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youngfi

木虫 (小有名气)

[求助] gromacs中的top文件

请问大家是怎样得到gromacs中的top文件的？能不能指导一下？跪求！
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事情没有你想得那么简单但也没有你想得那么复杂。
1楼2013-04-20 21:33:30
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yaozhq

金虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★
感谢参与，应助指数 +1
jiaoyixiong: 金币+1, 鼓励交流 2013-04-21 19:56:16
命令pdb2gmx 转出来的 小分子就pro2drg 或者借用amber 的antechamber
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3楼2013-04-21 16:28:38
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jerkwin

专家顾问 (正式写手)

【答案】应助回帖

★
感谢参与，应助指数 +1
jiaoyixiong: 金币+1, 鼓励交流 2013-04-21 19:56:03
那就是写出每个分子的立场参数，找个例子研究一下就知道了。
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2楼2013-04-20 22:30:30
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ttianwen

新虫 (初入文坛)
你要做的就是知道top文件的格式，参考manual，然后用程序自己写，引文用pdb2gmx转出来的会有很多问题，我向来都不用转的，而是自己写的
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4楼2013-05-06 11:33:33
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youngfi

木虫 (小有名气)
引用回帖:
4楼: Originally posted by ttianwen at 2013-05-06 11:33:33
你要做的就是知道top文件的格式，参考manual，然后用程序自己写，引文用pdb2gmx转出来的会有很多问题，我向来都不用转的，而是自己写的

嗯，多谢。刚刚接触gromacs，花了很长时间，top的格式是看明白了，就是编程基本不会，楼主这方面能否给点实用型的建议。
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事情没有你想得那么简单但也没有你想得那么复杂。
5楼2013-05-16 11:14:52
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