24小时热门版块排行榜    

查看: 4082  |  回复: 16
当前只显示满足指定条件的回帖,点击这里查看本话题的所有回帖

youngfi

木虫 (小有名气)

[求助] gromacs中的top文件

请问大家是怎样得到gromacs中的top文件的?能不能指导一下?跪求!
回复此楼
事情没有你想得那么简单但也没有你想得那么复杂。
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

guoxinw

铜虫 (小有名气)

引用回帖:
12楼: Originally posted by 白玉浴血 at 2014-12-17 08:13:39
噢,明白啦,谢谢...

不好意思,那个pdb2gmx不是只能适用于蛋白质,我看错了。
13楼2014-12-19 12:01:15
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
查看全部 17 个回答

jerkwin

专家顾问 (正式写手)

【答案】应助回帖


感谢参与,应助指数 +1
jiaoyixiong: 金币+1, 鼓励交流 2013-04-21 19:56:03
那就是写出每个分子的立场参数,找个例子研究一下就知道了。
2楼2013-04-20 22:30:30
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

yaozhq

金虫 (小有名气)

【答案】应助回帖


感谢参与,应助指数 +1
jiaoyixiong: 金币+1, 鼓励交流 2013-04-21 19:56:16
命令pdb2gmx 转出来的 小分子就pro2drg 或者借用amber 的antechamber
3楼2013-04-21 16:28:38
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

ttianwen

新虫 (初入文坛)

你要做的就是知道top文件的格式,参考manual,然后用程序自己写,引文用pdb2gmx转出来的会有很多问题,我向来都不用转的,而是自己写的
4楼2013-05-06 11:33:33
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[基金申请] 国自然面上复盘~欢迎讨论 (金币+5) +11 晴天加油 2026-08-26 12/600 2026-08-28 01:22 by li09465290@
[基金申请] 为什么资助数各大高校都创新高,自己申请怎么就这么难 +9 Kittylucky 2026-08-27 9/450 2026-08-28 01:08 by jurkat.1640
[基金申请] 哪位高人中了,把查询到的截图贴出来让我看看,让我长长见识 +5 yuleib84 2026-08-26 6/300 2026-08-28 00:02 by yudaoqian88
[基金申请] 申请删除本帖 +6 lyz123lyz 2026-08-27 7/350 2026-08-27 17:31 by 宁静致远sy
[基金申请] 看板上这么多中的,有点像50人群里49个人都是骗子的那种感觉…… +5 a089 2026-08-26 6/300 2026-08-27 14:05 by jonewore
[基金申请] 怎么看青基中了没有啊 +5 叶九微 2026-08-26 5/250 2026-08-27 10:35 by l_zh2008
[基金申请] 为什么 国际(地区)合作与交流项目 没有放榜? 10+3 majunge000 2026-08-26 11/550 2026-08-27 08:42 by 北京莱茵编辑
[基金申请] 我不理解! +15 Edward_pc 2026-08-26 23/1150 2026-08-26 20:34 by zzuzxg
[基金申请] 范进中举一文的中心思想 +9 炎黄贵胄 2026-08-22 10/500 2026-08-26 15:40 by semaglutide
[基金申请] 2026国自然函评费到账 +22 羊腰板 2026-08-21 25/1250 2026-08-26 15:00 by zuocuiping
[基金申请] 能否退出参与的面上项目解除限项 +23 koalala 2026-08-24 26/1300 2026-08-26 14:29 by 宝贝虫子
[基金申请] 出来了 +9 trojank 2026-08-26 9/450 2026-08-26 14:25 by 宝贝虫子
[基金申请] 国际合作可查了,中了面上 (EPI+1)(金币+50) +18 Ldrop2023 2026-08-26 18/900 2026-08-26 11:15 by cmrandy
[基金申请] 今天务委会开完了,明天出结果吗 +19 angus9576 2026-08-25 23/1150 2026-08-26 10:03 by zp519
[基金申请] 国合现在查不到了吗? +10 chengyan1220 2026-08-24 20/1000 2026-08-26 08:57 by peasantsprig
[基金申请] 牛来!米来!面来! +8 beefly 2026-08-26 8/400 2026-08-26 08:37 by xuzhipiao
[基金申请] 在坚冰还盖着北海的时候,我看到了怒放的梅花。 (金币+10) +6 ziyangfang 2026-08-25 9/450 2026-08-25 20:26 by huagongfeihu
[基金申请] 某些机构,以效率低为荣,以效率低作为存在感 +9 yuleib84 2026-08-25 10/500 2026-08-25 17:14 by alexon
[基金申请] 如果此刻你正在为国基感到焦虑,不妨来听听这首《基金之外》 +8 scalable 2026-08-24 8/400 2026-08-25 12:52 by jnhyjjm
[基金申请] 人气不行了 +11 fansofjerry 2026-08-21 11/550 2026-08-25 11:04 by 孤独的英雄6
信息提示
请填处理意见