并添加。把那个例子好好研究透了,就入门了。
事情没有你想得那么简单但也没有你想得那么复杂。
15楼2015-03-19 16:56:27
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fanc232

新虫 (小有名气)

引用回帖:
15楼: Originally posted by youngfi at 2015-03-19 16:56:27
姑娘,你去网上找找有个做金棒拉伸的那个文章,借鉴里面的那个top文件。不用刻意的去写itp文件。我现在基本就是三个文件搞定:gro, top和mdp。把力场中没有的原子类型自己添置在top中,参数也可以一并添加。把那个 ...

太好了,谢谢您!送红花一朵以表敬意!
我很喜欢计算机辅助药物设计
16楼2015-03-19 19:16:52
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youngfi

木虫 (小有名气)

引用回帖:
16楼: Originally posted by fanc232 at 2015-03-19 19:16:52
太好了,谢谢您!送红花一朵以表敬意!...

懂得也不多,举手之劳~
事情没有你想得那么简单但也没有你想得那么复杂。
17楼2015-03-19 20:03:36
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