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youngfi

木虫 (小有名气)

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[求助] gromacs中的top文件

请问大家是怎样得到gromacs中的top文件的？能不能指导一下？跪求！

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事情没有你想得那么简单但也没有你想得那么复杂。

1楼 2013-04-20 21:33:30

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astrozheng

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【答案】应助回帖

用 pbd2gmx产生。比如：

pdb2gmx -f file.pdb -p file.top -ff [选择力场] -water

个人签名用英文会没有空格，真是个bug.

8楼2013-10-21 16:01:21

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jerkwin

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【答案】应助回帖

★
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jiaoyixiong: 金币+1, 鼓励交流 2013-04-21 19:56:03

那就是写出每个分子的立场参数，找个例子研究一下就知道了。

2楼2013-04-20 22:30:30

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yaozhq

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【答案】应助回帖

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感谢参与，应助指数 +1
jiaoyixiong: 金币+1, 鼓励交流 2013-04-21 19:56:16

命令pdb2gmx 转出来的小分子就pro2drg 或者借用amber 的antechamber

3楼2013-04-21 16:28:38

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ttianwen

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你要做的就是知道top文件的格式，参考manual，然后用程序自己写，引文用pdb2gmx转出来的会有很多问题，我向来都不用转的，而是自己写的

赞一下(1人)

4楼2013-05-06 11:33:33

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