应《网络安全法》要求，自2017年10月1日起，未进行实名认证将不得使用互联网跟帖服务。为保障您的帐号能够正常使用，请尽快对帐号进行手机号验证，感谢您的理解与支持！

24小时热门版块排行榜    

小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » Gromacs/Amber/NAMD » gromacs中的top文件
171/2返回列表12下一页
查看: 4079  |  回复: 16
只看楼主 @他人 存档 新回复提醒 (忽略) 收藏    在APP中查看

youngfi

木虫 (小有名气)

[求助] gromacs中的top文件

请问大家是怎样得到gromacs中的top文件的？能不能指导一下？跪求！
回复此楼

» 收录本帖的淘帖专辑推荐

Gromacs gromacs

» 猜你喜欢

» 本主题相关价值贴推荐，对您同样有帮助:
事情没有你想得那么简单但也没有你想得那么复杂。
1楼 2013-04-20 21:33:30
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
回帖支持 ( 显示支持度最高的前 50 名 )

ttianwen

新虫 (初入文坛)
你要做的就是知道top文件的格式，参考manual，然后用程序自己写，引文用pdb2gmx转出来的会有很多问题，我向来都不用转的，而是自己写的
赞一下(1人) 回复此楼
4楼2013-05-06 11:33:33
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
普通回帖

jerkwin

专家顾问 (正式写手)

【答案】应助回帖

★
感谢参与，应助指数 +1
jiaoyixiong: 金币+1, 鼓励交流 2013-04-21 19:56:03
那就是写出每个分子的立场参数，找个例子研究一下就知道了。
赞一下 回复此楼
2楼2013-04-20 22:30:30
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

yaozhq

金虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★
感谢参与，应助指数 +1
jiaoyixiong: 金币+1, 鼓励交流 2013-04-21 19:56:16
命令pdb2gmx 转出来的 小分子就pro2drg 或者借用amber 的antechamber
赞一下 回复此楼
3楼2013-04-21 16:28:38
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

youngfi

木虫 (小有名气)
引用回帖:
4楼: Originally posted by ttianwen at 2013-05-06 11:33:33
你要做的就是知道top文件的格式，参考manual，然后用程序自己写，引文用pdb2gmx转出来的会有很多问题，我向来都不用转的，而是自己写的

嗯，多谢。刚刚接触gromacs，花了很长时间，top的格式是看明白了，就是编程基本不会，楼主这方面能否给点实用型的建议。
赞一下 回复此楼
事情没有你想得那么简单但也没有你想得那么复杂。
5楼2013-05-16 11:14:52
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

huyingdamon

银虫 (小有名气)
引用回帖:
5楼: Originally posted by youngfi at 2013-05-16 11:14:52
嗯，多谢。刚刚接触gromacs，花了很长时间，top的格式是看明白了，就是编程基本不会，楼主这方面能否给点实用型的建议。...

楼主不知道您现在会不会了，如果会了能教教我吗，我现在也想你一样困惑。十分感谢，希望我们能共同进步，再次感谢
赞一下 回复此楼
6楼2013-05-16 21:17:29
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

ycy123

金虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★
youngfi: 金币+5, ★有帮助 2013-06-30 10:29:50
自己写itp文件，然后include。
赞一下 回复此楼
爱祖国，爱老婆......
7楼2013-06-29 17:13:03
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

astrozheng

银虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

用 pbd2gmx产生。比如：

   pdb2gmx -f file.pdb -p file.top -ff [选择力场] -water
赞一下 回复此楼
个人签名用英文会没有空格，真是个bug.
8楼2013-10-21 16:01:21
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

白玉浴血

木虫 (正式写手)
引用回帖:
8楼: Originally posted by astrozheng at 2013-10-21 16:01:21
用 pbd2gmx产生。比如：

   pdb2gmx -f file.pdb -p file.top -ff  -water

[gromacs@N1 2]$ pdb2gmx -f water.pdb -p water.top -ff water
-bash: pdb2gmx: command not found
请问这是什么情况？
赞一下 回复此楼
9楼2014-11-14 16:35:54
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

mutong1

金虫 (初入文坛)
引用回帖:
9楼: Originally posted by 白玉浴血 at 2014-11-14 16:35:54
$ pdb2gmx -f water.pdb -p water.top -ff water
-bash: pdb2gmx: command not found
请问这是什么情况？...

如果用的是linux的话，可能是编译环境没有配置好。
可以试一下editconf或者其他gromacs命令如果都是command not found，就是没有配置编译环境
赞一下 回复此楼
10楼2014-11-14 23:52:27
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
相关版块跳转 我要订阅楼主 youngfi 的主题更新
171/2返回列表12下一页
普通表情 龙 兔 虎 猫
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[教师之家] 导师吐槽：我怎么摊上了这么个极品研究生！ +4 苏东坡二世 2026-08-23 4/200 2026-08-27 09:18 by 冥王篇
[基金申请] 为什么 国际(地区)合作与交流项目 没有放榜？ 10+3 majunge000 2026-08-26 11/550 2026-08-27 08:42 by 北京莱茵编辑
[基金申请] 让我中一个面上吧！ +13 大萍1987 2026-08-20 17/850 2026-08-27 08:20 by 大萍1987
[基金申请] 2026年的国家社科基金项目通讯评审的新规则与新动向、新挑战 +7 process2012 2026-08-23 10/500 2026-08-26 19:23 by hmhminy
[基金申请] 怎么查啊 +5 huang1991js 2026-08-26 5/250 2026-08-26 16:09 by Equinoxhua
[基金申请] 能否退出参与的面上项目解除限项 +23 koalala 2026-08-24 26/1300 2026-08-26 14:29 by 宝贝虫子
[基金申请] 出来了 +9 trojank 2026-08-26 9/450 2026-08-26 14:25 by 宝贝虫子
[基金申请] 科研孤儿太难了 +21 我4大白菜 2026-08-20 22/1100 2026-08-26 11:29 by nlgza
[基金申请] 国合里面能看到了 +7 一怀馨秋 2026-08-26 7/350 2026-08-26 11:23 by zhaosm1982
[基金申请] 国合可查了 +3 paperzjh 2026-08-26 3/150 2026-08-26 10:41 by LemmonTr
[基金申请] 今天务委会开完了，明天出结果吗 +19 angus9576 2026-08-25 23/1150 2026-08-26 10:03 by zp519
[基金申请] 国合现在查不到了吗？ +10 chengyan1220 2026-08-24 20/1000 2026-08-26 08:57 by peasantsprig
[基金申请] 牛来！米来！面来！ +8 beefly 2026-08-26 8/400 2026-08-26 08:37 by xuzhipiao
[基金申请] 明天应该可查了！？ +6 chengyan1220 2026-08-23 6/300 2026-08-25 19:45 by zfd97
[基金申请] 今日不放榜？网传国自然预计 8 月 27 日可查结果 +17 医学老男孩 2026-08-20 22/1100 2026-08-25 15:36 by 医学老男孩
[基金申请] 没有任何消息-是不是就凉了 +9 图啦图啦 2026-08-24 10/500 2026-08-25 11:59 by 南海小哥
[基金申请] 建议基金发布提前给出明确的时间点 +13 kulium 2026-08-21 16/800 2026-08-24 16:27 by superceng
[教师之家] 跳槽后在研项目怎么办？ +5 简单化xn 2026-08-22 10/500 2026-08-23 12:38 by 简单化xn
[基金申请] 时间戳又变了 +13 wuchongjun 2026-08-20 19/950 2026-08-21 17:21 by 紫杉醇
[基金申请] 应该是下周三26日公布了吧？ +4 哈哈蛤？ 2026-08-21 4/200 2026-08-21 10:58 by Vivilian
信息提示
关闭
请填处理意见
关闭