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youngfi

木虫 (小有名气)

[求助] gromacs中的top文件

请问大家是怎样得到gromacs中的top文件的？能不能指导一下？跪求！
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事情没有你想得那么简单但也没有你想得那么复杂。
1楼 2013-04-20 21:33:30
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回帖支持 ( 显示支持度最高的前 50 名 )

ttianwen

新虫 (初入文坛)
你要做的就是知道top文件的格式，参考manual，然后用程序自己写，引文用pdb2gmx转出来的会有很多问题，我向来都不用转的，而是自己写的
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4楼2013-05-06 11:33:33
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普通回帖

jerkwin

专家顾问 (正式写手)

【答案】应助回帖

★
感谢参与，应助指数 +1
jiaoyixiong: 金币+1, 鼓励交流 2013-04-21 19:56:03
那就是写出每个分子的立场参数，找个例子研究一下就知道了。
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2楼2013-04-20 22:30:30
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yaozhq

金虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★
感谢参与，应助指数 +1
jiaoyixiong: 金币+1, 鼓励交流 2013-04-21 19:56:16
命令pdb2gmx 转出来的 小分子就pro2drg 或者借用amber 的antechamber
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3楼2013-04-21 16:28:38
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youngfi

木虫 (小有名气)
引用回帖:
4楼: Originally posted by ttianwen at 2013-05-06 11:33:33
你要做的就是知道top文件的格式，参考manual，然后用程序自己写，引文用pdb2gmx转出来的会有很多问题，我向来都不用转的，而是自己写的

嗯，多谢。刚刚接触gromacs，花了很长时间，top的格式是看明白了，就是编程基本不会，楼主这方面能否给点实用型的建议。
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事情没有你想得那么简单但也没有你想得那么复杂。
5楼2013-05-16 11:14:52
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huyingdamon

银虫 (小有名气)
引用回帖:
5楼: Originally posted by youngfi at 2013-05-16 11:14:52
嗯，多谢。刚刚接触gromacs，花了很长时间，top的格式是看明白了，就是编程基本不会，楼主这方面能否给点实用型的建议。...

楼主不知道您现在会不会了，如果会了能教教我吗，我现在也想你一样困惑。十分感谢，希望我们能共同进步，再次感谢
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6楼2013-05-16 21:17:29
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ycy123

金虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★
youngfi: 金币+5, ★有帮助 2013-06-30 10:29:50
自己写itp文件，然后include。
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爱祖国，爱老婆......
7楼2013-06-29 17:13:03
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astrozheng

银虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

用 pbd2gmx产生。比如：

   pdb2gmx -f file.pdb -p file.top -ff [选择力场] -water
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个人签名用英文会没有空格，真是个bug.
8楼2013-10-21 16:01:21
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白玉浴血

木虫 (正式写手)
引用回帖:
8楼: Originally posted by astrozheng at 2013-10-21 16:01:21
用 pbd2gmx产生。比如：

   pdb2gmx -f file.pdb -p file.top -ff  -water

[gromacs@N1 2]$ pdb2gmx -f water.pdb -p water.top -ff water
-bash: pdb2gmx: command not found
请问这是什么情况？
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9楼2014-11-14 16:35:54
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mutong1

金虫 (初入文坛)
引用回帖:
9楼: Originally posted by 白玉浴血 at 2014-11-14 16:35:54
$ pdb2gmx -f water.pdb -p water.top -ff water
-bash: pdb2gmx: command not found
请问这是什么情况？...

如果用的是linux的话，可能是编译环境没有配置好。
可以试一下editconf或者其他gromacs命令如果都是command not found，就是没有配置编译环境
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10楼2014-11-14 23:52:27
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